公元1683年(天和3年)清政府统一台湾，次年宣布开放海禁。公元1685年(贞享2年)令福州、厦门官员运糖赴日销售，日中贸易额上升，日本成为入超国。日本没有相应出口货物，不得不以金银支付，引起金银大量外流。同年(公元1685年)幕府制定“贞享令”，放弃了明末的自由贸易政策，把日中贸易额定为每年白银6000贯(荷兰为3000贯)，支付手段也由金银改为以铜为主。公元1715年(正德5年)又制定“正德领”除保持原定贸易额外，又限制赴日船只不得超过30艘（贸易额仍为6000贯)，并须持有幕府发放的“信牌”。[注1]后因铜也日减，幕府开始附带出口海参、鲍鱼、鱼翅、海带等海产品及黄铜、镀金、描金等器物及名瓷“伊万里烧”，这些商品在中国备受欢迎。中日贸易在当时日本锁国下，居日本外贸首位。中国货输日者，以丝、绸、各类纺织品、书籍、字画、文具、茶、瓷器、漆器、中药材、香料、皮革等为主，其中书籍数量特别多，幕府不但自己收藏翻刻，还令各藩翻印，使中国不少典籍国内失传者，却在日本得到保存。如日本学者林春斋将中国散佚在日的汉籍16种百余卷汇集成《佚存丛书》出版，使能再现于中国。
当时航日的中国船只多由南京、宁波、温州、厦门、漳州、广东等口岸启航，经舟山群岛，横断东海，直驶长崎。日本对中国贸易多方限制，整个德川时代日中贸易只限长崎一港，且贸易方法也限制甚严。公元1637年(宽永14年)起，规定中国商人投宿日本人家，其投宿处称“差宿”，公元1666年(宽文6年)废差宿，指定街道投宿这种街道称为“宿町”。公元1688年(元禄元年)又进一步在长崎建立“唐人坊”，凡赴日中国商人必须住唐人坊的围墙内。尽管日本对中国贸易严格限制，中国文化还是随着贸易传入日本。
二、两国人民的友好往来跟昔日一样，僧侣仍然是中日文化交流的使者。不过德川时代留学中国的日僧很少，赴日的明清僧却很多。除僧侣外，还有不少亡命日本的明朝遗臣，据统计达62人。[注2]
当初中国僧大多到长崎，住在“唐三寺”里。唐三寺是指长崎的兴福寺(南京寺)、福济寺(漳州寺)、崇福寺(福州寺)。这三所寺院是到长崎的中国船主所建，所以寺院住持必须是中国僧，由南京、潭州、福州三地名刹派僧担任。当初兴福寺开山为真圆，福济寺开山为觉海，祟福寺开山为超然。他们将明清文化带到日本。在亡命日本的明遗臣中，有何倩、林上珍、顾卿、张斐、朱舜水、陈元斌等，朱、陈二人给日本文化的影响更大。
朱舜水(公元1600年—公元1682年)，明末清初爱国进步思想家，浙江余姚人，字楚屿。明末与舟山守将王翅等从事抗清活动。公元1658年参加郑成功和张煌言的北伐，攻长江下游诸城。公元1659年郑成功败后，亡命日本。公元1659至公元1665年在长崎讲学，水户藩主德川光国聘为宾师。公元1665年移居江户，广收门徒，传播中国文化，在中日文化交流史上留下光辉一页。朱舜水治学重实际效用，反对宋儒脱离实践“辨析毫厘，终不曾做得一事”，主张学术为政治和社会服务。这种实学思想，对当时日本有一定影响。公元1682年病逝江户，葬于常陆(今茨城县)，日本学者私说文恭先生。其著作由门人辑集、德川光国父子刊印为《舜水遗书》。[注3]
陈元（上斌下贝）(公元1587年—公元1671年)，浙江余抗人，元和7年(公元1621年)随商船长崎，后为尾张德川侯的幕宾。他在日本与诸名士结交，在日本层社会有一定影响。宽文11年(公元1671不)卒于名古屋。陈元（上斌下贝）长于诗文，传授中国武术，发展了日本古来的柔道，他还在名古屋制造瓷器，后人称“元（上斌下贝）烧”[注4]。
明清之际去长崎的中国人不少。他们有的被任命为“唐通事(中国人翻译)，成为对华贸易的官员，职业世袭。有的在长崎教授中国语盲文学，广收门徒，形成“长崎派”。获生狙株就是其中的著名学者。当时长崎成了中国文化的中心，不少日本人向到长崎的国人索诗文书画，或托便船赠诗给中国人，有的专程赴长崎，以同中国客商笔谈为乐，甚至认为到长崎便靠近中国而引为快事。[注5]
日本人民对待清商很友好，据传至今在长崎的中岛河畔还留下当年修建的一座“常明灯船”，上面刻着“唐船航海安全”字样，表达日本人民对中国商船的祝愿。
学术思想的传入
一、学问的考证风中国朱子学到清代已经衰落，顾炎武反对空谈理论、不务实际的学风。阎若瑰、戴震、钱大听、段玉裁等也主张多务实际。这个考证学派的作风流传日本。在其影响下产生了古学和国学。
日本考证学派先驱者新井白石，将军德川家宣时参与幕政。他仿效马端临《文献通考》，对日本文物制度，详考其源流沿革，著成《经邦典例》一书，还著有《读书余论》、《藩翰谱》、《古史通入《同文通考》、《东雅》等，充分发挥了清代考证学的治学精神。
新井以后有片山兼山、井上金峨、皆川棋园、山本北山、龟田鹏斋、村濑拷亭、太田锦城等考证学者。锦城著有《论语大疏》、《九经谈》，他曾说“得明人之书百备不如清人之书一卷”，推崇考证学备至。
狩谷披斋也崇拜考据学，他的书斋名“实事求是书屋”是采用班固《汉书?河间献王传》的“实事求是”一语。
考证风还影响小说界，山东京传和拢泽马琴对小说进行烦琐考证。医学界后藤民山、山胁东洋、吉益东洞等主张古医术。