三月，召大学士何如宠入朝；在道屡引疾，不许。刑科给事中黄绍杰上言：‘从来君子、小人不能并立；如宠徘徊瞻顾，则次辅温体仁当知所自处’。上责其率妄，调外。考选推官鲁元宠等、知县胡世安等八人改授庶吉士，一体教习。秦、晋、楚、豫流贼蔓延，廷议以为各镇、抚事权不一，互相观望，宜以重臣开督府，统摄诸道兵讨贼。制曰：‘可’。诏进延绥巡抚陈奇瑜兵部右侍郎，总督陕西、山西、河南、湖广、四川军务；视贼所向，随方剿抚。山西自去秋至今不雨，大饥，人相食。
四月，发帑金五万，命御史梁炳赈饥。
五月，陕西按祭副使贺自镜奏监纪太监孙茂霖玩寇。宣府太监王坤奏：‘监军纪功罪耳，追逐有将吏在。果如自镜言，则地方官罪不在茂霖下矣’。上不问。
六月，罢各道监视太监。谕曰：‘朕御极之初，撤还内镇，举天下事悉以委之大小臣工。比者多营私，罔恤民艰；廉谨者，又迂疏无通论。己巳之冬，京都被兵，宗社震恐，此士大夫负国家也。朕不得已，用成祖监理之例，分遣各镇监视，添设两部总理虽一时权宜，亦欲诸臣自引罪。今经制粗立，兵饷稍清，诸臣应亦知省；其将总理、监视等官，尽行撤回，以信朕之初心。张彝宪俟漕竣，即回监供职’。惟关、宁密迩外境，高起潜兼监两镇暨内臣提督如故。
七月，流贼至凤翔西关口，称奉督、抚檄，安插城内。守臣知其诈，绐以门不敢启，须缒上城；先登三十六人，尽杀之。总督陈奇瑜借辞地方官绅挠偾抚局，以激上怒；命缇骑逮宝鸡知县李嘉彦及凤翔乡绅孙鹏等五十余人，下刑部狱。
八月，召群臣于平台，问谁堪冢宰、总宪者？吏部左侍郎张捷曰：‘臣之所举，与众不同’。上许之。勋戚在殿西室、文臣在殿东室，捷旁皇四顾，大学士王应熊目属之；诸臣觉其异。及问所荐，则前兵部吕纯如也。时诸臣或举郑三俊、或举唐世济，捷曰：‘总宪世济可，冢宰非纯如不可’。俄入奏，力言纯如之长。诸臣以纯如列“逆案”不可，刑科给事中姜应甲言之尤力；捷失色。上问温体仁，对曰：‘谢升可’。上是之。应熊故善周延儒，而纯如又与延儒相比，故体仁阴持之。给事中范淑泰、吴甘来交章劾王应熊、张捷同谋党附，计翻“逆案”。次日，召南京吏部尚书谢升为吏部尚书，以唐世济为左都御史。总督陈奇瑜报降贼一万三千有奇、斩渠十人，余俱延安民，并令还乡。按是贼为洪承畴所逐，窜汉中；川兵扼巴西诸险，贼饥无所得食，故乞降于奇瑜。奇瑜专事招抚，受其降；檄诸军按甲无动，遣官监护降者。诸盗本无降意，徒以饥疲困于险地不得逞，姑从款以纾我师。奇瑜檄所过郡邑，为具糗粻传送之。既度栈道，已出险数万众，渐不受绳束，仍事杀掠，所至罢市。贼遂尽杀监护官五十员，攻陷麟游、永寿，势不可复遏矣。
九月，诏免浙江崇祯三年以前织造。
十月，上数御经筵，遇雪不辍，谕讲官尚书韩日缵、姜逢元等毋忌讳。少詹事文震孟讲“春秋”。上谕：‘仲子归赗，此见当时朝政有关，所以当讲。自今进讲，当以此类推’。总理户、工二部司礼太监张彝宪改司礼提督。礼部右侍郎陈子壮尝谒大学士温体仁，体仁盛称主上神圣，臣下不宜异同；子壮曰：‘世宗皇帝最英明，然大礼、大狱，臣工犹执持不已。皇上威严，有类世宗；公之恩遇，孰与张桂？但以将顺而废匡救，恐非善则归君之意’。体仁意沮。削总督陈奇瑜籍，听勘。
十二月，进洪承畴兵部尚书，总督河南、山西、陕西、湖广、保定、真定等处军务，其总督三边如故。总督两广熊文灿戴罪自效。先是，文灿令守道洪云蒸、巡道康承祖、参将夏之木、张一杰往谢道山招降刘香老，既而被执。文灿奏“道、将信贼自陷”。上曰：‘贼渠受抚，自当听其输诚，岂有登舟往抚之理？弛备长寇，尚称未知；督臣节制何事’？故令戴罪。
八年（乙亥）正月，贼陷颍州。知州尹梦鳌、通判赵士宽俱阖室死之。贼陷凤阳。凤阳无城郭，贼大至，官军无一人迎敌者，遂溃。贼焚皇陵，楼殿为烬，燔松三十万株，杀守陵太监六十余人，纵高墙罪宗百余人。留守朱国巷战，斩贼二十七人，力竭死。贼渠扫地王、太平王入府治，知府颜容暄囚服匿狱中；贼纵囚，获之。贼渠张盖鼓吹坐堂，杖容暄于堂下，杀之；推官万文英等六人、武官四十一人，俱被杀。士民杀死数万，剖孕妇，注婴儿于槊。燔公私邸舍二万二千六百五十余间，光烛百里。贼渠列帜，自称“古元真龙皇帝”；恣掠三日。太监卢九德、总兵杨御蕃以川兵三千救凤阳，南京兵亦至。贼奔，以筵篿卜于神祠，不利；刳神像而去。趋庐州，陷巢县。已攻舒城，知县章可试塞三门，开西门，诱贼入，陷于坑；奔溃，死千人。因掠霍山、合肥诸县，攻六合，聚稚子百十，环木焚之，听其哀号，以为笑乐。又裸妇人数千，詈于城下；少有媿沮即磔之。