二月，巡按凤阳御史吴振缨始以皇陵之变闻。是日，上御经筵，特传免；素服避殿，亲祭告太庙，命百官修省，俱素服从事。逮巡抚凤阳都御史杨一鹏并振缨下狱。一鹏论死，弃西市；振缨遣戍。命侍郎朱大典总督漕运、巡抚凤阳，同洪承畴协剿。候补给事中刘含辉乞蠲陕西八年以上逋租，不许。兵部职方主事贺王盛再劾温体仁庸奸误国，谪外。御史吴履中劾温体仁、王应熊并及监视内臣，上切责之。上以祖训凡郡王子孙有文武才能、能堪任用者，宗人府具以名闻；朝廷考验，授以职，其迁除如常例。礼部右侍郎陈子壮上言：‘宗秩改授，适开侥幸之门，隳藩规、溷铨政’。上以其沮诏、问亲，下于理。明年四月，始得释。已而莅官，多不法，公私苦之。
四月，予故辽东总兵宁远伯李成梁祭葬。福建游击郑芝龙合粤兵击刘香老于田尾远洋，香老胁兵备道洪云蒸出船止兵；云蒸大呼曰：‘我矢死报国，亟击勿失’！遂遇害。香老势蹙，自焚溺死；康承祖、夏之木、张一杰脱归。
五月，谕户部：暂开捐纳，以济军需。
六月，刑部主事胡江、给事中何楷、宋学显、御史张缵曾各劾温体仁，不听。总兵曹文诏至娑罗塞，寇大至；力竭，自刎。文诏敢斗，前后杀贼万计，为贼所畏。官军闻之夺气。
七月，进少詹事文震孟礼部左侍郎兼东阁大学士。震孟讲“春秋”称旨，既而以疾告，不许。温体仁语之曰：‘行相君矣，何避也’！至是，出特简，入政府。召廷臣于中左门，试时政“边才论”。又出各疏，命翰林官拟上。
八月，命湖广巡抚卢象升总理直隶、河南、山东、四川等处军务，统关、辽兵，赐尚方剑，便宜行事；洪承畴剿寇西北，象升剿寇东南。上谕：‘致治安民，全在守令。命两京文职三品以下、五品以上，各举堪任知府一人；在内翰林、科道，在外抚、按、司、道、知府，各举州县官一人。过期不举者，议处；失举，连坐’。
九月，枚卜，命吏部举在籍才堪辅弼者，以林焊、孙慎行、刘宗周名上；命即钦取来京。
十月，上罪己，避殿撤乐。下诏曰：‘朕以凉德，缵承大统。不期倚任非人，边乃三入，寇则七年；师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮诎，而征调未已；闾阎凋敝，而加派难停。中夜思维，不胜媿愤！今年正月流氛震惊皇陵，祖恫民仇，责实在朕。今调劲兵、留新饷，立救元元，务在此举。惟是行间文武吏士劳苦饥寒，深切朕念：念其风餐露宿，朕不忍安卧深宫；念其饮水食粗，朕不忍独享甘旨；念其披坚冒险，朕不忍独衣文绣！兹择十月三日，避居武英殿，减膳撤乐；非典礼事，惟以青衣从事。与我行间文武吏士，甘苦共之，以寇平之日为止。文武官其各省愆淬厉，用回天心，以救民命’！
十一月，大学士何吾驺、文震孟罢。初，吾驺、震孟在直，以工科给事中许誉卿素着直声，欲补南京太常卿；温体仁难之。吏部尚书谢升遂疏纠誉卿，震孟票夺俸，体仁不肯；震孟作色掷笔。体仁夕揭上，而吾驺、震孟朝罢矣。震孟有时望，入相仅三月；而龃龉同官，不竟其用。逮庶吉士郑鄤。
十二月，城凤阳。初，颍州贼将趋凤阳，巡抚杨一鹏请移镇，大学士王应熊拟旨止之。贼陷凤阳、焚皇陵，幽宫不保，诸臣忌讳，不敢闻；寻以獾穴为解。至是，城始成。吏部尚书谢升奏起废张士范等一百六人，不果用。
九年（丙子）正月，林焊、刘宗周应召来京，上召对平台。上问：‘方今流寇猖獗，粮饷不敷；又值人才匮乏，不称任使。奈何’？宗周对曰：‘皇上求治太急，用法太严，布令太烦，进退天下士太轻。所以有人无人之用，有将不能治兵，有兵不能杀贼。至于饷匮，由于兵增；若有将不能治兵、有兵不能杀贼，何取多兵！今不当议增兵，当议练兵。若流寇，本朝廷赤子；抚之有道，还为吾民。今日急务，尤以收人心为本’。上又问：‘外裔如何处置’？宗周对曰：‘御外裔亦以内治为本。帝舜之时，苗顽逆命，干羽舞两阶而有苗格’。上顾首辅温体仁曰：‘先年敌薄都城，此时可说干羽两阶否’？上不怿而起。传旨：以林焊入阁办事、以刘宗周为工部右侍郎。淮安武举陈启新上言：‘欲停科目、举孝廉、罢推知行取，专拜大将，举行登坛推毂之礼，使其节制有司’。上异其言，特授吏科给事中。启新本庸人，时政府觇知上意，必有辟门特达之典，故与曹化淳实左右之；立致省垣，将借以搏击善类。迨启新既得进，惟从事敝车羸马以逢抑上意，而政府有求皆不应：故政府深恨之。总理卢象升师次滁州，与贼战，败之；贼西，渡河。祭酒倪元璐以黄安县学生邹华妾行荐举，列及己名，惊异；纠参。上是之。