天皇脚下的京都市民群众对建武政权进行嘲笑和批判。《建武年间记》载有当时一篇讽刺小品，深刻地揭露了建武政权的黑暗和京都秩序的混乱。小品说：“都城流行的是夜袭、强抢、假传圣旨，囚徒、急使快马过市，僧人忽而还俗，俗人忽而出家。有的人既保留原有领地，又蒙思赏，一步登天；有的人领地被没收，背负着材料箱子来这里诉讼。到处是阿谀逢迎和谗言垢语，作乱犯上骤然青云直上的人何其多……”《太平记》中的一段话也反映了当时多数人的心理状态：“如象现在这个样子成了朝廷的一统天下，各国的地头、御家人就将统统变为奴婢和贱民。有很多人在想：啊，什么奇迹都会出现，还会出现武家掌权的世道！”[注5]
四、足利幕府与南北朝足利高氏为了消灭北条氏而站到后醍醐天皇一边，以其对“中兴”的大功获得天皇赐名“尊”(天皇名“尊治”之一字)的荣誉，遂将“高氏”改称“尊氏”。但是他的内心总是以镰仓幕府的继承人自居，一直在冷静地注视着一切，悄悄地积蓄着实力，伺机起事。建武2年(公元1335年)7月，北条高时之子时行攻下镰仓。8月初，尊氏未经天皇任命便自封为征东将军，率军东征。当他打败时行军队后，便宣布反对“中兴”政权。次年1月尊氏攻入京都；但旋被逐出，驰往九州，在那里得到九州、中国、四国等地武士的支援，回师再攻京都。这时站在天皇方面的武士已经不多，对天皇政权感到失望的畿内“恶党”们也不再受楠木正成的驱使。是年5月，滨川(兵库县境内)会战中尊氏大败新田义贞和柿木正成的联军、迫正成自杀，随即攻克京都。“建武中兴”至此天折。
同年尊氏在京都另立一位天皇——光明天皇(公元1336年—公元1348年在位)，被幽禁的后醍醐天皇伺机逃到大和的吉野，建立政权，自称正统(南朝)。于是出现南北两个对立的朝廷，日本史上称之为“南北朝”(公元1331年—公元1392年)。延元3年(北朝历应元年，公元1338年)尊氏从北朝天皇那里获得征夷大将军称号，在京都建立了足利幕府(后改称室町幕府)。
足利幕府的统治机构同镰仓幕府颇相类似，但尊氏的理想不是北条氏的执权政治，而是源赖朝的将军政治。在将军之下设有辅政机关“执事”(公元1362年年改称“管领”)，其地位相当于镰仓时代的“执权”，但无“执权”实权，实际等于将军的秘书长。“执事”下设“侍所”、“政所”和“问注所”，这三所除“侍所”外，其权限较镰仓时代大为缩小。还恢复了“评定众”与“引付众”，但已形同虚设。所有这些机关的具体事务都由各“奉行”处理。作为地方机构，尊氏在要地镰仓设“镰仓府”，在奥羽置“奥州探题”(后又置“羽州探题”)，在九州置“镇西探题”。“镰仓府”辖10国(关东8国，加上甲斐、伊豆2国)，下设机构一“如幕府，故向有小幕府之称。其长官初称“关东管领”，后改称“关东公方”，尊氏嫡子义拴首任其职，后由其弟基氏取代，足利姻戚上杉氏任“执事”(后改称“关东管领”)辅佐。此外各国置守护，按北条先例，将细川、今川等足利氏一族武将安插在要国，作将军支柱。守护不限一人一国，有不少兼任数国守护之职。
足利尊氏效法源赖朝、北条泰时实行政治革新。他在继续沿用镰仓武家法典《贞永式目》的同时，结合当时形势。，按“量时设制”原则制成新法典《建武式目》17条，作为足利幕府开创期的基本施政方针。《建武式目》总结了镰仓幕府和中国自周秦迄隋唐历代封建统治的历史经验，禁止官吏贪污行贿、奢侈腐化，提倡节俭；规定用人要精选，使称职者出任官吏，尤其是各国守护；还禁止权贵和僧侣插手政界。
