六、倒幕派与公议政体派的斗争新的临时中央政府的建立，标志着武力倒幕路线取得初步胜利，粉碎了德川庆喜继续保持实权的图谋，并冲击了以山内容堂为代表的“大政奉还”(公议政体)派势力。但是，政变后建立的中央政府是包括倒幕派和公议政体派的联合政权，两派间的斗争无可避免。政变当天夜晚在小御所[注14]召开的三职会议上，即揭开了新的斗争序幕。山内容堂(议定)第一个站出来说，德川庆喜“奉还大政是出自皇国政令归于一统，永维国体尊严之诚意”[注14]，攻击这次变革是三、四公卿拥立幼主，窃取权柄的“暴举”。前越前藩主松平庆永(议定)则指责这次变革是“以刑名为先，道义为后”[注15]，强硬要求德川庆喜参加会议。岩仓具视当即申明“王政复古”是出自天皇的决定，痛斥山内，进而揭露德川氏“蔑神旨，坏纲纪，外与欧美各国订友好通商之约；内逞淫威处罚忧国之亲王、公卿、诸侯，杀戮勤王之志士”的罪状，戳穿虚谈奉还政权、实保幕府权力的居心。[注16]指出德川庆喜如果真有反省自责之心，首先必须辞官纳地。大久保赞成岩仓意见，并尖锐指出朝廷已命令德川庆喜辞官纳地，如果拒绝，便向天下宣布其罪状，并讨伐之。后藤象二郎支持山内、松平，并声称必须光明正大地实行“王政复古”，进行抗辩，双方相持不下，会议休息时，萨摩藩的岩下佐次右卫门把会场的情况告诉守卫宫门的西乡，西乡当即提出：“这时不能用口舌，只能用匕首！”让他们动用武力。岩仓、大久保等接受了西乡的建议，决定对公议政体派施加压力。后藤见形势不利，就向山内建议说：“大势已定，此时强争无益，今日让一步，他日必有挽回之策。”[注17]复会时，公议政体派暂不再坚持己见。为了剥夺镕川庆喜的经济基础，巩固新政府，会议根据岩仓的提案，通过了命令德川庆喜辞官纳地的决定。但岩仓等倒幕派对此决心不大，特派尾张、越前两藩主去二天城[注18]，向德川庆喜传达小御所会议的决定，并劝说德川庆喜主动申请辞官纳地。这虽然是倒幕派的又一次胜利，但已包含妥协的因素。
德川幕府的灭亡一、“辞官纳地”
小御所会议结束时，新政府还没有建立起自己的统治机构，倒幕派也还没有确立起自己的领导权和制订出独立的具体政策。德川庆喜依然拥有实力，山内容堂等公议政体派并没有放弃原有主张。12月10日(阳历1868年1月4日)，尾张藩的德川庆胜、越前藩的松乎春巍到二条城向镕川庆喜传达了小御所会议的决定。德川庆喜以城中人心动摇为借口，表示不能接受朝旨。当天晚上，长州军的先遣部队开进京都，倒幕派声势一振。庆喜认为在京都作战不利，13日迟到关西重镇大坂，调集陆海军，准备反扑。在法国的授意下，德川庆喜在外交上也作了安排：向英法等国宣布遵守和外国签订的条约，企图使外国承认德川政权的正统性。同时他给朝廷写了建议书，以自己为“正”，诬倒幕派为“奸”，要求天皇“清君侧”。
