以上述维新三杰为核心的倒幕派，一致主张武力倒幕。支持武力倒幕的有萨、长与其他西南强藩的下级武士，以及部分京都贵族(公卿)和地主资产阶级。
四、“奉还大政”
公元1867年10月，以土佐藩主山内容堂(公元1827年—公元1872年)及其后藤象二郎(公元1838年—公元1897年)为代表的妥协派，提出了一项与武力倒幕相对立的“奉还大政”的方针。支持和倾向这项方针的有幕府的部分官吏以及萨摩安艺(今广岛县)等藩的上级武士。山内和后藤两人提出妥协方针并非偶然。1867年6月，后藤象二郎和坂本龙马同船从长崎去京都时，扳本曾向后藤提出建立新国家的八条基本方案，即“船中八策”[注]。可是后藤接过这个方案后，按照自己的妥协思想加以纂改，即主张幕府将军把现在握有的统治权名义上奉还天皇，而在天皇之下设立一个由将军担任议长的“列侯会议”来掌握实权。不同意武力倒幕。山内等的“奉还大政”方针即以此为前提。他认为这是使德川氏奉还大政，将他从灭亡中挽救出来、思义两全的良策。[注7]与此相反，土佐藩的军务总裁、已加入武力倒幕同盟的板垣退助则强调提出：“奉还政权之名虽美，却属空话。德川氏既然在马上得天下，如不在马上把它夺回，就不能打倒数百年来的霸业。”[注8]山内不但不听，反而大骂板垣的说法是“暴论”，并立即罢免了板垣的军事职务。然后命令后藤写成“奉还大政”的建议书去京都活动，以便争取更多的支持者。1867年10月3日后藤等在京都到处碰壁之后，只好以自己一个藩的名义向幕府提出“奉还大政”的建议书。
在萨、土倒幕派的影响和促进下，长州倒幕派，特别是受豪农富商支持的奇兵队等都坚决主张讨幕。公元1867年9月18日，大久保等与长州藩倒幕派木户孝允等会见，研究出兵讨幕问题。同年9月18日，萨、长签订了共同出兵盟约。20日，艺州藩也参加了这个盟约。10月8日，萨、长、艺三藩倒幕派的首脑在京都开会，通过了坚决实行举兵倒幕的决议。与此同时，约有1千2百名萨摩藩兵从海路陆续到达长州藩待命。然而武力倒幕派不敢公开揭露幕府的罪恶，广泛发动群众，进行彻底的革命斗争。只是根据1863年8月18日政变失败的经验，感到必须把天皇确实掌握在自己一派手里。于是让倒幕派公卿作好准备，好让天皇向长州、萨摩两藩发出讨伐幕府的密令，以此证明其行动的合法。14日清晨，由于岩仓的活动，以天皇的名义发出“戮贼臣庆喜”的“讨幕密沼”。
将军德川庆喜发觉有人正在举兵倒幕，表示接受山内容堂的建议，企图在形式上让天皇执政，而自己在天皇之下掌握实权。于是庆喜在天皇发下讨幕密沼的同一天，即公元1867年11月9日上奏要求把政权“奉还”给天皇。第二天朝庭批准了这一请求。19日庆喜正式向朝廷提出辞去将军职务。
五、“王政复古”的政变“大政奉还”使倒幕派失去了出师的名义，参加武力倒幕的不坚定分子认为出兵已无必要。妥协派山内容堂非常高兴，认为实现公议政体(列侯会议)的时机已到，加紧进行活动。但顽固的幕府高级官吏坚决反对，在大坂集中陆海军部队，妄图用武力继续维持政权。木户、西乡、大久保等倒幕派识破了德川庆喜奉还大政的阴谋，更坚定了武力倒幕的决心。他们利用京阪地方爆发“可好啦?!”群众运动梆的有利时机，集结与部署兵力。公元1867年11月3日在京都的萨摩、长州、安艺三藩藩士决定联合举兵，并请求朝廷下达讨幕的诏书。4日岩仓具视秘密上奏了意见书《王政复古议》。到11月底，萨、长、艺三藩大军集结在京胶神地方，摆开了和幕府决战的阵势。
幕府对倒幕派的活动采取压制手段。11月15日暗杀了倒幕志士板本龙马和中冈慎太郎。形势日益紧张，斗争也愈趋尖锐。大久保利通鼓励动摇的倒幕派公卿增强信心，并以护身为名发给他们手枪。12月初，大久保、岩仓等决定在12月9日发动“王政复古”的政变。12月8日岩仓召集萨摩、尾张、越前、安艺、土佐王藩的重臣，秘密传达了根据“天皇意旨”发布“王政复古大号令”的计划，令各藩主协助，同时，大久保、西乡写信给岩仓具视指出：实行决战，死中求生，乃当前之急务。”[注9]如不迫使德川庆喜辞官、纳地，就要“违背公论”[注10]这些话说明了只有打倒德川庆喜才有出路。这也是警告岩仓要坚决果敢行动；并要求他深思熟虑，“务使最初之政令不发生错误为第一要事。”[注11]
倒幕派由于有了内战的充分准备，作了周密的布置，所以掌握了时局的主动权，顺利地执行政变的计划。12月9日(阳历1868年年1月3日)晨，岩仓具视等觐见天皇，上奏实行“王政复古”大策。同时按预定计划，名古屋、福井、高知、广岛、萨摩五藩藩兵已在西乡隆盛指挥下包围皇宫禁戒。当天下午，由年仅16岁的睦仁出面，召开有皇族、公卿、大名和武士参加的御前会议，断然实行宫廷政变，发布“王政复古大号令”，宣告为“王政革古，挽回国威”，诸事回复“神武创业之始”。剥夺德川庆喜的将军职和委任政务；废除摄政、关白、幕府等制度；哲设总裁、议定、参与三职[注12]，为新政权的枢要。成立以天皇为首的新的临时中央政府，执行内外政务，确定“一洗旧弊”、“广开言路”、“登用人才”、“百事一新”等施政方针。还宣布三职政府的组织系统和官员名单，有栖川宫炽仁亲王为总裁。
“王政复古”是日本资产阶级改良派发动的，由西乡隆盛、大久保利通领导的，有萨、土、艺、尾、越五藩主和部分藩士及岩仓具视、三条实在美等公卿参加的宫廷政变。“王政复古“政变成功后所产生的三职政府是改良派、大名、公卿的松散的联合，没有统一的意志，更没有实际的政治效果，只是宣布一下京都的天皇政府是唯一合法的日本政府。实际上江户的德川幕府还有实力，不甘心失败，急于反扑。德川庆喜在英法公使前面不承认京都的天皇政府。于是在日本出现了京都天皇政府和严户德川幕府两个政权并存的局面。