为实现国家统一，尊氏不断发动对吉野朝廷的军事攻势。南朝方面宿将北田显家、新田义贞等相继死去，延元4年(北朝历应2年，公元1339年)后醍醐天皇在建立南朝3年之后亦病死。随后的时期，幕内统治集团内部分裂，幕府实力削弱。尊氏支持急进派高师直(?—公元1351年)反对保守派足利直义(尊氏之弟)，正平6年(北朝观应2年，公元1351年)高师直战死后又同直义斗争，次年消灭直义，斗争基本获胜。然而南朝由于得到直义党羽的支持又重整旗鼓，两度攻入京都。正平10年(北朝文和4年公元1355年)尊氏扭转了局势，取得决定性胜利，为最后消灭南朝政权、实现全国统一奠定了基础。不久尊氏死去(公元1358年)。
室町前期的幕府统治
一、守护领国制度的形成与庄园制度的衰落和镰仓幕府不同，足利幕府并末拥有有御家人那样封建主从关系很强的家臣，为了对抗皇室、贵族、大寺社等旧势力，为了压制在动乱期间增强了抵抗力量的农民，巩固封建主专政，只有依靠各国守护的力量。正平7年(北朝文和元年，1352)足利尊氏以其子足利义栓的名义发布了“半济法”，法令赋予守护以征收“兵粮米”的名以谈征收属于公家、贵族和寺社庄园一半年贡的权力。这一半年贡由守护和国内武士瓜分。此法令的范围最初仅限于京都周围8国，后来扩大到日本全土。法令的有效时间也从临时的一年无限期延长下去。从此守护实际上合法地支配了庄园一半以上的土地。
足利幕府除继续赋予守护以执行“大犯三条”任务外，正平元年(北朝贞和2年，公元1346年)还赋予守护以对“割田狼籍”的“检断权”(处理权)和“使节进行”——强制执行权。“割田狼籍”是指当发生领地地界或领地继承权之争时双方中的一方不待判决就以实力夺取的行为。对这种民事案件的处理原不属于守护权限之内。“使节遵行”权是一种判决的执行权，即在处理领地纠纷时，执行判决，将土地交还给胜诉者。这两种权力的获得，使守护在国内的统治权大为加强。
以南北朝时代的内乱为转机，名主和农民们逐渐团结起来，形成一支对抗封建统治阶级的强大力量，领主征收年贡受到影响。幕府便开始赋予守护以承包征收“公领”年贡(“守护请”)之权，不久将这个权利扩大到本所、领家的庄园。守护也获得了在其任国内征收“段钱”(土地税)、“栋别钱”(房税)及其他赋税的权力。守护极力使手中权力为扩张自己势力服务。他们无视关于“守护请”的契约，总是拖延交出承包的年贡，进而以实力为后盾完全侵吞这些年贡[注6]；以实施“半济令”为借口侵入庄园，掠夺年贡和土地，把家臣派入庄园；运用对“割田狼籍”的处理权和“使节遵行”执行权，在处理庄园领主与庄官、在乡领主间的土地纠纷时，总是做有利于后者的处理，以便把他们培植成为自己的家臣。这样，守护通过这种手段蚕食庄园，将国内庄园逐渐收归自己。另一方面，守护还利用军事上的指挥权，变庄园代官和武士为自己的家臣。实际上他们在公元14世纪中叶已能随心所欲地指挥国内庄园武士了。例如，正平17年(北朝贞治元年，公元1362年)若狭(福井县)守护一色范光出兵丹波(京都西北部)时，就曾发出“寺社所领地的庄官、沙汰人[注7]须急驰前来”的动员令。