总之，守护以扩大了的权限为基础，控制庄园，把国内武士编进自己的家臣团，成为领有自己领地、统治农民、与国内武士结成主从关系的大封建主。当时称这种守护为“守护大名”，称其国为“领国”或“分国”，守护大名领国划开始形成。
“建武中兴”没有能够阻止在乡领主的壮大。长达半个世纪的南北朝内乱固然有在乡领主问南北阵营分裂对抗的一面，但主要的还是在乡领主对庄园领主的斗争。通过这次内乱，地头、庄宫等在乡领主进一步增强了其地区领主的性质。庄园领主虽在其末设施头的“一元所领”和在其居地周围的庄园还能维持统治，但年贡的取得率已大大降低。而“半济法”的实施，“守护请”的推行及守护在辖地行政、司法权的获得，就使得庄园的剥削和统治体制更难维持。足利尊氏为防止守护大名势力过强及地方割据倾向的增长，以便在各种势力均衡下保持幕府统治地位，曾于正平12年(北朗延文2年，公元1357年)发布禁止守护蚕食庄园保护贵族财产的法令，但无济于事。随着守护大名领国制的形成，庄园制日益走向衰落。
二、足利义满的统治第三代将军足利义满(公元1358年—公元1408年)统治时，是足利幕府最强盛的时期。天授4年(北朝永和4年，公元1378年)他布京都的室町修建了一所华丽的邸宅，广植花卉，时人称之为“花御所”，幕府政所移到这里，从此有了“室町幕府”之称。在此之前，义满消灭了九州方面的南朝军力，进一步孤立了南朝。但是随着守护大名势力的增大，幕府同守护大名间的矛盾加深。守护大名竟干预幕政。天授5年(北朝康历元年，公元1379年)义满在一些守护武力的威胁下不得不忍痛解除他的功臣细川赖之(公元1329年—公元1392年)的管领职务。义满极力抑制那种守护大名干预幕政的倾向，把打击目标主要集中于足利氏以外的超级守护大名身上。元中7年(北朝明德元年，公元1390年)，义满乘身兼三国守护之职、雄踞东海地方的土歧康行一族内江之际，将他打倒，史称“美浓之乱”。次年，他又制造借口，挑起同以山阴地方为中心、控制全日本六分之一土地、身兼11国守护职的山名一族的战端，并把他们消灭，史称“明德之乱”。元中9年(北朝明德3年，公元1392年)他迫使已经完全无力的南朝天皇退位，保留北朝天皇，实现了全国的统一。应永6年(公元1399年)义满又挑起了同大内义弘(公元1355年—公元1399)年的战争，消灭了他，史称“应永之乱”。大内义弘曾是幕府的功臣，身兼六国守护之职，是中国地方最有势力的守护大名。
武力讨伐的成功并不能解除义满对守护大名的担心。应永5年(公元1398年)，幕府确定“三管领：、“四职”之制，即规定次于将军的要职“管领”由出身足利一族、拥有实力的守护大名纫川、田山、斯波三家轮流担任，即所谓三管领；次于管领的要职“侍所”长官“所司”由京极、一色、山名、赤松四家交替担当，即所谓四职。此举无疑是为防止强大的守护大名世袭权力的发生并使他们互相牵制，以便使室盯幕府在守护大名永处均势下保持自己为首地位。但它的地位并不稳定，即使在义满统治期室盯幕府也始终没有达到象镰仓幕府那样的集权程度。
在义满后继者的统治年代里，成长为大封建领主的守护大名势力的发展，导致地方分裂主义倾向日益增强。镇守关东地方的特殊行政长官关东管领尽管是足利氏一族的人，也仍然对幕府保持着极大的独立性，甚至规舰将军职位。第六代将军足利义教（公元1394年—公元1441年)虽在水享11年(公元1439年)消灭了关东管领(“永享之乱”)，但并没有导致幕府地方权力的巩固。将军家内部、和将军家接近的封建领主之间以及地主封建主之间的冲突不断发生。
