绘画方面，土佐光信(公元1434年—公元1525年)将中国画的技法使用于大和绘上，发展了优美的传统技法，使大和绘复兴起来。狩野正信(公元1454年—公元1530年)也用中国水墨画的技法发展大和绘，曾任幕府的宫廷画师，为足利义政、义尚服务。其子狩野元信(公元1476年—公元1559年)继承父风，集狩野派画风之大成。遗作有京都大镕寺大仙院的《海边花鸟图》(公元1513年)和东海底的《潇湘八景图》等。
建筑方面，文明15年(公元1483年)足利义政建成东山山庄，其中银阁不亚于义满建造的金阁(公元1397年)，极其豪华。建筑式样采用书院式，佛殿和住宅相结合，与庭园取得调和。银阁的附属建筑物东求堂和茶室同仁斋，建筑手法高雅，象征闲寂清雅的茶道趣味。工艺方面，出现了后藤佑乘(公元1440年—公元1512年)，擅长刀剑金属工艺雕刻和漆器制造。
五、医学室町时代日本医学在吸收中国医学成就、总结自己经验方面继续获得发展。正平17年(公元1362年)著名医学家僧有邻撰医书《福田方》。此书既综述了金、元、明时期中国医学，又肯定了日本的医疗经验，分疾病为12类，创造性地提出按病因、症侯、诊断、类症鉴别、预后和疗法的顺序撰写医书的方法，尤其论述研究既往症的必要性。释生西所撰《五体身分集》(公元1369年)也具有同样倾向。此时对医书中使用的汉语大部分进行了“和训”，把读者从难解的汉文原文中解放出来。这为日本科研事业的发展提供了有利条件。
在室町后期，不少日本医学家到明代中国交流医学成果。公元1494年田代三喜(公元1465年—公元1537年)回国后大力提倡李朱医学(李东垣和朱丹溪的医学)，为日本李朱学派的开山祖。此派认为疾病起于“外感”和“内伤”，因而在治疗上避免使用寒凉药剂，着重和平药剂。三喜的弟子曲直濑道三著《启迪集》(公元1574年)，结合日本实情发挥了李朱学说，使此说风靡全国。医学家兼本草学家吉田宗桂和针炙专家金持重弘也有名。两人在明期间都曾行医，医术博得中国医学家的好评。明朝也有一些中国医学家移居日本，如陈祖田、智光等人，他们对日本医学的发展多所裨益。
室町后期的对外关系
一、后期倭寇室町后期前半，以勘合贸易为中心的日中(明)关系仍是日本的主要对外关系。因勘合贸易获利很大，将军、武士、僧人、商人等都把它看作发财的好机会，所以乘勘合船去中国贸易的人员越来越多。如公元1453年由东洋允澎率领的勘合贸易团，船有10艘，人数达1200多人。如前所述，勘合贸易从16世纪30年代起为九州领主大内氏垄断。天文16年(公元1547)大内义隆送走最后一次遣明船，不久为家臣所害，勘合贸易就此告终。以后，倭寇再次猖獗。由于明朝沿海海盗和私商利用明将吏害伯倭寇的心理，投靠楼寇以达到劫掠和走私的目的，而倭寇则利用海盗和私商熟悉地理、内情，可以放肆劫掠，这样就使倭寇的活动达到极点。倭寇在许栋、徐海、叶明、林国显、王直等中国海盗巨魁的直接勾引下，凶猛地频繁入侵中国，所到之处，烧、杀、淫、掠，残暴至极。受害范围波及山东、江苏、安徽、浙江、福建、广东六省、江、浙、闽三省受害最重。仅在公元1551年至公元1560年的川年间即入侵414次，攻陷县城21个[注21]，遭劫村镇不可计数。中国军兵奋起抗击，如公元1553年7月江苏独山王径江一仗消灭倭寇千余，公元1562年9月歼灭入侵福建福清之寇万余，但由于明嘉靖时期政治腐败，没有给倭寇以严重打击。从60年代起，中国军民在戚继光、俞大献等爱国将领指挥下进行剿倭战争。公元1555年戚继光从山东调至浙江，镇守宁波、绍兴、台州三府及所属各县。他深知原有官兵怯战，便从义乌招募4000新兵加以训练，组成一支新军，开赴前线抗倭。公元1561年4月，万余倭寇入侵台、温地区，戚继光的新军在龙山一战首告大捷。公元1562年7月新军开进福建，攻取宁德附近横屿的倭寇据地，继而攻取牛田、林墩的倭寇据地。倭寇在浙闽无立足之地，便逃奔广东。明政府又任命俞大猷为广东总兵，训练新军迫剿。公元1565年春，戚俞联军全歼闽、粤交界处倭寇。至公元1566年，中国沿海倭寇基本肃清，消除了长期的祸患。
二、葡萄牙人的来航与“南蛮贸易”
16世纪40年代以前，日本在世界上的活动范围还仅限于亚洲，直接交往的国家只有中国和朝鲜。40年代以后，他们活动的范围扩大了，史书上有过日人曾于公元1567年同吕宋进行交易的记录。[注22]从16世纪40年代起，同欧洲人的接触开始了。天文12年(公元1543年)，一艘开往中国宁波的葡萄牙船因暴风雨漂流到日本九州的种子岛(属鹿儿岛县)，船上的葡萄牙人是日本人最初看到的欧州人。岛主种子岛时尧(公元1518年—公元1569年)用2000两的高价买得2支葡人的步枪，并迅即学会使用和制造它的方法。这种新式武器很快传遍日本各地，为战国大名所喜爱。不久，和泉的界、纪伊的根来和近江的国友等城市便以生产枪支驰名。枪支的使用，使当时靠使用刀、剑、长枪、弓箭等原始武器作战的战术为之，变，作战主力改骑兵为步兵(“足轻”)。
葡人船只漂流到日本一事并非偶然。从15世纪末起，欧洲进入资本原始积累时期。西欧各国由商人、封建贵族和冒险家们构成的殖民主义势力为获得巨量黄金、白银和高额商业利润，纷纷来到亚、非、拉各地，进行殖民掠夺、海盗和商业活动。最先到亚洲的是葡萄牙人，继之是酉班牙人，再后是英国、荷兰、法国人。葡萄牙人在公元1510年侵占印度果阿之后，就攻占了马来半岛的马六甲。随之—占领大部分异他群岛和马鲁古群岛(香料群岛)，并相继来到中国的广州和宁波。公元1553年强占澳门。葡萄牙人船只就是在这种情况下出现于日本的，公元1543年后陆续驶进九州港口。他们以马六甲为中心，经营日本、南洋、中国和印度问获利甚巨的亚洲居间贸易，把日本国的枪支、火药，中国的生丝、绸缎，南洋的香料(丁香、豆蔻、胡椒、龙涎香等)运进日本，从日本赚取大量白银并运出刀剑、铜、海产品、漆器等货物。企图获得贸易利益的日本九州大名欢迎葡萄牙人来到自己领地贸易，肥前的平户、长崎与丰后的府内(大分县)等地便成了此种所谓“南蛮贸易”[注23]的中心。天正6年(公元1578年)葡萄牙船又进入相模的三崎，同领主北条氏进行贸易。除大名外，京都、界、博多等地商人也加入同葡萄牙人贸易的行列。天正12年(公元1584)，西班牙的船只也来到平户。