三、军事组织幕府军队由幕领的诸藩所属武士组成，封建国家本来就是一种军事组织，军政统一。如上所述，幕府授各藩大名以领地(“知行地”)，大名则须按领地收入额，负担相应的军役，这是封建政治的根本原则。统治阶级官职不分文武，幕府首脑(将军)和诸藩大名(亦称藩主)战时就是中央和地方的军队统帅，老中(统辖大名)和若年寄(统率旗本、御家人)同时也是军队的总副参谋长。常备军称“番方”(值勤警卫军)，又称“三番组”，即“大番组”、“书院番组”和“小姓番组”，由旗本及其子弟编成。
大番12组，警卫江户城、京都二条城及大阪城等，战时任先锋，由老中统领；书院番10组，警卫幕府，巡逻地方，侍卫将军，战时作战；小姓番8组，宿值府内，巡逻全市，平战两时护卫将军，与书院番都由若年寄统率。
番方警卫军编制；每组设“番头”1人、“组头”1人(大番为4人)、番士50人。另有称谓“同心”、“与力”的下级武士30人。
御家人编成徒士组、步枪百人组等约30组，任务与三番组略同。幕府根据俸禄的高低，规定旗本的兵役义务；宽永年间(公元1624年一公元1643年)每收入500石出兵役13名，当时旗本的采邑共260万石，应出兵员约67600名。加上御家人(担任各番组的“与力”、“同心”等职的)约17000余名，已超过所谓“旗本八万骑”之数。按规定，一个收租10万石的大名应负担兵役2155名[注14]，所以任何势力联合不了40个这样的大名，是无法对抗幕府的兵力的。而且幕府的总兵力还应加上谱代大名的武装力量，因此它的强大远远凌驾于各藩之上。
四、武家统制幕府形式上尊奉皇室，装成将军是由天皇册封、幕政是由朝廷委托的假象。实际上把天皇当作傀儡，利用它来对付诸藩，凡反幕者就可作为“朝敌”来镇压。幕府给皇室和全国寺院神社的租米只分别占全国公定土地年产量的0．5％和1．2％，皇室岁入仅3万石(实际相当米8千石，银302贯多)，全部公卿贵族的收入总共不到15万石，整个朝廷连同其他收入仅40至50万石，远不及一个大诸侯。皇室既靠幕府供养，只能事事听命幕府，讨好将军，有如《本朝通鉴》所说：“朝廷赖武家而愈尊，武家仰朝廷而愈隆。”[注15]
幕府颁布了《禁中及公家诸法度》17条，规定天皇只许从事学问，诵读《群书治要》[注16]、《禁秘抄》[注17]，吟咏和歌，不得过问政治。幕府在京都筑“二条城”[注18]，作为将军的行辕。设置官吏，派遣密探监视皇室公卿和关西诸侯。法制严别公武，武士官职由幕府授予，革除朝廷授官于武家之制[注19]。由此，彻底隔断皇室和武士的联系。天皇如触犯幕府，随时可被罢免。德川时代朝幕之间，就是这样种凌驾于天皇之上的权力关系。
为强化武家统制，庆长20年(公元1615年)颁布了《武家诸法度》[注20]，违者处以禁闭、“改易”(减封、转封、除封，没收家禄和城邑，贬为平民)，甚至赐死的严刑。宽永12年(公元1635年)修订本法为21条，更明定大名“参照交代”的制度，大名必须隔年到江户遏见将军，一年值勤幕府，一年驻守领地，妻子留江户作人质。同时派遣特务(有巡见使、隐者、目付等职称)于各藩侦察地方动静，加强对大名的控制。
幕府和诸藩豢养数十万武士，镇压人民及维持德川军事封建国家。这些大小武士，从丰臣秀吉实行兵农分离后，就完全脱离生产。旗本和一部分御家人虽由将军封给领地，但规定必须居住江户，将自己领地委给地方官经营，地位低的也住在城市里，成为领取俸米(有折成货币的)，游手好闲、欺压百姓的特权阶层。
德川前期的经济与社会制度
一、封建领主制经济德川时代，日本的社会生产形态是一种封建的小农经济。16世纪末，日本1600万人口中，80％以上是农民。通过丰臣秀吉检地和兵农分离政策；封建中期开始衰落的庄园被彻底摧毁，土地所有关系和统治关系被整顿为自耕农直接向领主缴纳实物年贡的贡米制度。到了德川时代，又经几次检地，确立了农民对土地的占有权，消灭了贵族和武士领有土地与农民的根基，使幕藩完全控制了广大农村。从此农村中的基本生产关系成为领主对农民直接的剥削关系。[注21]农民为领主耕种一小块世袭份地。当时农民每户占地都在5反以下。[注22]这种农民被称为“本百姓”，它在整个德川时代是一个不断分化的自耕农阶层。[注23]领主从农民剥削50％(“五公五民”)到70%(“七公三民”)的实物地租(“本途物成”)，还加上各种杂税(“小物成”)、劳役。农民在领主的代官、村吏重重压榨下，不仅自己被紧缚在土地上，并且连种植、生活的自由都被剥夺，事实上等于农奴。
明治维新前德川幕藩体制正是建立在这一封建农奴制的小农经济基础上。根据德川家康的谋臣本多正信的话；“收农民的贡赋，要不使他们死，也不使他们活。”[注25]这充分表现了纯封建土地所有权的本质。商品经济发展的京都、大坂和东海道平原地带，本百姓有雇佣“水吞”、“小前”(无地贫农)等长工耕作土地的。其他后进地取，具有乡士(在乡武士)身分的土豪地富，则拥有称为“谱代下人”、“名子”、“被官”等世袭的农奴，征收其劳役地租。
二、社会组织当时农村中还保留着公社关系的残余；农民公有山林、草地，农忙期有进行劳动互助的“结”及兼有宗教信仰的互助性质的“讲”等组织。农民以“寄合”(聚合)的形式，商议本村大事，制定村规，选：举村吏，保证全村交纳年贡，共同举行祭神，兴办工程等，违反村规要受“村八分”(全村对他断交)的惩罚。这样的农村，又多具有农村自治体的形态，但贫农都不许参加自治组织。
幕藩领主巧妙地利用这种农村共同体，作为封建统治的工具。各村由形式上从自治体选出的“地方三役”[注26]管辖。庆长8年(公元1603年)，为加强统治农民，保证贡租收入，实行了“十人组”[注27]制度。又将若干村组成乡组，任大庄屋(乡长)统治属村，以若干乡组组成郡，设郡奉行。幕府和各藩就是这样自上而下地统治了全国农民。