来自幕府直辖地(“御料所”、“料所”)的收入是幕府的主要财源。据《诸御料所方御支证目录》及其他史料得知，散在日本各地的直辖领地约200余处，但收入不详。显然，在幕府财政支出日益增多的情况下，入不敷出。于是幕府在交通要道设关口，即所谓关所，对人、马、货物征收关税；在码头、渡口设卡、征收码头税、渡口税，即所谓津料。明德4年(1393)幕府定“仓役”、“洒屋役”。“仓役”是对经营高利贷的“土仓”(当铺)按收取抵押品的多少课税。“酒屋役”是对兼营高利贷的酿酒业者按酿酒坛数课税。这两种课税成为幕府的重要财源。义满、义教之时年课4至12次不等。此外幕府还征收土地税(“段钱”)和房税(“栋别税”)。
三、幕府与朝廷足利氏开府以来，尤其足利义满继任将军以来，公武两政权的关系发生了新的变化。其一，朝廷拥有的诸种权能大多被逐渐吸收于幕府权能之中。确认公家、寺社领地之事本属朝廷职权范围，以天皇发纶旨、院发院宣的形式宣布，而至公元14世纪70年代则改由幕府发将军签署的“御判御教书”(文件)的形式宣布；审判权方面，对于与在乡领主无关而只是两个“本所”之间领地纷争的审判，一直在朝廷的记录所或院的文殿举行，将军只能以“执奏”这种制度外的方法来左右。然至建德元年(北朝应安3年，公元1370年)前后，审判干归脆在幕府法庭进行；天皇即位大典、大尝会[注9]和伊势神宫改建修缮等所需经费，原由朝廷从地方征收临时税解决，至公元1370年前后这种税的征课权与免征权转归将军之手；都城京都的检断、土地问题等市政权原属朝廷检非违使职权，至天授6年(北朗康历2年，公元1380)以后则被吸收于幕府侍所、政所权限之内。
足利义满的祖父尊氏、父义栓两代仿源赖朝先例，官位只叙到二位、权大纳言。然而，不断把朝廷诸种权能吸收于将军和幕府权限之内的足利义满，在传统的朝廷身份秩序中迅速取得最高位阶。他从公元1380年起二、三年内历任从一位左大臣、准三后、藏人所别当、院别当、源氏长者、淳和奖学院别当等要职。应永元年(公元1394年)将将军职让给义持，取得朝廷最高荣誉职太政大臣职，可谓位极人臣。从此历代将军均取得大臣身分。将军实际上已居于日本最高统治者的地位，朝臣则竞相为取悦将军不遗余力。应永9年(公元1402年)，中国明惠帝在国书中称义满为“日本国王源道义”，义满欣然接受这一称号。公元1403年义满致明成祖的国书中又自称“日本国王臣源”，这种情况正好说明当时武家的权威。至此，朝廷实际上已失去了作为一个政权存在的意义。镰仓时代以来出现的公武二元政治体制，或所谓“公武两重政权”基本上消灭。
室町前期的经济与日中、日朝通好
一、农业与手工业室町前期日本经济有显著发展。农业生产方面，农具继续得到改良，生产技术不断提高，按成熟期先后水稻已有早、中、晚稻之别。应永10年(公元1403年)，到日本的朝鲜通信使在其回国报告书中，曾对日本农民利用水力推转水车引水灌田的方法表示羡赏。[注10]由于灌田技术的改进，连某些经济落后地区也实行了稻麦复种。应永27年(公元1402年)，至日本的朝鲜回礼使宋希境在他的《老松堂日本行录》一书中甚至提到三季稻的事。[注11]由于这些原因，水稻单位面积产量有了显著增加，上田一反[注12]可获1石3至4斗收成，这和以后16世纪下半期的产量差不多。粟、稗、黎等作物广为耕种，经济柞物芝麻、茬(灯油原料)、蓝草(染料)在各地也开始栽培。人们懂得了适应土壤特性选定品种，所以各地出现许多特产，例如北陆、东北地方的大麻、蓖麻，宇治和姆尾(京都府)的茶，甲斐(山梨县)和纪伊的桔子等。渔业、盐业也有发展。鱼市场在各地出现。制盐大规模利用了盐田，取代原始的燃烧海草的制盐法。