手工业生产方面，美浓、播磨、越前、但马、赞歧、大和等地的造纸业，河内、备前、尾张的制陶业，河内、大和、摄津、京都地方的酿酒业，山城的榨油业以及獭户内海沿岸的制盐业都很有名。中国地方的制漆业也很有名。以河内、大和、相模、京都等地为中心的金属铸造业和以加贺、丹后、美浓、尾张、常陆等地为中心的纺织业尤为突出。由于明代中国纺织工匠大批渡日进行技术交流，在山口、博多、界等新兴城市便开始了高级丝织品金缕[注13]、缎子、绉绸等的生产，产品可与中国丝织品媲美。日本的天鹅绒生产技术也很高，产品深受国际市场欢迎，如中国即有漳州的纺织业仿造日本的天鹅绒的记载：“天鹅绒本出侵国，今漳州以绒织之，置铁绒其中，织机割出，机织云燕，殆夺天工。”[注14]
二、商业、交通与城市商品经济的发展促使市场繁荣。当时市场普及全国各地，从“三斋市”(每月开市3次)发展到“六斋市”(每月开6次)。镰仓末其以来发展成为专门的居间商人“问屋”，在水陆要地和城市里日益增多，拥有巨额财富。有些还经营海外贸易，变成大金融业者。商业业者的“座”(同业公会)多起来了，在经济发达的近锻地方，尤其在京都、奈良及其周围最多。以奈良兴福寺大乘院和一乘院为本所的座就有油座、粉座、酒座、凉粉座等80多个。山城大山崎离宫八幡宫所属油座规模巨大，拥有10多国的茬胡麻(灯油原料)及其制品买卖的垄断权。
交通发达，运输力很强的海上交通尤其发达。主要的海陆干线计有从中国、四国地方渡獭户内海进入摄津的兵库，再溯淀川通往京都、奈良的道路；有从北陆方面经越前的敦贺，模穿琵琶湖直往大津、京都的路线；还有一条是沿东海道沿岸航至伊势的桑名登陆，再从近江通到京都。
城市在全国范围内发展起来。除原来一些古老的政治、宗教中心京都、奈良、镰仓等城市在继续发展成为商工业城市外，同时也出现一些新兴城市。有些是在港湾、交通枢纽处发展起来的港湾城市。著名的有对外航路的起点坍(和泉国)、濑户内海北岸的兵库(摄津)、小滨(若狭)、琵琶湖沿岸的坂本(近江)、大津(近江)等。另一些是“城下町”，这是在守护大名的山上城堡和居地附近交通便利的平原地方产生的。守护大名居地日益增多的家臣等消费阶层，把手工业者和商业居民引向这里。这类城市在室盯后期尤多，最典型的有山口(大内氏城堡)、静冈(今川氏城堡)。再一些是寺社门前的“门前町”，以字治山田(三重县)为代表。定居在城市里的商人，从镰仓末期起开始被称为“町人”。15世纪的日本城市还都处在守护大名的统治之下。
三、前期倭寇元朝统治者征日失败后，日中两国邦交迄末正式恢复，但民间贸易从未中断，甚至足利尊氏为筹措天龙寺建筑经费，还曾于公元1341年派天龙寺船赴元贸易。后来两国民间贸易受到倭寇[注15]的严重干扰。
倭寇主要由镰仓时代以来西部一些名主、庄官、地头为核心的纯海盗帮以及武装商人集团和游民等构成。他们在西部豪族的组织下，以对马、壹歧、北九州的松浦和濑户内海为据点，侵掠朝鲜半岛和中国大陆沿海地方。从13世纪上半期至16世纪中期活动了300余年之久。也有些中国人或以倭寇名义，或与之勾结进行海盗活动，但那主要是15世纪以后。
倭寇的活动始自公元1223年寇掠朗鲜金州。及至南北朝时期，因南朝许多溃兵败将流亡海上，倭寇势力大增，倍加凶猛。公元1323年至公元1422年的百年间寇掠朝鲜382次。[注16]据《高丽史》所说，倭寇侵朝鲜，所至“妇女婴孩，屠杀无遗”[注17]；“掳我人民，焚荡我府库，千里肃然”。[注18]倭寇不仅蹂躏了半岛南部沿海各地，且深入内地，成为高丽王朝的心腹大思。在此期间，倭寇也开始频扰中国，中国滨海郡县深受其害。
公元1369年(明洪武2年，正平23年)3月，倭寇与沿海海盗抢掠山东、江浙、广东，朱元璋派杨载带国书赴日交涉，要求征西将军怀良亲王镇压倭寇。怀良亲王非但不理，反拘杀明使，自此倭寇更猖獗，竟经山东南下，转掠浙江温(永嘉)、台(临海)、明(部县)诸州、及至福建沿海。时怀良亲王又暗助明左丞相胡惟庸谋反[注19]，图谋“一举干掉明主”[注20]。公元1387年(明洪武20年，元中4年），宁波卫指挥林贤借日兵助胡惟庸谋反事件被揭露，明太祖遂绝日本贸易，严海禁，遣将剿御倭寇。
四、“勘合贸易”
足利义满统一日本后，为满足日商恢复对明贸易要求和日本上层阶级对明代商品嗜爱，同时为利用对明贸易充实幕府财政，政治上借助明帝国的声势巩固将军地位，决心恢复对明邦交。于是下令九州探题取缔倭寇，并于应永8年(公元1401年)5月以博多商人肥宫及僧人祖阿为使臣赴南京，致书惠帝，表明恢复邦交意愿。应永11华(明永乐2年，公元1404年)，明成祖允许日本以朝贡形式同明贸易，并为防止倭寇温水摸鱼，规定“勘合之制”[注21]，也就是所谓《永乐勘合贸易条约》。
以朝贡形式进行的勘合贸易对日方非常有利。明政府对此种贸易不只减免关税，且承担“日本国王”使节及其众多随员(实际是商人)在明期间全部食宿费用，发给衣服，免费供应他们归途一个月的海上旅程用粮。部分贸易品是以足利将军向明帝贡献方物、明帝回赠“颁赐物”的方式进行交易的，一般说来，回赠品的价值大大超过贡献方物的价值。绝大部分贸易品交易采取明政府给价和自由交易方式。
足利义满对自己一手创立起来的日明贸易很觉满意，凡明使到日，他总是去兵库迎接。应永15年(公元1408年)义满死，其子义持继任将军后，立即改变对明的外交贸易政策，中断日明关系。此后倭寇劫掠明沿海的活动又继猖獗。一直到义教恢复日明关系的19年问，倭寇侵扰达17次之多。正长元年(公元1428年)义持死，新任将军义教决心恢复日明邦交，永享4年(公元1432年)任命入日明僧龙室道渊为正使，携带国书赴明。次年(公元1433年)5月龙室到北京，向宣宗献方物和国书，在北京签订《宣德贸易条约》，以代替《永乐条约》条约规定10年一贡，贡船不超过3艘，人员不超过300，刀剑不超过3000。同时以宣德勘合代替永乐勘合。此后日明贸易正常进行，至天文16年(公元1547年)，日本派出贸易团11次，时间持续百年以上。
日本的输出品为刀剑、硫黄、铜、扇、苏方木、屏风、漆器工艺品、砚。输入品为生丝、布、药材、砂糖、瓷器、书籍、字画、铜器、漆器、金缕、府香、铜钱等。日本对明的贸易利益很大，如刀每把在日本值800至1000文，明政府给价乎均2000文，获利1倍以上。