惺窝到江户，便推重宋学，主张“人伦皆真”，否定佛教出世观，排佛归儒。但真正创立日本朱子学的是林罗山。罗山以京都一禅僧祟儒排佛，入惺窝之门后，涉猎诸子百家，其学不但越出朱子学的案臼，且结合当时日本政情，有所创发。他为克服日本战国时代“下克上”的封建危机，力尊程朱三纲五常、大义名分思想[注36]，但对理学不适于幕藩统治的则加以修正。如忠孝关系上，中国儒学向重孝[注37]，罗山则主张“忠孝不得兼，宁舍孝而重忠”。[注38]他赞同汤武放伐论，予幕府讨伐丰臣遗族以论据。在宗教问题上，他排佛、耶而与神道结合，认为“(神道)即王道也、儒道也、圣贤之道也”。[注39]因此获得德川家康的特别倍赖，任他为侍讲，顾问幕政，参与法制、外交文书的拟定。宽永7年(公元1630年)三代将军德川家光赐上野忍冈地基一段，令罗山建立圣堂(孔庙)和学塾，教育幕臣子弟，林家世袭儒官。元禄3年(公元1690年)五代将军纲吉移筑圣堂学塾于汤岛昌平扳，命林家三代孙凤冈为大学头，主持这一幕府的最高学府(称昌平簧)[注40]。林家从此世袭主管文教的职位，朱子学成为官学。
二、朱子学在日本的传播德川时代以前，朱子学已在地方广泛传播。战国大名朝仓氏的根据地越前(今福井县东部)是当时的儒学中心，儒学、国学家清原宣贤(公元1475年—公元1550年)倾向朱熹多次讲学。周防(今山口县)7国守护大名大内义隆(公元1507年—公元1551年)也振兴儒学，招聘博士、禅僧、讲释经书，还派人到朝鲜去求《朱子新注五经》。在西日本方面，以桂庵玄树(公元1427年—公元1508年)为首的儒僧开创日本朱子学的萨南派。以土佐(高知县)南村梅轩为中心的海南派主张儒禅一致，但倾向道学。关东地方，相传镰仓时代武将足利义兼(?一公元1199年)创立的足利学校(在桥木县足利市昌平町)是当时日本唯一的学校，藏书丰富，迄明治期各地学子还云集于此，培养出许多儒家学者。
自从文明13年(公元1481年)桂庵玄树在萨摩翻印《大学章句》以后，各种儒书先后出版。文龟元年(公元1501年)桂庵又出版了《四书五经古注和新注的作者及句读》，统一了四书集注的和点(用日语读汉文时插在汉文中的日文和符号)，为朱子学的广泛传播作出了重大的贡献。
德川时代，藤原惺窝、林罗山以后，朱子学分化为进步与保守两派思想，前者以贝原益轩为代表，具有主气的唯物倾向，后者以山崎阁斋为代表，具有主理的唯心倾向。
贝原益轩(公元1630年—公元1714年)，福冈藩医，由阳明学转向朱子学，晚年对朱子学发生怀疑动摇，批判朱烹“理先气后”说，主张气一元论。他反对朱熹的“居敬”说，重视其“穷理”说。益轩喜好科技医药之术，自称所学为“民生日用之学”。属于这一派的有新井白石及怀德堂学派的中井竹山、山片蟠桃等人，幕末佐久间象山等也属于这一派。
山崎阁斋(公元1618年—公元1682年)，京都寺僧，转向朱子学，极祟程朱持敬之说，弟子有浅间纲斋，三宅尚斋等6000人。幕末，阁斋融合神道教与朱烹大义名分论，创立一种儒教化的“垂加神道”新教派。认为神道教和儒教在“仁政”起源上根本思想一致，企图折衷两者，论证武家政治(霸道)和公家政治(王道)相同，所以幕府统治是正当的。在此基础上，他鼓吹“天人唯一”、“内外之辨”和绝对尊王的皇国思想，使神道教蒙上浓厚的理学气味和国粹主义色彩。所谓崎门学派至幕末维新后，尚有横井小棉、元田水字等。他们与国学、水户学等高唱“万世一系”的国体论在推动尊王攘夷运动及与军国主义结合方面起了积极的作用。
德川时代地方上出现了尊奉儒学的“明君”，以及许多教授朱子学的藩校。如宽永初建立的名古屋学问所、宽永18年(公元1641年)建立的冈山藩校、元禄10年(公元1697年)建立的米泽藩兴让馆等。水户藩德川光国(公元1628年—公元1700年)聘请明末遗臣朱舜水为宾师，建立了尊王攘夷的水户学思想体系。此外，还有尾张藩主德川义直、会津藩主保科正元、备前冈山藩主池田光政、土佐藩的家老野中兼山等，他们都依据儒学改革藩政，在倡导程朱理学，巩固藩政方面发挥了作用。
三、封建教育的宣扬银川时代朱于学影响最深广的是宣扬理学的封建教育。不用说当时日本普遍的学校——足利学校，连社会上普通的教育场所——庙塾(寺子屋)里使用的训蒙读物也几乎都充满这些内容。其中影响较大的有以下各种：
1．儿童读物：宣扬“三纲五常”一类思想，有《大和小学》、《本朝三字经》、《和俗童子训》及《民家童蒙解》等几十种。[注41]
2．妇女读物：鼓吹“贤妻良母”、“贞女烈妇”，用“七出”[注42]的法纪使妇女遵守“三从四德”的有《女论语》、《女大学》、《女中庸》、《女五常训》、《女仁义物语》、《本朝烈女传》等几十种。《女实语教》[注43]中说：“父母有如天地，公婆有如日月，丈夫有如君主，妇人有如从仆；朝夕孝敬父母，恭敬侍奉翁姑：夫妇切勿争吵，宁屈理而从夫，—若不慎守三从，焉能避免五障[注44]，若无报四思[注45]心，谁能保八苦身[注46]?女为地狱之使，断绝成佛种子；面貌虽似菩萨，居心实同夜叉[注47]。”
3．武士读物：有《武士训》、《武教小学》、《士道要论》等几十种。详见下述。
4．农工商读物：搬弄理学中的“存天理灭人欲”的观点，有《大和俗训》、《民家重量记》、《町人囊》(《商人须知》)等几十种。河村瑞轩的《成家训》说：“《论语》曰：‘耕也，馁在其中矣。’……要知士民本属下贱，身在土地，也喜农作，可谓知身分……不可有丝毫作乱之意……念及守护(神)其其之佑护，欲报其恩德，即应尊重朝廷，谨守法律，不因年贡课役，心存芥蒂，不为害于人。……虽君王不仁，政道苛刻，亦勿怨磋。”[注48]西)川求林斋的《百姓囊》说：“农民应以质朴为本，不犯国主之禁…凡世间乐，全在苦中，愈畏苦，苦愈多?：…不避苦，不求乐，苦自成乐。”[注49]。常盘贞尚的《民家重量记》宣扬宿命论说：“大胜小，强胜弱……行道得德，作恶招殃……生死贫富，四季不移，此为天命。项羽之男，灭于乌江；孔明之谋，志终不遂，此人力不如天命。”[注50]