幕府为了保障财源和巩固封建统治基础，对农民设置重重限制，实行残酷的超经济强制。宽永20年(公元1643年)下令严禁土地买卖，犯者判徒刑后流放。以后更禁分田给子孙、禁种经济作物，禁农民迁徒、转业，甚至于涉到农民的衣食住等生活细节。庆安2年(公元1649年)，幕府制定了统治农民，旨在榨取其全部剽余劳动的法令《庆安告示》32条，典型地反映了封建统治阶级残酷掠夺压迫农民的用心。[注28]
城市的工匠和商人统称为“四人”，按行业住在一定的地域。町(市镇、街区)，和村一样，近于一种自治体。有房地的可参加町政，租赁房地的则无此资格。全町司法警察权由武士出身的“町奉行”主管，町内的日常行政事务由“町年寄”(长老)、“町名主”(市、镇董)等有财力的商工业头目处理。町也实行五人组制度。市民负有种种连坐责任。町人租用地产须交纳“地子钱”(租金)，经营工商业要交纳“运上金”(营业税)、“冥加金”(牌照税)，负担比农民的年贡轻，受干涉也少。手工业者因没有资金，力量不及商人，大多负有为领主做短工的义务(也有出钱代工的)。幕藩领主为维护封建秩序，严格限制商业资本的发展，宣扬“贵谷贱货”，实行重农轻商政策，多方干涉町人的活动。
三、身分等级制度在纯封建的小农经济基础上，以将军为最高权力，通过禄位制和主从关系，由幕府和各藩的大小封建领主——武士阶层用武力分割统治全国人民的政治形态，称为幕藩制。
幕藩体制的社会，阶级统治以严格的身分制为支柱。从战国时代大名领国制形成后，兵农分离和一系列法令政策的实施，社会各阶层不能自由迁移。到了18世纪，所谓士、农、工、商即“四民”[注29]的身份区别逐步固定，各阶层内部又细分为种种等级[注30]。身分制由父家长世袭的家族制度牢牢地保持着。法律规定，每个人从母胎里就被确定了自己的族籍，出生后被闭锁在狭隘的身分等级的圈子里，不论本人能力和表现怎样，也水不能越出自己所世袭的阶层。四民中，士是统治阶级的基干部分，有担任官职、受领俸禄、称姓[注31]、佩刀[注32]以及对平民的“无礼”者“斩舍御免”(格杀勿论)等特权。在父家长制下，家长权限最大，家人须绝对服从。武士的俸禄由长子继承，不许分家产[注33]。家庭里男尊女卑，夫妇、父子、长幼之间，身分差别都很森严。妇女被置于隶属男子的地位。
在被统治阶级中，农民(百姓)的阶级身分复杂，大别为高持和无高两种[注34]。高持又称“总百姓”即有地者，包括少数称为“石持”、”名主”、“庄屋”等的地主富农及农村中大量存在、称为“本百姓”、“乡士”等的自耕农(实际是幕藩领主的农奴)，称为“草分”(垦荒地者)、“根生”(土生土长的)等中小农，称为“分附”[注35]的依附农民。无高，即无地的贫、雇、佃农和农奴，包括“水吞”(贫雇农)、“家抱百姓”(家奴)、“被官”、“下人”(家仆)、“庭子”(奴仆所生子，可买卖)等隶属农民。这些农民阶层在银川前期还都保持着浓厚的封建身分关系。
町人，即工商业者也有复杂的门第和身分差别。门第高的有世袭市镇董的资格，还可从领主取得减免租税的特权。町人的家族关系和武士、农民略同，但个人发展机会较多。丁稚(学徒)七、八岁就厮养在店主家受奴役，长大了当手代(店伙)，逐步升作番头(掌柜)。店主的子弟也同徒弟一样被使唤或送到外店当学徒，学技术。满师后服役多年的老店伙，也可能得到店主帮助，允许使用本商号的招牌独立开业，成为分店或分号后，和店主仍得永远保持家族般的主从关系，不得违抗店主的意志。
被列在四民之外社会最低层的贱民，称为“秽多”、“非人”。这是一种历史上因犯罪、被贬等原因遗留下来的最下层世袭身分。他们在政治上毫无权利，被指定集体居住在郊区村落一角，从事被当时社会视为最卑贱的职业(屠宰、掘墓、卖艺、制革、刑吏、狱卒等)。他们世代遭受残酷的待遇，因此，贱民为争取解放的斗争，直至今天还以部落解放运动的形式继续着。
如上所述，德川时代的阶级组织保持着严格的身分等级制，幕府以强大的武力和专制统治为背景，将广大人民闭锁在身分制的侄桔中。同时幕府还压制着王室、诸侯和武士，这就使阶级间充满着尖锐的矛盾。列宁曾指出，等级是以社会划分为阶级为前提的，等级是阶级差别的一种形式。通过镕川时代日本社会的身分等级现象，可以清楚地看出劳动人民是经历多么残酷的奴役，整个封建时期领主和农奴两大阶级是怎样进行死活斗争的。
幕藩体制的确立，大体上完成于宽永年间(公元1624年—公元1643年)。这一时期，幕府对皇室贵族的控制，对武士、寺院的管理，对农民的统治政策，各项法制已基本制定。下述镇压农民和天主教徒的起义以及彻底推行锁国政策等，都是这个封建专制时期发生的事。
德川前期的文化
一、独尊朱子学儒家思想古来就是日本封建社会精神支柱之一，儒学本是中国传统思想的核心。儒学的中心思想是人生价值(人贵于物)的观点。它肯定人们生活和道德的价值，肯定现实生活的精神。从不悲观厌世，更没有出世和轮回等宗教思想。它主张追求知识，吸取文化遗产，习惯于反思和总结经验。这是儒学的积极部分。但它在人和自然的关系上讲天人合一，顺应自然，宣扬“性命义理”之学。在人际关系上继承孔孟“道统”，讲等级贵贱、家庭本位、中庸之道、格守成规、追求功名等，被宋人称为“道学”(亦称“理学”)。这是儒学的消极部分。
儒学在宋代为朱熹烹一派集大成，朱子学在坚持唯心主义世界观，维护封建秩序，并使之合理化，以至阻滞中国社会发展方面有其严重缺点，但在探讨“理气关系”、“格物致知”、“知行合一”等问提时，提出了深刻的辩证法观点；同时在重视气节操守，发扬爱国主义精神，以及对理论思维与民族意识的发展有过积极的影响。
镰仓时代朱子学随禅宗传到日本。最初在京都公卿和五山禅僧间转播。南北朝、战国时代，他们避乱到地方，依托大名武将，利用朱子学作为封建礼教正统观念的依据，影响武士和人民。当时日本朱子学尚未独立，仍包含在佛教中。到江户时代，幕府为维护等级制度，使朱子学脱佛为儒。公元1600年德川家康召播磨国禅僧藤原惺窝(公元1561年—公元1619年)到江户还俗，创儒学京学派，与其门徒林罗山(公元1583年—公元1697年)以朱子学名儒身分，先后受重用，为诸侯公卿讲四书。