军事改革
明治维新运动的主要领导人早就认为“强兵”是“富国之本”。废藩置县后，明治政府为了实现“富国强兵”的目的，巩固中央集权国家，渴望建立一支强大的常备军。最初主张建立常备军的是曾经指导长州改革即的兰学军事家大村益次郎。他根据长州藩的经验，主张“不依靠藩兵而靠农兵——国民征兵来建立中央武力。”[注5]木户孝允也持有同样意见。但岩仓、大久保等人害怕群众当兵会造成反抗政府的危险，对此表示反对，而主张“应该同藩的势力进行妥协并加以利用。”以西乡为首的士族代表们更反对义务兵役制，认为农民不是正规军的可靠基础，只有武士才是补充军队的唯一来源。其目的是想维持武士军职的世袭地位。这样，大村的主张一时没有实现。公元1869年9月他遭到反对派士族的袭击，在兵部大辅任内死去。公元1870年8月，山县有朋从欧洲研究兵制回国，继承大村遗志进行兵制改革，首先投入建立“亲兵”的工作。同时为总辖军务而建立统一的兵制，于公元1871年4月23日设置东山道、西海道两个镇台。[注6]8月20日又设东京、大坂、东北(石卷、暂设仙台)及镇西(小仓，暂设熊本)四个镇台。四镇台拥有士兵7900多名，加上亲兵14200多名。精选旧藩常备兵改编为中央直属的军队，分驻各镇台及其所属的外地兵营。但这些士族兵因循封建身份制，组织训练各异，难于统制，不可能依靠他们建立强大的近代军队。
公元1871年9月政府改组兵部省，设立陆军部和海军部。陆军中又设掌管军令的陆军参谋局(后来的参谋本部)1871年12月，山县向正院提出《军备意见书》，主张实行以欧洲兵制为楷模的征兵制，并为防备帝俄南进，强调扩充陆海军。[注7]1872年2月，兵部省分为陆、海军两省，山县有朋任陆军大辅，胜海舟任海军大辅。1872年11月发布《全国征兵之诏书》和《太政官告喻》，强调兵制要建立在“自由”、“平等”的基础上，宣告“佩双刀，称武士、抗颜坐食，甚至杀人而官亦不问其罪”的封建兵制已经结束。[注8]这在一定程度上反映了明治政府废旧立新的要求。1873年1月，撤销四镇台，设东京、仙台、名古屋、大胶、广岛、熊本六个镇台，确定了征募区；1878年1月10日发布征兵令，强征全国人民服兵役，建立近贷资产阶级国家的常备军。征兵制把陆军分为常备(服役三年)后备(第一、第二后备各两年)、国民三军，士兵分为步兵、炮兵、骑兵、工兵、辎重兵五个兵种。
公元1873年4月，东京镇台管下的应征青年入伍，接着，征兵逐渐扩大到全国。1873年刚实行征兵制时，官兵平时定为31680人，战时定为46350人，约占全国总人口的近千分之一，远低于同英、法、意等国兵力所占的比例。海军刚建立时拥有军舰17艘，排水量1，3万千余吨。但随着扩军政策的实施，兵员和军备都迅速至189年前后，陆军已拥有7个师团5万3千人，海军拥有军舰25艘，鱼雷艇10艘，总计5万余吨。
二、军事学校与武官制的建立在整顿军制方面，木户孝允认为“普鲁士之军事最为出色”，主张学习德国的军事经验。为培养军官，设陆军兵学察，公元1874年改称陆军士官学校。同时设海军兵学寮，公元1876年改称海军兵学校。为陪养高级军事人才，公元1883年设陆军大学校，公元1888年设海军大学校，聘请德国的麦克尔(K.W.J.Mekel)少校为军事顾问。
实行征兵制建立近代军队，对摧毁诸侯割据的主要工具——封建武士团和保障日本的独立发展，是—个有力的步骤。实行征兵制后，军部在政府中逐渐占优势地位。1874年陆军省的官制规定：“陆军卿由将宫中任命”，确定了以后武官制陆军大臣的基础。这时军政及军队的统帅权仍属太政官，但1878年12月设立了直属于天皇的参谋本部，掌管军队的军令和统帅权，政府无权过问，相反参谋本部决定的部分军令事项可交陆军卿执行。这就为参谋本部通过陆军省干涉政府开辟了道路。
三、警察制度的建立在发布征兵令的同时，明治政府还建立了近代警察制度。1868年以藩兵为基础，建立了东京市政警察，称“府兵”。1871年全国“府兵”改为“逻卒”这是日本近代警察的开始。萨摩藩出身的川路利良为逻卒总长。
1872年，在司法省设置了警保寮，统一指挥全国警察事务。为研究警察制度，川路利良被派赴欧洲考察，1873年9月回国。川路认为加强帝政，必先加强警察；警察是预防国家发生疾病的一种手段。他强调“一国乃一家，政府乃父母，人民乃子女，警察乃其保姆”，因此他建议建立新的警察制度，加强警察统治；希望日本成为“警察国家”。1874年1月司法省警保寮划归内务省，由内务卿统一指挥；同时建立了东京警视厅和分布全国各府县的警察网。1873年颁布了统一的监狱制度，1887年12月颁布《保安条例》，加强对人民的统治。
财政经济改革
一、土地改革废藩置县后的1871年9月，大藏卿大久保利通、大藏大辅井上馨建议正院，废除旧法，允许买卖土地，然后再设新法，按照地价征收地租。同年12月，太政官发布废除“武家地”和“町地”的告示1872年1月，大藏省颁布东京府地契(地券)发行章程，2月，解除《永远禁止土地买卖令》。四民可以自由买卖土地，否定了过去的领主权。使自耕农从土地封建束缚下解放，成为自由的土地所有者，经过全国土地丈量、划价，1880年土地改革基本结束，这是一种确认土地私有权的近代土地所有制，比封建领主土地所有制是一个进步。
第一，土地改革废除了土地所有的封建限制，促进了日本农业生产力的发展，耕地面积不断扩大，1874年为4129800町步，1890年为5029886町步，16年间增加了22％。稻米产量也迅速增长，1878年是23276200石，1880年是28727729石，1890年是43037809石[注10]，12年间几增1倍，基本上满足了日本资本主义发展的需要。
第二，土地可自由买卖，成为商品和私有财产；土地所有者还可自由支配自己的劳动时间，根据市场情况自行安排生产，由此提高生产积极性。
第三，农民人身自由与地主没有依附关系，不受超经济盘剥，只须交纳地税，有利于活跃商品货币经济，新兴地主(或寄生地主)还可利用剥创佃农的剩余价值，投资于工业和金融，促进资本主义发展。
第四，近代土地所有制及高额地税，为国家推行原始积累、发展资本主义提供了物质基础。如1883年职工数为91716人，1884年为110132人，1885年为138227人，1888年为214579人。职工人数如此迅速增长，主要是由于农民能自由离开土地，不断为资本主义提供劳动力。