此时公议政体派也大肆活动。山内容堂为实现以德川庆喜为首的雄藩联合政权，12日建议说，王政一新的方针已定，应该赶快解除戒严：建立议事制度；德川庆喜应官降一等，向政府捐献经费在公议政体派压力下，岩仓等被迫解除宫廷内的戒严，只管卫宫门。岩仓、大久保、西乡在公卿、诸侯中间日益孤立。15日，在山内的活动下，制订了议事规则，规定议定会议从全体会议中独立出来，“参与”的任免由议定会议独断。这样就取消了岩仓、大久保的的发言权，而确立公议政体派占压倒优势的议定会议的统治权。在这天的会议上，岩仓强硬主张朝廷直接命令德川庆喜辞官(辞去内大臣的职务)纳地(将幕府领地还给朝廷)。结束尾张、越前两藩主的斡旋。山内容堂等猛烈反对，岩仓被迫屈服。23至24日，朝廷召开会议，讨论辞官纳地问题。决定将“辞官”的“官”改称“前内大臣”；”纳地”改为“政务费用”，经调查领地之后，“凭天下公论确定”。[注19]28日德川庆喜向朝廷提出了承诺书。这里所说的“凭天下公论确定”，不外是召开诸侯会议决定，并且允许德川进京任“议定”。这样，政变所取得的成果逐渐消失，公议政体派的反扑日益得逞。
王政复古后，日本资产阶级改良运动面临两个前途：一是凭太政官三职公论来等待改革，一是突破改良运动界限实行革命。在此关键时刻，大久保等资产阶级革命派越过改良主义的藩篱，举起“辞官纳地”的革命旗帜，向封建主义宣战，开创了日本历史的新纪元。
二、戊辰战争的开始武力倒幕派为彻底推翻幕府，西乡隆盛计划扰乱江户，迫使德川庆喜挑起战端。集结在江户三田萨摩藩邸的约5百名浪人，或30人或50人一伙，闯入富商宅院，夺取金银，散布谣言。消息传大坂，旧幕府官员和会津、桑名两藩藩士主张立刻与朝廷决战。公元1868年1月1日，德川庆喜制订“讨萨表”，2日，幕军与会津、桑名等藩兵从大坂向京都进攻。当晚，幕府军舰在兵库海面炮击萨藩轮船。这时，岩仓等仍动摇没有反击决心。大久保、西乡等指责朝廷一再失策，坚决要求下决心作战。1868年1月3日中午，朝廷指斥镕川为“朝敌”，决定讨伐。于是以萨长为主力的新政府军和幕府军在京都南郊的鸟羽、伏见接触，全面内战展开。4日朝廷以仁和寺宫为征讨大将军，下令迫讨旧幕府军，旧幕府军1万5千人被新政府军5千人击败，退向淀町(在京都伏见区)。经四昼夜战斗，旧幕府军溃逃大坂。接着大坂也被新政府军占领，德川庆喜与松平容保、松平定敬、老中板仓胜静等乘小船逃出大坂，然后再乘“开阳丸”军舰逃回江户。于是近畿以西各藩宣誓效忠新政府。新政府军胜利的原因在于群众痛恨德川幕府，支持政府军作战；政府军作战目的明确，士气旺盛；津、淀等藩为形势所迫，背离幕府转而群攻幕军。
鸟羽、伏见的炮声一响，立刻摧垮了公议政体保守势力；倒幕派占了优势，取得领导地位。朝廷内的力量对比发生了根本的变化。[注20]这次暴力变革的胜利，打开了建立天皇制政权的道路；粉碎了公议政体派所主张的列侯会议(以天皇为首)掌握政权的方案；迫使近畿以西各藩投向萨长方面；促使三井等三都特权商人决定抛弃幕府，以财力支持新政府，继续追讨德川庆喜。
1月7日，朝廷击退了公议政体派山内容堂等的最后挑战[注21]，公布讨伐令。剥夺德川庆喜及佐幕诸藩主、幕臣26人的官职，宣布将旧幕府领地列为朝廷领地。任命了山阴、东海、东山、北陆[注22]各道的镇抚总督，中国、四国追讨总督和九州镇抚总督。新政府为使天皇政权获得欧美各国的承认，1月15日派使者去神户，向各国公使面交国书。其内容：天皇亲裁内外政事；过去条约称大君[注23]，今后改称天皇；承认旧幕府和外国所订条约；对内批判幕府从来的过错，对外采取开国友好方针。各国承认新政府和旧幕府为对等的交战团体，宣告战争中局外中立。但法国暗中文持幕府，英国商人则把大批武器卖给倒幕派。