八月，南京户科给事中张焜芳论前巡盐两淮御史史【范土】侵帑三十余万，命逮【范土】下刑部狱。【范土】奏辩，又发焜芳朋党状；焜芳夺官。
十月，以御史马太清分守蓟镇西协。北骑进喜峰口，直至徐州，破济南府，德藩被害。京师戒严，召孙传庭于陕西、召洪承畴于三边；于是承畴、传庭率诸将合兵五万，先后出潼关入援。以宣大总督卢象升加兵部尚书，赐尚方剑，总督天下援兵；至贾庄遇敌陷陈，死之。
十一月，括废铜铸钱。
十二月，改洪承畴蓟辽总督、孙传庭保定总督；传庭以失聪辞，不许。寻逮传庭系狱。
十二年（己卯）二月，贵州道御史王聚奎劾刑科右给事中陈启新缄默溺职；谪聚奎，并罢右佥都御史李先春，夺吏部左侍郎董羽宸俸二月。以司礼太监崔琳清理两浙盐课、赋税。
三月，召参议郑二阳于平台，问练兵措饷之计。对曰：‘大抵额兵之设，原有额饷；但求实练，则兵不虚冒、饷自足用，是核兵即足饷也。若兵不实练，虽措饷何益’！上问“措饷”。曰：‘诸臣条奏尽收矣，在得其人。得人，则利归公家；否则，在私室’。上曰：‘各处灾伤，奈何’。曰：‘裁不急之官，亦可省费’；又曰：‘臣见州县残破，急宜下宽大之诏，收拾人上’！上称善，擢二阳都察院右佥都御史。
四月，免高淳去年旱蝗田租，谕释轻系。时上颇于内庭建设斋醮，礼科给事中姜采上言：‘宗社之安危，必非佛氏之祸福’；上不听。京城浚濠，广五丈、深三丈；给事中夏尚絅切谏，不听。
五月，出帑金三十万济饷，后偿之。山西按察副使魏士章请遣京官搜括天下钱粮充饷；从之。
六月，礼部尚书林欲揖请核僧道赡地、毁淫祠，括绝田助饷。
七月，戒午门、端门诸内臣延接朝士。
八月，故庶吉士郑鄤磔于市。鄤初选庶吉士，有直谏声，文震孟、黄道周皆与之游。当时欲借鄤以倾震孟、道周，谳驳逾重；而鄤居乡多不法，遂罹惨祸。降贼张献忠复叛于榖城，罗汝才九营并起应之；左良玉大败，失其符印。事闻，革总理熊文灿任，仍视事；降良玉职，戴罪杀贼。初，文灿与杨嗣昌深相结纳；嗣昌冀文灿成功，以结上知。文灿既偾，嗣昌内不自安，请督师南讨；上以隆礼劳遣之。
九月，免河南州县田租有差。时中外交讧，上念穷民罹灾，己卯、庚辰之间蠲贷屡下；而有司骫法，侵蠹如故。以内官监太监杜秩亨提督九门。
十月，彗星见，谕停刑。杨嗣昌至襄阳，入熊文灿军中；诏逮文灿入京论死，弃西市。嗣昌表左良玉为平贼将军。良玉所部多降将，嗣昌谓可倚以办贼，为请于上；故有是命。
十一月，流贼老回回、革里眼、左金玉、南营四股合二万人，分屯英、霍、潜、太诸山寨，突犯安庆、桐城诸路；辽将黄得功、川将杜先春屡战却贼，贼每避两军。贼多购蕲、黄人为间，或携药囊蓍蔡为医卜、或谈青鸟姑布星家言、或缁流黄冠、或为乞丐戏术，分布江、皖诸境觇虚实，时时突出焚掠；相持逾年，毒流四境。
十二月，北兵薄山海关，总督洪承畴出战，报军覆身没。上为辍朝恸哭，赠少保，予谥，荫一子世袭锦衣卫指挥使，加祭九坛；造祠关门，春秋致祭。
十三年（庚辰）正月，逮湖广巡抚方孔昭，命宋一鹤代之。