除棉和油菜籽外，米由农民交年贡和自食，所剩的都作为商品出售。领主收入的年贡米也商品化了。包括皇室和幕府的许多领地，采用“三分之一(指年贡一部分)缴银制”。各地知行地虽采取缴米制，但实际大多缴纳货币。
二、手工业经济作物的种植，促进手工业的发展。德川前期，手工业中心在城市，工匠从事小商品生产，以满足幕藩领主和城市武士消费的需要。17世纪末起，以经济作物为原料的农村手工业有了显著的发展。
手工业中纺织业最发达，其中又以丝织业最先发展。例如京都的西阵、九州的博多、关东的桐生以及丹波、近江、八王子、米泽等地都以生产精美的丝织品著称。棉织业在盛产棉花的大阪附近，以河内、摄津、和泉、大和等地为中心。越前(今福井县)、美浓(今歧阜县)、土佐(今高知县)则是新兴造纸业中心。其他如尾张(今爱知县)、肥前(今佐贺、长崎县)的陶瓷，京都的漆器，野田、桃子(千叶县的市)的酱酒，滩(今神户市的一区)、池田、伊丹(今大坂的市)的米酒等，闻名全国，行销各地。
农业生产力的提高，农工产品的商品化，日益使农村卷入商品货币经济的游涡。幕藩的贡租和农民的剩余物都必需换成货币，才能解决日益复杂的生活要求。幕藩从17世纪后半起，为财政的需要，开始对地方农业、手工业产品实行初期专卖制。藩都近郊可产销日用品，其他地方农民也可将产品交换必需品。各村镇设置了生产农民非自给必需品的机构。地方名产称为“特产物”(又称“国产”、“物产”)，根据地域分工，由藩当局和大商人合力经营生产。进入公元18世纪，畿内先进地区，一些从事商品生产和高利贷致富购地的新兴地主、上层农民通过租佃土地兼作包买商人，一部分小自耕农和农奴也在小商品生产者化的过程中，达到身份的独立。特产物生产的发展具有两个特征：一是产地相互间发生分化和分工，例如以长野为首的养蚕业，先后在结城、福岛、信达地方建立了蚕种业。由于17世纪末奖励产丝，西阵生丝需量增加及地方丝织业的扩大，促进养蚕业发展，各地农村生丝大量流入都市，开始和京都丝农业中心西阵抗衡。二是都市的手工业技术传到地方，如西阵丝织技术传入桐生，大扳的炼钢技术移植到秋田铜山。
城市经济的发展与农村阶级关系的分化
一、城市的繁荣元和元年(公元1615年)德川幕府公布“一国一城令”，幕藩领主把武士集中到幕府和藩都的城堡周围——“城下町”(军镇)，并把商人和手工业者聚集到城下，使城市规模扩大。以这些新兴的“城下町”为主，加上过去发展起来的“门前町”(寺社门前形成的市镇)、“港町”、“宿驿町”等商业城市，到17世纪末，全国已有大小城市300个以上。[注10]城市中除少数富商外，大部分是工匠、徒工、商人，还有一些小商贩和搬运工。江户、大坂、京都是全国性城市，江户为幕府所在，又是全国最大的消费城市。元、禄6年(公元1693年)市民353588人，1731年增至553000人，加上武士(将军、大名及其家臣)与仆人约50万，人口达100万，据说超过当时的伦敦，居世界第一位。[注11]大坂为全国商业中心，1692年人口达345524人。京都为皇室所在地，又是仅次于大坂的工商业城市，1715年城内外人口358987人。[注12]各藩的藩都规模小些，其中最大的有金泽、名古屋等，后者1692年人口约达10万(一般市民67734人、武士及其佣仆约3万)。[注13]
以大坂为中心的全国市场的形成是与大坂、江户、京都等大消费城市的形成，手工业高度发展以及全国性社会分工等条件分不开的，商品经济发达促使城市繁荣，同时城市繁荣又成为商品经济的巨大推动力。
