然而，土地改革还存在消极的方面。首先，新兴地主(寄生地主)和富农几乎都是由过去村吏和商人、高利贷者演变而来，封建家长制关系根深。表现在地主对农民既进行资本主义剥削，也保留着封建剥削方式。地主一般不愿经营资本主义农业，自己住在大城市里，宁肯出租土地，坐收租米，也不肯改进农业，以至定型为寄生地主阶级。最后，土地改革后耕地极端分散，处于零星的佃耕状态始终末达到资本主义经营的发展阶段。
二、地税改革废藩置县后，明治政府依靠征收地税，建立了财政基础。但随着支出的不断增大及推行“殖产兴业”策的需要，如继续按旧幕藩制度征收地税，便无法满足形势的发展，加之因要求减免租税而不断爆发的农民起义，促使政府决心改革地税，建立有稳定收入的租税体制。
早在1870年6月，集议院副议长神田孝平即提出《田租改革建议》，批判贡纳制的旧税法，主张土地买卖；申报买卖地价，按地契价格确定地价，按地价征收货币租税。1872年5月，神奈川县令陆奥宗光也提出了“田租改正建议”，提倡收益地价方式。神田的地契方式和陆奥的收益地价方式，形成了以后地税改革的基础。
1872年8月，在大藏省租税宏内建立了地租改正局，陆奥宗光与松方正义分别任租税头(主任)和租税权头(副主任)，进行地税改革。1873年4至7月，大藏省召开全国地方官会议，讨论地税改革。同年7月28日，政府颁布地税改革法，其要点是：一、旧地租(年贡)以土地收获量为标难征收，新地税则按地价征收，每经五年，按平均米价更改地价；二，、旧地租的征收率从收获量30％至50％不等。新地税则按地价3％征收，镇、村征收不超过地税三分之一的地方税，欠丰无减增；三，过去水田交米，旱田交实物或现金，新地税一律按地价缴纳现金；四，纳税者过去是土地耕种者，现在改为土地所有者。旧年贡根据每村总产量而定，村内拖欠者的年贡也要由五人组成全村负责交纳；而新地税规定，本人无法交纳，别人不连坐。地税改革从1873午底开始，到1881年基本完成。
地税改革对明治政府具有十分重要的意义。第一，地税改革后政府每年在全国征收统一稳定的货币地税，解决了过去存在的收入是实物，支出是货币的矛盾，建立了正常的预算制度，确立了明治政府的财政经济基础。当时日本工商业还不发达，短时期内不可能大量征收物品税。海关税也因不乎等条约的压制为数很少。明治政府为实现“殖产兴业”、“富国强兵”所需资金只能求诸农村，即征收地税。以1875年为例，地税收入5034万余日元，占国税收总额5072万余日元的88％。表明地税在国家财政中的重要作用。另一方面也反映了征课地税之重。统一按地价3％征收的货租，平均占农民收获量的34％。这意味着农民受沉重的剥削。
第二，地税改革虽承认农民的土地所有权，另一方面国家也由此取得了大批土地。旧领主直辖的山林原野以及过去的“入会地”[注11]3，不能证明是个人所有的山林、原野等土地都收归国有。
第三，地税改革使寄生地主制确立起来。地税改革承认新地主和自耕农的土地所有权，但没有承认佃农的权利。当时全国耕地大约有三分之一是佃租土地，佃农必须向地主缴纳沉重的实物地租。改革地税后，佃农得把收入的68％交给地主，而自己只得到32%。(其中包括15％的种子、肥料费，佃农净得只有17％。)地主剥削所得米量比佃农所得多一倍。地主将其中一半以货币形式交纳地税和地方税，其余34％归自己。可以说地税改革的实行，给地主增大剥削量和兼并土地提供了有利条件。而且明治时代的米价一般每年都有所上涨；地主向国家缴纳的地税却是定额货币。这样，地主需要卖出掠自佃农的实物地租(米)的比例越来越小，所得收入的比例越来越大。这对寄生地主制的扩展，无疑是有利的。于是出现了象新泻县的伊藤家、市岛家，酒田的本间家，岛根的田部家等巨大地主[注12]。地主土地所有制成了土地所有制的基础，佃农向地主缴纳的实物佃租成为地税的源泉。为此，政府用国家权力保护地主对佃农的剥削，决不允许佃农拖欠佃租．过去幕藩领主不满地主的中间剥削，而现在地主却受到国家的保护。以改革地税为中心的土地改革，给予寄生地主阶级以最大的利益。从此寄生地主阶级成为新政府依赖的另一个社会支柱，日本农业也走上了一条类似普鲁士近代资本主义农业发展的道路。
第四，地税改革规定用现金缴纳地税，因此不仅把正在经营商业农业的富裕农民，而且也把贫困的农民投入货币经济之中，强迫他们在困境中出售农产品，甚至最后丧失土地，沦为佃农。佃农在农村只靠农业无法生活，于是有的在农村资本主义家庭手工工场劳动，有的流入城市，到工厂劳动，形成雇佣劳动者，成为近代工人的来源。
三、发行纸币与金融机构的建立政变后成立的维新政府，没有触动各藩的经济，所以明治初年政府财政基础十分薄弱。就米的产量论，废藩置县前，全国米总产量为3千万石，而明治政府统治所及领地的米产量仅730万石。这样，财政经济上只有依靠大坂、江户、京都的大商业资本。1868年正月，明治政府以年贡作抵押，向三井等大商人借到“会计基金”300万两，同时发行政府纸币。1868年5月至1869年5月发行称为“太政官札”的政府纸币(不兑换纸币)4800万两。1869年9月至1870年10月又发行民部省纸币750万两。为筹措激增的行政费用，1871年10月至1872年2月，利用三井组的信用，由三井发行大藏省兑换证券680万日元272年1月发行开拓使兑换证券250万日元。当时政府本身还没有建立金融机构，只有利用幕末建立了信用的大商业资本三井组、小野组及岛田组管理公金的收支和汇兑。这些在1868年即被政府任命为汇兑员的大商业资本家，可以自由地无息利用公款为自己营利。也就是从这时起，三井等大商业资产阶级和政府建立了十分密切的关系。
明治政府为加速经济发展，在成立初就废除了限制自由往来的封建关卡和限制工商业者自由活动并拥有特权的手工业行会、商业同业公会。为统一币制，掌握全国商品流通，管理对外贸易和对抗外国资本，1869年2月组织三井、小野、岛田、鸿池等大商业资本建立通商司[注13]。在它管理下，于东京、大坂、京都、横浜、神户、新泻、大津、敦贺设有掌握全国金融和商品流通的半官半民汇兑公司和通商公司。政府企图依此把三井等封建特权商人转变为近代资本家。