农民起义和市民暴动不仅震撼了德川幕府的封建统治，其锋芒还指向西洋人。公元1866年9月，江户市内的贫民高喊：“我们这样贫困，就是因为洋人到来物价上涨。”他们还袭击了正在散步的美国公使。[注4]公元1867年11月，江户郊外德丸原的农民起义，不仅反对幕府征用民地开辟练兵场，而且袭击了与幕府勾结、横行霸道的法国军事教官。
公元1867年的农民起义和市民暴动，次数虽比上年有所减少，但群众反对幕府的改革、要求变革现实的思想的成长及近代民主精神的萌芽，都是前所未有的。
二、第二次征长的失败幕府为消灭倒幕势力；不顾财政贫困，以摄津、河内、播磨的年贡为担保，向大胶、兵库、西宫的商人赋课7百万两作为军费，在“万民怨愤”声中发动了第二次讨伐长州藩的战争。公元1865年5月，将军家茂由陆路从江户到大坂亲自指挥，以纪州藩主德川茂承为先锋总督，军舰炮击长州藩周防沿岸。
这次征长与第一次不同，幕府毫无胜利把握。当时萨摩藩已和长州藩订立同盟，不仅拒绝派兵，还同其他藩联名要求取消第二次征长战役。诸藩也对这次出兵感到不满。加之军队除一部分受过新式训练外，大部分是旧装备。长州藩军受大村益次郎“西洋阵法”训练，因此战争首先对幕府不利。其次，幕府军队还受后方之敌威胁。第一次吹征长战争后，大吸附近地区农民起义规模很大，大阪、江户还发生了捣毁运动。
公元1866年6月7日，幕军从安艺、石见、小仓三方面开始攻击。另有幕兵、松山藩兵开往周防的大岛登陆，但被击退。战区内农民本对幕府不满，乘机反抗。石见国(今岛根县)农民首先起义，银山代官弃职逃走。起义农民协助长州军打败幕府军，追击幕府败兵。同年8月，滨田藩、小仓藩和川越藩也爆发了农民起义，袭击了当地豪农、豪商和村吏。
农民起义军和市民暴动搅乱了幕府征长军的根据地，使幕府军腹背受敌而败。长州藩军虽兵力很弱，四面迎敌，但因得到起起义农民及市民的支持，士气旺盛，到处获胜。
正当幕府军接连战败之际，将军德川家茂于公元1866年7月20日在大坂病死。第15代将军德川庆喜想依靠法国的军事援助挽回败局。但由于群众斗争的压力及幕军根据地小仓被长州军占领，参战各藩都要求撤兵，第二次征长终以幕府失败告终。
群众起义和征长战争的失败，动摇了幕府统治。将军庆喜为摆脱危局，在法国公使罗休(L．Roches)指导下进行重大改革：一，军事上废除旧机构，征募农民、市民建立新式步兵，聘用法国军事教官团，开办军官学校，着手建立近代常备军。并向法国借款6百万美元，购买军舰、兵器，以北海道的矿山作担保。二，政治上改革老中制度，分幕府为五局，各老中分掌一局，由首席老中统辖全国政务，以期建立中央集权的官僚政府机构。三，经济上设立法国和日本合办的公司，垄断生丝输出和建造铁路等。然而这时幕府已完全丧失民心，群众斗争加剧，幕府改革，只是挣扎而已。
三、武力倒幕公元1867年长州及萨摩藩的倒幕派为推翻幕府，朝着“举兵倒幕”方向迈进。其他各藩也有主张武力倒幕的志士活跃，土佐藩板垣退助(公元1837年—公元1919年)就是突出的一个。板垣以乡士和上层农民为主组织了类似奇兵队的军队，公元1867年5月，在中冈慎太郎的策动下，他在京都会见了萨摩藩的西乡隆盛(公元1827年—公元1877年)。按照两人的协议，板垣不顾土佐藩主的意见，决定率土佐志士参加倒幕同盟，并进行起兵准备。由于宫廷内佐幕派的中心孝明天皇在公元1866年12月25日病故，15岁的太子睦仁(即明治)于1867年1月即位，宫廷的形势非常有利于倒幕派。以岩仓具视(公元1825年—公元1883年)为首的宫廷倒幕派，在宫廷中积极进行倒幕活动，并和远在九州大宰府的三条实美[注5]取得联系。于是，以木户孝允、大久保利通、西乡隆盛等为代表的萨长倒幕派领导核心正式形成。
木户、大久保和西乡，并称“维新三杰”，是明治维新的主要领导人。木户孝允(公元1833年—公元1877年)出身长州藩士，在幕末尊王攘夷和倒幕运动中起了重要作用。他曾与高杉晋作等一起主持长州藩政，实行富国强兵政策。公元1867年木户与大久保利通等人一起拟定举兵倒幕的计划，发布“王政复古”命令，建立了明治政府。明治维新后，木户孝允历任新政府的征士、总裁局顾问、参议等职，位居领导核心。他积极极提倡推行“版籍奉还”和“废藩置县”。公元1871年，木户作为岩仓使节团的副使出访欧美12个国家。回国后成为明治政府领导层中最开明的人物之一，在日本资本主义化过程中作出重要贡献。
与木户齐名的大久保利通(公元1830年—公元1878年)出身于萨摩藩士，幕末曾参与藩政改革，是武力倒幕、“王政复古”的主要领导人之一。明治维新后历任参与、参议、大藏卿、内务卿等职。1871年与木户孝允同为岩仓使节团副使出访欧美各国。回国后，反对以西乡隆盛为代表的留守政府的“征韩论”，主张“内治优先”。此后掌握了明治政府的领导权，积极推行各项资产阶级改革，镇压士族叛乱，为近代天皇制国家的建立和日本资本主义的形成做出了重要贡献。公元1878年被士族分子暗杀。
西乡隆盛(公元1827年—公元1877年)出身下级武士，最初作为尊王攘夷派的志士参加反对幕府的政治活动，后来转变为武力倒幕派的主将。西乡有军事天才，公元1869年1月3日作为军事顾问和参谋长，指挥了鸟羽、伏见之役，消灭了幕府的军事实力。同年5月又只身赴江户，与幕府大臣胜念舟会谈，实现了“江户无血开城”，以不流血的方法使幕府投降。新政府建立以后，历任参议、陆军元帅、陆军大将、近卫军都督等要职，参与新政府的各项资产阶级改革。但西乡在最后阶段思想消极保守，同情被明治政府逐步取消特权而不满的多数下级武士，反对强制剥夺土族兄弟的4f权，终于辞官还乡。1877年武装叛变，发动了西南战争。最后败死于鹿儿岛的城山。