《五条誓文》第一条是为了稳定大名、公卿，便于建立以天皇为首的中央集权国家；第二条是强调上下一心，发展资本主义经济政治；第三条是废除等级身份制度，使公卿与武家同心，庶民(以豪商豪农为主的地主资产阶级和百姓)也“各遂其志”，各安其业；第四条是暗示放弃攘夷口号，要与外国交往；第五条是要学习西方的科技文化，以振兴国基。《五条誓文》反映了地主资产阶级的政治经济要求，是明治政府实行改革的基本纲领，规定了日本要走资本主义道路。总的说来，《五条誓文》的基本精神是积极的。
但是，《五条誓文》还保留了一定的封建成份。例如，发布誓文时，采取对神宣誓而不是对人民负责的形式，表示明治政府具有反民主的神权政治性格。[注28]誓文第一条里的”会议”与“公论”是指朝廷大臣和统治阶级，人民群众没有任何权利。第四条后半句的“一秉天地之公道”，还是落脚于天意。在发布《五条誓文》的同一天，又发表窿了神圣的《宸翰》(御笔信)。文中说：“肤安抚尔等亿兆，终欲开拓万里波涛，布国威于四方，置天下于富岳(指富士山一作者)之安”。[注29]由此可见，明治政府早就确定了对内镇压对外扩张的军国主义基本本国策。在同一天发布的《五道告示牌》(五榜)，一开头就强调中国式的封建伦理，规定“正五伦之道”和“不准结党聚众上诉”，坚持“严禁天主教”等。[注30]这些都暴露了明治政府的阶级局限性和变革的不彻底性。
公元1868年闰4月27日公布了《政体书》。这是明治政府的政治体制和组织法令。它根据《五条誓文》原则，参考了《令义解》、《西洋事情》(福泽渝吉著)等。规定：“天下权力皆归太政官，使政令无出二途之患”[注31]，以谋求政令统一，建立中央集权国家。太政官(相当于总理大臣)之下，设议政(立法)、行政、刑法(司法)三官(权)，即(1)议政官掌管立法权，立法机关分为上下两局；上局由议定、参与以及由各藩选出的征士任议员组成；下局由称为办事的行政官兼任议长和由各藩选出的贡士组成。贡士经过贡士会议把各藩的意见反映到中央。上局的职责是确定政体，制定法律，决定机密政务，栓衡三等官以上官吏，严明赏罚，制定条约，宣布和战。下局的职责是承上局之命，讨论租税、货币、新约、宣战i讲和等重要问题，实际上是上局的咨询机关。(2)行政官掌管行政权。行政官有由“议定”允任的辅相两人“辅佐天皇”，统辖行政、神抵、会计、军务、外国、民部等六官(省、知)。(3)刑法官掌管检察、裁判、警察等司法权，由此完备了天皇专政的体制。但议政、行政、刑法三机关的长官不能互相兼任，在形式上采取了西方资产阶级民主政体“三权分立”。
在地方上，在政府直辖领地设置府(京都、大胶、江户)或县，各藩与府、县并列，称为府藩县三治制。
这样，新政权的全国性统一组织开始就绪。尽管这些措施还不完备，三权分立的方针很难模仿于日本，官吏公选也只是在三等官以上的高级官僚内部实行一次。但总的来看，明治政权代替了幕府和列藩专制领主的统治，体现君主和官僚构成的中央集权统一国家原则，具有一定的历史意义。这一年(公元1868年)的7月17日江户改称东京，9月8日改元明治[注32]，并规定一世一元制[注33]，公元1869年3月定东京为首都。
二、“版籍奉还”
内战使各藩在政治上遭到打击，分裂为相互对抗的勤王、佐幕两派，藩主与藩士的主从关系进一步瓦解。财政上因军费开支无法维持，使占藩国三分之二以上的小藩濒临破产。军事上戊辰战争后，各藩都因内战而拥有巨大兵力，藩权向下级武士转移，过去的藩主及家老(重臣)对藩政已不能控制。这些都加速了藩的解体，有利于新政府统一全国。公元1868年(明治元年)4月12日，维新政府就指示各藩，废除不合时势的事宜，一新风气，登用人才，改革藩政同年10月，东北地区内战结束后，明治政府制定了“藩治职制”，将藩政和藩主家政分开，废止门阀世袭的家老制度；在藩主下新设执政、参政、公议人等职，从藩的下级武士中选拔同中央有联系的人担任。执政遵奉朝命，辅佐藩主；公议人代表藩的主张，任公议所的议事员。这项措施划一了藩制，采用议事制，加强了明治政府对各藩的控制。
然而，各藩仍由藩主统治，地方割据的局面依然存在，封建领主制还没有废除。这时农民为反对各藩强征劳役、领主加重剥削，以及新政府取消“年贡减半”的诺言，不断爆发起义。公元1868年发生79起，公元1869年发生110起；其中关东和东北地区起义最烈。公元1868年10月至11月会津起义，除提出由农民选举村吏，实行农村自治，烧毁丈量田亩、年贡、典押土地等清册和字据外，并否认旧领主和地主的土地所有，保证农民的土地所有权。[注34]农民起义震撼了旧领主制的基础，也打击了新政府的统治。
木户、大久保等为废除封建割据和收揽人心，积极开展统一国家的活动。他们采取两个步骤，第一步是“版籍奉还”。“版”指土地，“籍”指户籍(人口)，版籍奉还就是诸侯交出对土地和人民的封建领有权。木户孝允主张：“一变7百年来之积弊，使3百诸侯均牵还其土地人民，否则一新之名不知何在。”[注35]萨、长：土、肥四藩主在参与久保、木户、板垣、大隅的分别说服下，公元1869年1月20联名上表朝廷，请求奉还版籍。随后，其余2百余藩陆续提出申请。公元1869年6月17日，明治政府批准收回各藩的版籍。任命旧藩主为藩知事，剥夺了他们对土地和人民的领有权。进而废除大名和公卿的称号，改称华族，废除藩主与家臣的主从关系，把藩士改称“士族”和“卒”，执政改称大参事。
版籍奉还是以和平方式对领主制的全面废除。它是在以戊辰战争胜利为前提的条件下进行的，没有戊辰战争的胜利，藩主不可能自动奉还版籍。版籍奉还结束了数百年来封建割据的局面，为建立资产阶级中央集权国家创造了先决条件。