二、历史学朱熹就司马光《资治通鉴》写了《资治通鉴纲目》59卷，从名分论的观点把伦理政治分为正统与非正统、华夏与夷狄、王道与霸道之别。这种大义名分论思想对日本史学影响极大，林罗山的《本朝编年录》(即《本朝通鉴》)就是一例。水户藩主德川光国在大义名分论的指导下编纂了《大日本史》。赖山阳(公元1780年—公元1832年)的《日本外史》22卷和《日本政记》16卷都受清赵冀《二十二史创记》、王鸣盛《十七史商榷》、钱大听《二十二史考异》等名分论的影响。在史学观点方面，赵翼的“地气论”和“地势论”也成为日本史学家的地气地势论(以地理条件为历史发展主要因素的理论)的渊源。
日本史学在体裁上也模仿中国。如中山利质的《楠木志》(叙述南北朝时代武将捕木正成的忠义事迹)是受清代张鹏韶《忠武志》的影响；冈本韦安的《万国史记》是模仿魏源的《海国图志》。又如羽仓简堂仿赵翼著《温史创记》。这些著作在明治维新前所起作用都很大。
三、汉籍的翻译与出版中国清代康、乾两朝的文化出版事业繁荣，巨型著作如《佩文韵府》、《皇清经解》、《古今图书集成》、《大清会典》等陆续传到日本，成为治学的参考文献。
日本在清人著作的影响下，也编了大型类书和丛书，如山冈明阿撰《类聚名物考》，墒保己一撰《群书类从》530卷和《续群书类从》1150卷。
日本还翻译了许多清人著作。享保年间(公元1716年—公元1735年)深见玄岱父子译《大清会典》。吉宗也搜集幕府初期以来法典、法令、沼书编成《法度书》15册。享保4年(公元1719年)清世祖顺治颁布的《六喻衍义》传入日本，吉宗令获生祖抹加训点，室鸦巢译成日文，成为民间的教科书。《朱子家训》在日本流传很广，作为习字帖或挂轴出版。
魏源的《海国图志》于公元1850年传日，公元1854年出版该书美国部分的译本就有7种。其他英、俄、法等国部分先后译成10多种单行本。汉文原本或翻印或训点，广为流传。
据统计，江户昌平校及圣堂官版翻印的书籍，自周至清共有193部，其中清人著作有40部。地方各藩出版的汉籍，自天保(公元1830年—公元1840年)至明治维新(公元1868年)共有50种，例如加贺藩的《钦定四经》、仙台藩的宋版《春秋左传》、津藩的《资治通鉴》、熊本藩的《尚书正义》等。
科学技术的传人
一、医药学德川时代中国医学传入日本是与黄渠宗僧侣分不开的。他们有许多人懂医术药学，如心越、独立都懂医术。独立传治痘术于池由正直、北山道长等人。正直之孙瑞仙为医官，负责痘科。道长为大坂名医，著《北山医录》。
中国医生陈明德和王宁宇两人，公元1627年先后到长崎行医。陈明德著作有《心医录》。王后居江户，日人从学者众，成为一大医派。德川吉宗招聘中医多人来日，以陈振先和朱子章最著名。陈振先采集药草160种，著《陈振先药草功能书》。公元1803年后，胡兆新来日，传授尤在经的《伤寒贯珠集》。杨西亭传授治疗密病和疡病的医术。
在药学方面，庆长12年(公元1607)林罗山在长崎获得李时珍的《本草纲目》，将它献给幕府。长崎的本草学家有向井元升和卢草硕两人。向井编成《庖厨备用大和本草》13卷，后贝原益轩在此书基础上编成《大和本草》16卷。卢是日籍华人，祖传本草学，长崎的福出德润向他学本草，后撰《药性集要》。福山弟子有稻生若水，确立日本的本草学。若水弟子有松冈恕庵、野吕元丈、丹羽正伯等人。恕庵弟子有小野兰山，著《本草纲目启蒙》48卷，所载凡1882种，日本的本草学到此时集其大成。
二、地理学日本的地理学知识是从清朝学者的地理著作中获得的，如胡渭的《禹贡锥指》、阎若瑰的《四书释地》、宋翔凤的《四书释地辨证》及《水经》。这些对中国古代地理作详细考证的学术著作，促进了日本地理学的进步。日本人在研究地理时，清朝地理学专著成为的参考书，如顾炎武的《天下郡国利病书》、顾按禹的《读史方舆要》、马征腮的《历代沿革地图》、吕输的《历史事迹图》、乾隆救撰《皇舆西域图志》等。日本人还将中国的地图集翻印出版，如岸田香的《中外方舆全图》是清人胡林翼等撰《清一统舆地图》的翻版。
长久保赤水(公元1717年—公元1801年)是德川中期的著名地理学家，他花了20多年心血写成的《日本舆地路程全图》，据说是根据清朝出的原图。天保15年(公元1844年)再版的赤水的另一著作《新制舆地图》，从附录的固说知道，也是根据清人带来的原图。
魏源的《海国图志》是记述世界形势的地理书，它在日本流颇广。日本人从此书获得了关于西方的许多地理知识，对日本地理学的影响很大。不仅如此，佐人间象山、吉田松阴、西乡隆盛、横小楠等志士都因读了魏源这部书得到启发，由攘夷到开国，积极习西方，献身子明治维新。[注6]
三、数学与天文历法德川时代从中国传入不少有关数学与天文历法的书籍。明?徐光启《西洋新法历书》(清?朱白霍校)、清?程世禄《西洋算法全》两书传入日本，对日本天文数学方面影响很大。公元1733年，建彦次郎贤弘和中根丈右卫门玄圭译清人梅文鼎《历算全书》。明清初福建人游艺《天经或问》，由西川正休等译出。此书记述西方天文学，间接给日本传来西方天文学知识。康熙官修的《历象考成》流传日本，德川后期的地理学家伊能忠敬(公元1745年—公元1818年)是由此提高学术水平的。
公元1684年涩川春海(即安井算哲，公元1639年—公元1715年)在元朝“授时历”的基础上制定日本第一部自己的历法“贞享历”。晚年他还写了《文琼统》8卷，此书受清初黄鼎《管窥辑要》和游艺《天经或问》的影响。