德川时期，商品流通首先是通过领主的贡租商品化进行的。诸侯和武士必须把贡租和俸禄换成货币，才能维持他们的城市生活，支付往来江户“参觐交代”的费用。不少大名还必须把贡租运到江户或大坂出售。1732年运到大阪的稻米已达300至350万裱。[注14]经营大名贡租和武士俸禄的商业机构，如江户的“札差”[注15]、大坂的“藏屋敷”[注16]、“挂屋”[注17]等应运而生。这些与领主关系密切的大商人也经营民间产品，还以大名和武士的年贡与俸禄为抵押，兼营高利贷，积累了大量财富。
17世纪末，商品流通开始超过藩国范围，投入市场的品种增多，各藩之间的经济联系进一步加强。公元18世纪初，以大扳、江户、京都、兵库、界、大津、长崎等商业城市为中心，逐步向全国性市场发展。公元1714年，由全国各地运人大阪的商品已有119种，价值28、6万余贯。[注18]其中许多商品再转运到江户和各地，以致大阪被称为“天下的厨房”，成为全国性商品交易的枢纽。“问屋”(批发行)商人在全国性商品流通中发挥了重大作用。他们通过中间商人，一手包办了商品的收购、运输、保管和贩卖，控制经济作物和手工业生产，经营项目也日渐专业化。这些批发商组成同业公会，维护他们的商业特权。公元1694年，在江户组成了“10帮批发商公会”[注19]，大阪组成“24帮批发商公会”[注20]，这些批发商公会得到幕府承认，加强了与封建势力的勾结。此外，战国时期兴起的行商——近江商人和富山卖药商人依然在全国性商品流通中发挥作用。从17世纪末开始，由于农村商品经济的发展，“在乡商人”(农村商人)逐渐兴起。他们也以批发行的方式控制农民的生产，与城市商人争夺商业利益。由于这些商人的活动，在以后全国性商业网的形成中，起了一部分作用。
二、交通由发达全国性交通的发达，对商品经济的发展和民族市场的形成有巨大作用。早在德川初期，为实行“参勤交代”，修建了以江户为中心，通向各地的5条干道。其中以太平洋沿岸的东海道(江户——京都)最为重要。此外，有中山道(江户——滋贺的草津，与东海道会合)、月光大道(江户——日光)、奥州大道(江户——福岛的白河)、和甲州大道(江户——长野的下取访)，通称“五街道”(大道),以东海道53“次”(宿驿)为始，沿大道设置驿站，各站有特许旅馆(“本阵”)。民间也开设客栈(旅笼)、小客店(“木赁屋”，旅客带米自炊的小旅馆)。幕府并从沿大道各村镇征用人马到野站，供官府运输，作为一种课役制(助乡役)。[注21]以江户为中心，大道各要地设关卡(“关所”)构成环形警备圈。各藩也在藩境设关，防止物产外流。5条大道虽主要为“参觐交代”和幕府对全国的政治、军事统治服务，对民用加以限制，但它的修筑，尤其是与之相连结的支路(幕藩为通向5条大道修筑的大道，日本称“胁往还”，如水户路、北陆路、中国路等)的整顿，都有利于打破自然经济造成的隔绝状态，促进全国性的经济往来。政治中心的江户和生产较后进的关东地区日用品都依靠关西经济中心大阪供应。承担商品运输的主要是海上运输。其中以大阪至江户的南海路最发达，有称作“菱垣驳船”(以船上安装菱形篱笆得名，每船载二三百吨)和“樽(酒桶)驳船”(以主要运酒得名，载重同前)的两大航运业，他们组织了行会，互相竞争。[注22]17世纪末以后，有北海道及东北地方到大阪和大阪到长崎的西海路、下关到松前的北海路、奥州到江户的东海路等先后兴起，形成以江户、大阪为中心的沿海交通线。