矿山对于获得货币和武器的原料十分重要，因此大名们对开发矿山也抱着极大的热情。当时采矿和冶炼技术都有明显提高。铜矿已从露天转向坑道开采。银的冶炼自16世纪30年代开始采用先进的中国灰吹法。黄金不只从砂金里，也从矿石中进行提炼，产量大增。奥羽的金矿，对马的银矿，但马、备前、备中、美作的铜矿，尤其大名中大内、尼子、毛利诸氏经营的甲斐金矿都很有名。这三种矿藏的开发为后来铸造硬币创造了条件。此外伊势的水银，南海的硫黄等开发也很重要。水银、硫黄和金、铜都是对中国(明)贸易的重要输出品。
由于国内需要和对明贸易的增加，手工业的发展也惊人。棉花生产的发展引起棉纺织手工业部门的出现。茶叶栽培的普及导致瓷器生产的扩大。高级绢纺品生产出现了京都这个新的生产中心。京都西城区(西阵)的高级纺织品生产驰名全国。金属工业方面基于大名的要求和对明贸易的需要，刀剑制造非常发达，并且由于枪支传入而开始了枪支生产，但农具、手工业工具及生活用品的生产仍具有重要意义。由于农具需要量的增加，在各地的町、村便产生了专职锻冶与铸造的工匠。这些工匠摆脱了庄园领主的束缚，拥有自己的作坊和工具，或接受社会订货而收取加工费，或生产向市场出售的商品。
二、商品经济的发达农村举行市集的次数增多了。从每月6次增至9次。在城市中，每日市集已成经常现象，市场上陈列着几十种商品，包括品种广泛的农产品和手工业产品；在城市里，专业化的市场也纷纷建立起来，例如淀的鱼市，京都的米市，奈良的马市等。市场的繁荣说明了16世纪在社会生产力广泛发展的基础上劳动分工和商品经济的进一步发展。
室町后期也是日本海外贸易的大发展时期。16世纪上半期日明勘合贸易(凭明朝发给对照符契的商船进行的贸易)空前繁荣。从16世纪中期起，日本同欧洲，也同东南亚各国开始了贸易联系(见下节)。有一些大名、豪商和寺院直接参加了对外贸易。海外贸易的大发展又有力地促进了手工业同农业的分离、手工业生产新部门的出现和商品货币关系的发展，促进了社会劳动的分工。
所有这些都构成为室町后期日本城市大发展的基本因素。应仁之乱中几乎变成荒野的京都，乱后再次作为商工业的中心地繁荣起来，人口估计约达20万左右。[注18]进入16世纪，界、博多作为对中国、朝鲜、琉球和南海贸易的基地有飞跃发展。从前一时期起作为港湾城市发展起来的小滨、敦贺、大津、大凑、兵库、尼崎、尾道等，也臻于繁荣。在一些城市，商工业者独立的倾向显著。曾经只是指商业地区的町，已逐渐又带有社会组织的色彩。住在这里的以商工业者为主体的居民统被称作町民(“町众”)他们建立起町的自治组织“物心”，实行自治。
随着家臣团集中于大名城下，大名们还努力使商工业者逐渐集中于此。为发展商工业，不少大名废除妨碍商工业自由活动的特权行会“座”，开放所谓“乐市”、“乐座”市场，免除市场税、商业税。还废除领国内各地的关卡，城下町遂作为分国的政治经济中心繁荣起来。大名们出于经济和军事目的，恢复早已荒废了的驿站驿站马制度，以大名的城下叮为中心整顿了大道。在所有要害之地设驿站驿站马，便利了国内陆路交通，有助于商品经济的发达。
三、自治城市的出现“应仁之乱”后的京都虽然没有实施全市的自治，但是祗园、清水、北野等门前町以及室町等市场町都是由各町四民来管理的。祗园町町民所举行的祗园祭典，既加强了他们的团结，也显示了他们的富有。此种叮民的自治是室叮后期各城市出现的新动向。
最具代表性的城市自治是界市。界作为濑户内海航路的终点，其重要性最初不及尼崎和兵库，然而随着应仁乱后细川氏将此处作为勘合贸易的基地，于是骤然繁荣。接着三好氏也以这里为据点，一跃成为最大的港湾城市。界也向以刀剑、绢织品和漆器产地闻名，枪支传入后，作为枪支制造的中心地更增加了其重要性。界原为京都寺院的一个庄园，其自治可溯源于15世纪初村民集体负责向庄园领主交纳年贡(“百姓请”)；至15世纪末产生了由门阀商人组成的议会，出现城市自治。16世纪中，这种议会成员达36名，称为“36人众”，每月由其中3名代表轮流管理市政，裁断诉讼，处罚罪人。该市更三面围以护城河，拥有自己的武装。这时期来到界的一位欧洲天主教传教士向本国政府报告说，界富庶而和平，象意大利自由城市咸尼斯那样实行自治。[注19]当时界的人口已超过五；永禄11年（公元1568年）织田信长命令界出“矢钱”（军用金)3万贯，界绝交出。当信长企图以武力征服时，界议会便致书另有享有自治权的城市——摄津的平野，呼吁以武力联合抵御。此举意义至大，如羽仁五郎所指出，它证明此时日本“甚至还有过近代自由城市共和制联盟的萌芽。”[注20]
除界和平野外，筑前的博多、伊势的桑名也属于享有自治权的城市。但是这类城市为数极少，远不及中世纪的欧洲。较多城市只是享有部分的自治权，有如京都情形。随着16世纪城市的大发展，商业资产阶级壮大起来，成为争取消除封建割据、建立统一集权国家的一支重要势力。
四、文学艺术室町后期的文学仍以扎根于人民群众生活的“御伽草子”和“连歌”为代表，新兴曲艺“能乐”和“狂言”也在继续发展。属于“御伽草子”的短篇小说在整个室町时期共有500多篇，至江户享保年间被整理出版23篇。连歌的发展达于顶峰。宗抵(公元1421年—公元1502年)撰辑《水无獭三吟百韵》和《新撰菇玖波集》等诗歌集，确立所谓斯文的正派风格连歌，提高了连歌的艺术性，但却失去了大众性而拘泥于规则。为补救它，乃兴起作为连歌余兴的徘谐(恢谐、滑稽之意)。山崎宗鉴(公元1465年—公元1553年)撰《新撰犬筑波集》，被视为徘谐连歌之祖。
能乐方面，继世阿弥之后，音阿弥被誉为绝妙名手。他在观世弥、世阿弥成就的基础上精益求精。观世座之外，金春座出现了禅竹、禅风，据称两人都不亚于音阿弥的选材。应仁年问动乱使猿乐一时陷于衰落，但后来又有长足发展，虽然丧失了幕府这个保护者，但越得到地方武士和城市庶民阶层的支持。公元12世纪末的“平家琵琶”此时更加盛行。“幸若舞”和“古净琉璃”也广为流行。幸若舞是曲舞的一种，公元15世纪桃井幸若丸所创，以战争和恋爱为题材，受武士欢迎。净琉璃是一种用弦伴奏的说唱曲艺，其名称源于源义经同净琉璃姬的恋爱故事，至江户初期古净琉璃发展成现代净琉璃。戴着装饰品和化装的民间舞蹈也颇盛行。旧历7月15日举行的盂兰盆会舞尤其盛行。小调也为人们所喜爱，公元1518年出现一部《闲吟集》辑录这种民间小调300余首。