三、德川幕府的灭亡公元1868年(明治元年)1月31日，朝廷宣布德川庆喜为大逆不道的贼臣，并发布讨伐令。2月3日，剥夺了庆喜的官职。6日，新政府改东海、东山、北陆三道镇抚总督为各道先锋总督兼镇抚使，9日由新任东征大总督有栖川宫炽仁亲王和总参谋西乡隆盛等指挥东征。从中旬起东征军[注24]以萨、长、土等藩兵为主力的各道先锋军，相继从京都出发。新政府当时还没有独立的财源，内战军费和政府开始依靠三井、鸿池、小野、岛田等大商业资本家的借款和发行政府纸币维持。3月12至13日，东海道和东山道的先锋军分别进抵江户郊区。北陆道先锋军也接近江户。东征大总督召开参谋会议，决定3月15日总攻江户，严处德川氏。新政府为争取反幕势力；1月12日下令“幕府领地今年租税减半”。东山道镇抚总督还发出布告：“年来苦于苛政或有冤者，应无所顾虑向本帅申诉。”此外，西乡隆盛坚决主张德川庆喜应切腹自尽。新政府这些表示，给予受幕府与各藩藩压迫的群众以希望，因此群众拥护新政府作战。
但就在东征军进军期间，新政府就暴露出它敌视革命群众和人民武装的态度。相乐总三从新政府取得宣传年贡减半的命令后，于1月15日在近江组织了以农民为主力的“赤报队”，协助新政府军东征。新政府先是利用，后来随着赤报队影响的扩大，转而进行镇压。东山道总督府竟命令信州各藩逮捕赤报队成员。3月3日，相乐总三等领导人被东山道总督府诱捕处死。[注25]
公元1868年3月，幕府领地隐歧岛3千多名农民、渔民爆发反抗松江藩的起义，驱逐“郡代”，成立会议所(自治议会)和总会所(政府),组织自卫军，没收寺院土地分给农民。起初新政府支持群众斗争，许隐歧岛自治。后得知松江藩效忠新政府，便把隐歧岛交松江藩处理，令其镇压起义群众。
在幕府领地飞弹高山，公元1868年1月来此接管的竹泽宽三郎宣布当年年贡减半。但不久东山道镇抚总督府又责怪竹泽擅自允许年贡减半，把他罢职下狱。尽管新政府对待群众斗争的态度前后不一，出尔反尔，令人失望，但关东地区人民群众反对幕府的斗争仍接连不断。从2月至4月，上野、下野、武藏、信浓一带农民纷纷起义，反对幕府征兵课税，甚至捣毁代官衙门和米店。人民群众斗争直接支持了新政府的东征，使东征军节节取得胜利。
2月4日德川庆喜从大坂逃回江户，主战派陆军小栗忠顺、海军根本武扬等要求重新振兴幕府，决一死战，但幕府陆军总裁胜海舟，看到关东地区民心背向的严重形势，认为如果继续和东征军作战，人民群众可能爆发巨变。因而劝说德川庆喜投降。新政府和对新政府有影响的英国，也怕人民起义破坏现存秩序，同意宽大处理。于是互相妥协，4月21B新政府军“无血入城”，接收江户，德川庆喜去水户“谨慎”(实为幽禁)，让田安龟之助(后改名为德川家达)继承德川家，仍给静冈土地70万石。至此，德川幕府。名实俱亡。
四、内战结束德川庆喜虽降，但内战还没有结束。首先是名为“彰义队”的反新政府武装、2千人，拥立轮王寺宫，(皇族住持)以上野宽永寺为据点，串通江户旧幕势力继续反抗新政府；5月15日在上野之战，彰义队被军防事务局副知事大村益次郎指挥的新政府军包围击溃。此后内战扩大到东北地方。5月，旧幕府势力以会津、庄内两藩为中心，组成“奥(陆奥)羽(出羽)、越(越后)列藩同盟”，联合对抗新政府。对此，新政府分兵征讨。在北越方面，5月新政府军进攻长冈藩。当时正值该藩西蒲原郡的农民掀起“改革社会”起义，削弱该藩反抗力量，新政府军遂于7月末攻下长冈城。在北越的新庄藩，5月末有几千农民高喊“不许进军，不许和官军作战”[注26]的口号，掀起暴动，粉碎了该藩参加“奥羽越列藩同盟”的计划，并迫使藩主归向新政府。7月末，新政府军攻占新泻，属于列藩同盟的北越诸藩相继向新政府投降。
在陆奥方面，9月下旬新政府军依靠农民支持，攻下会津的若松城，结束了本州的内战。12月末，欧美各国取消关于局外中立的声明，承认新政府是合法政府。此后战场转到北海道。
旧幕府海军副总裁(木夏)本武扬(公元1835年—公元1908年)于江户投降后，率舰队帮助奥、羽、越诸藩反抗政府。会津投降后，又率舰(“开阳丸”等8艘)至北海道，占领函馆及其附近的要塞五棱廓，并与大鸟圭介等的旧幕府军、法国人军事教官、原老中板仓胜静和小笠原长行，以及原京都所司代松平定敬等汇合，统治了全岛。公元1868年12月15日，又建立虾夷岛政权。公元1869年2月，新政府的海陆军进攻函馆。(木夏)本武扬死守五棱廓及其附近的炮台，拒绝新政府的投降劝告。5月，函馆馆市民游击队协助新政府军进攻，(木夏)本武扬被迫投降。至此，历时一年半、史称戊辰战争(公元1868年为戊辰年)的内战，以旧幕府及其残余势力的彻底失败、新政府的胜利而告终。
持续一年半的戊辰战争，最后完成了推翻幕府封建统治，建立起统一的中央集权国家，为在日本实行一系列的资产阶级改革准备了条件。对这场国内战争的积极意义是应当予以肯定的。如果倒幕运动只停留在“王政复古”的变革上，不可能从根本上瓦解公议政体派势力；如果倒幕派不进行革命内战，就不可能击溃旧幕府及其残余势力；如果新政府不以武力打瑚日幕府政权，英法等国也不会承认新政府是日本唯一合法政府。只有通过这场革命内战才能把日本从腐朽落后的封建统治下解放出来，为日本建立统一的近代国家奠定基础；只有革命内战才能把日本从半殖民地化的危机中挽救出来，为日本建立民族独立国家创造条件。
中央集权国家的形成—、《五条誓文》与屿《政体书》
天皇政府在进军中就着手制订政治纲领和各项方针政策，以便在打倒德川幕府后进行改革。1868年3月14日，公布了《五条誓文》[注27]。《五条誓文》(施政纲领)原案称《议事体制大意》，是公元1868年正月参与由利公正起草的，后由参与福冈孝弟加以修改而成《会盟》。由利公正原案的第一条是“庶民遂志，务使人心不倦”。“庶民”指的应是普通老百姓。而《会盟》的第一条明确定为“兴列侯会议，万机决于公论”。“列侯会议”指的是几个强藩诸侯联合专政，即成立“开明派”封建主的政权。最后，木户孝允又把《会盟》改为《五条条誓文》，把“兴列侯会议”改为“广兴会议”，并阐明这是日本将“进行未曾有的大变革”的“国是”。它以天皇率领公卿、诸侯及文武百官在紫良殿向“天神地祗”宣誓的形式发布。这就把明治政权的中央集权原则从法律上固定下来。