四月，命南京守备太监孙象贤、张云汉同兵部尚书范景文清核兵马、器械。总监太监高起潜行部，永平道刘景耀、关内道杨于国俱耻行属礼，上疏求免；上谓总监原以总督体统行事，罢于国、降景耀二级。时监视之设，只多一扣饷之人。监视满，则督、抚、镇、道皆恃以饰功掩过，故边吏皆乐有监视；而上方倚任中官，不察也。谕百官求直言，刑科给事中李如灿上言时事，归咎辅臣；上怒，下汝灿于狱。左谕德黄道周上言：‘陛下下诏求直言，清刑狱。然方求言而建言者辄斥，方清狱而下狱者旋闻。非所以开言路、信诏旨’！上切责之。新安所千户杨光先劾吏科给事中陈启新及元辅温体仁，舁棺自随；上怒，廷杖、戍辽西。
六月，大学士温体仁引疾免。初，体仁以摘发钱谦益受主知，遂入相。时上英明，廷臣苞苴亡状，体仁以残刻辅之，圜扉之内累累趾相属。初藉周延儒入，旋以权相轧，周去而温独存。自佐政以来，边徼潢池之警，漫无经画；惟斤斤自守，不殖货贿，故上始终敬信之。
七月，以史可法为右佥都御史，巡抚安、庐、池，太等处军务。时以寇患，故创设。
八月，上登正阳门阅城。以薛国观为礼部左侍郎兼东阁大学士。
十一月，以司礼太监曹化淳、杜勋等提督京营，孙茂霖守蓟镇中西三协，郑良辅总理京城巡捕。
十一年（戊寅）正月，裁南京冗官八十九员。任丘、清苑、徕水、迁安、大城、定兴、通州各有司不法，上内访逮入；责抚、按不先劾为溺职：‘近畿如此，远地可知’。命部院申饬。
二月，城芦沟，名拱极城；太监督役，掠涂人受工，民力为惫。巡按江南御史张任学改都督佥事总兵官，镇守河南。任学觊得巡抚，且欲荐故丹徒知县张放，因极诋诸总兵不足恃；盛称文吏有奇才，可御寇。上竟以总兵授之，意大沮悔；寻被逮。上御经筵毕，召詹事府、翰林院诸臣顾锡畴等二十余人，问‘保举、考选，孰为得人’？少詹事黄道周对曰：‘树人如树木，须养之数十年。近来人才远不及古，况摧残之后，必深加培养’。庶子黄景昉请宥郑三俊；上曰：‘三俟蒙徇，虽清何济’！又命诸臣各陈所见。上曰：‘言须可行，如故讲官姚希孟欲折漕一年，误矣’！编修杨廷麟曰：‘自温体仁荐唐世济、王应熊荐王继章，今二臣皆败，而荐者无恙。是连坐之法先不行于大臣，而欲收保举之效得乎’？上默然。命诸臣出，宴午门之庑。道周等退，各补奏。会南京应天府丞徐石麒亦上言郑三俊清节，得释。三俊为司寇，敝衣一箧，爨烟不给，以拟狱轻得罪。上亦素知之，故得放还。
三月，上御左顺门，召考选诸臣，五人为班递进。问兵食计，知县曾就义曰：‘百姓之困，皆由吏之不廉。使守令俱廉，即稍从加派以济军需，未为不可’。上拔第一。未几，即有剿饷、练饷之加。
四月己酉丑刻，荧惑去月仅七、八寸；至晓，逆行，尾八度掩于月。
五月丁卯夜，荧惑退至尾初度，渐入心宿。兵部尚书杨嗣昌借月食火星，以为可化灾为祥，冀以动上意；工科都给事中何楷驳正之。
六月，兵部尚书杨嗣昌改礼部尚书兼东阁大学士，仍署兵部事。时嗣昌母服才五月，工科给事中何楷劾嗣昌忘亲；上切责之。先是，吏部会推阁员，上不允，命并及在籍守制者；盖嗣昌为陈新甲地也。已而特召新甲为兵部右侍郎，总督宣、大。侍讲学士黄道周上言：‘朝廷即乏人，岂无一定策效谋者？而必破非常之格，以奉不祥之人’！上不怿。召廷臣于平台，问道周曰：‘朕闻无所为而为之谓天理，有所为而为之谓人欲。尔前疏适当枚卜不用之时，果无所为乎’？道周对曰：‘天人止是义利，臣心为国家、不为功名，自信其无所为’。上曰：‘前月推陈新甲，何不言’？对曰：‘时御史林兰友、给事中何楷皆有疏，二人臣同乡，恐涉嫌疑耳’。上曰：‘今遂无嫌乎’？曰：‘天下纲常、边疆大计，失今不言，后将无及？臣所惜者，纲常名教；非私也’。上曰：‘清虽美德，不可傲物遂非。唯伯夷为圣之清；若小廉曲谨，是廉非清也’。道周曰：‘伯夷忠孝，故孔子许其仁’。上怒其强说。道周又极诋杨嗣昌，嗣昌出奏曰：‘臣不生于空桑，岂遂不知父母！臣尝再辞，而明旨迫切！道周学行人宗，臣实企仰；今谓不如郑鄤，臣始太息绝望！鄤杖母，行同枭獍；道周又不如鄤，何言纲常也’！道周曰：‘臣言文章不如郑鄤’。上责其朋比。
道周曰：‘众恶必察，何敢为比’！上曰：‘少正卯亦称闻人；惟行僻而坚、言伪而辨，不免孔子之诛’！道周曰：‘少正卯欺世盗名，臣无其心。臣今日不尽言，则臣负陛下；陛下今日杀臣，则陛下负臣’！上曰：‘尔读书有年，只成佞耳’！叱去。道周叩头起，复奏曰：‘忠佞二字，臣不敢不辨。夫臣在君父之前，独立敢言为佞；岂在君父之前，谗谄面谀者为忠乎？忠佞不分，则邪正混淆，何以致治’！上怒甚，嗣昌乞优容之。上曰：‘朕亦优容多矣’！诸臣退。上召回，谕曰：‘今内寇外裔、天灾地震，皆朕不才，不能感发诸臣公忠为国之心；不智，不能辨别是非邪正；不文，不能宣布德化；不武，不能削平祸乱：此皆朕之寡昧，即朕之愆尤！正赖卿等匡救不逮。乃有一等机械在心，专于党同伐异、假公济私；朝廷才用一大臣，百般诋毁。律以祖宗之法，当何如处？看来这裔、寇却还易治，衣冠之盗却是难除。以后再敢如此，立置重典。朕劝诸臣各修职业，共享太平之福’！诸臣叩头出。明日，降道周为江西布政司都事。翰林院修撰刘同升、编修赵士春、都给事何楷、试御史林兰友各疏救道周、劾嗣昌，俱谪调有差。