三年（庚午）正月，北兵饱扬出关，尸横遍野。前尚宝司卿原抱奇劾大学士韩爌致寇，爌致仕归。陕西盗王子顺等各路蜂起。先是，万历时朝廷念西军劳苦，预给三月粮；崇祯二年大旱，秦粟腾贵，军饷告匮。总督杨鹤、巡抚梅之焕分道勤王，其溃卒畏诛亡命，倡饥民为乱。时东事益急，廷议清核兵饷乘障，兵以减饷而哗。又以给事中刘懋裁定邮传，毋滥用县官钱，谓苏民力也；而河北游民，向藉食驿糈，岁不登，无所得食，溃兵煽之为盗：而全陕无宁土矣。
二月，复故大学士张居正荫。赐故都督戚继光表忠祠。
四月，磔袁崇焕于市，京师百姓争啖其肉，顷刻立尽。
六月，进礼部尚书温体仁东阁大学士。流贼王嘉胤等掠延安、庆阳，城堡多陷。总督杨鹤主抚，不以闻，与陕抚刘广生持牌招抚贼魁黄虎、小红狼、一丈青、龙江水、掠地虎、郝小泉等，俱给牒免死，安置延绥、河西；但不焚杀，其淫掠如故。有司莫敢告，而寇患成于此矣。
七月，左谕德文震孟上言：‘吕纯如罗织诸贤，今藉奥援，思起用’；并及吏部尚书王永光。不问。
十月，耿如杞以兵无纪律，狱具弃市。府尹刘宗周与辅臣温体仁不合，三疏乞归；许之。
十一月，川贵总督朱元永宁奏捷，以奢崇明、安邦彦、歹费首级献俘京师。下辅臣钱龙锡于狱。
四年（辛未）正月，刑科给事中吴执御上言：加派、捐助、搜括三者，不可行。上曰：‘加派原不累贫，捐助听之好义；惟搜括滋奸，若得良有司奉行，亦岂至病民乎’？不听。上召廷臣及各省监司于平台，问浙江按察副使周汝弼“浙、闽相连，海寇备御之策”。对曰：‘去秋，寇犯海上，五日即去’。问江西布政使何应瑞：‘尔省宗禄何以不报’？应瑞曰：‘江西山多田少，瘠而且贫；抚按查核，有司尚未报耳’。问湖广右布政使杜诗：‘尔楚去秋民变树帜，何也’？诗曰：‘树帜之后，地方仍安’。问福建布政使吴旸、陆之祺：‘海寇备若何’？旸曰：‘海寇与陆寇不同，故权抚之。但官军狃抚为安，贼又因抚益恣，故数年未息耳’。上问实计安在？祺曰：‘海上官兵，肯出死力；有司练乡兵，筑城要地，多设火器，以战为守：此上策也’。问河南布政使杨公翰、贾鸿洙以“收税耗重，宜斥有司”。鸿洙曰：‘近奉上命，已革去矣’。问广东布政使陈应元、焦元溥曰：‘尔省所负宣、大兵饷数十万，何也’？应元曰：‘近已解纳’。问其数；曰：‘七千两’。上少之；曰：‘宣、大重镇，急需，其毋玩’！问山西按察使杜乔林：‘流氛若何’？对曰：‘寇在平阳或河曲，须大创之；但兵寡饷乏耳’！上曰：‘前言寇平，何尚阻也’？曰：‘山、陕界河，倏去倏来，故河曲被困’。问“河曲之陷”？曰：‘贼未尝攻，失于内应’。问：‘导贼何人乎’？乔林曰：‘大抵出于饥民’。
问陕西参政刘嘉遇，对曰：‘寇见官兵，即散；退，复啸聚’。上曰：‘寇亦我赤子也，可抚抚之’！曰：‘今方用抚’。上曰：‘前王子顺既降，何又杀之’？曰：‘彼抚仍掠，宜其戮也’。‘近寇何如’？对曰：‘一在延安，一在云岩、宜川’。问广东布政使陆问礼、按察使孙朝肃，时问礼已除南赣巡抚，上曰：‘南赣多盗，若何’？对曰：‘南赣在万山中，接壤四省。当行保甲、练兵伍，庶足弭贼’。上曰：‘此须实效，空言何为’！问：‘海寇若何’？曰：‘广东海寇，俱至自福建；舟大而多火器，兵舡难近。但守海门，勿命登陆，则不为害’。问广西布政郑茂华、李守俊：‘靖江王府争继，何也’？对曰：‘宪定王二子，履祥、履佑。履祥早殁，王请立履佑为世子；而履祥有未奏选之妾生子，今已长矣，是以争’。问四川布政使华敦复：‘乡绅挟御史，何也’？以“逋赋”对。上曰：‘守臣何不弹压’？对曰：‘远方有司多科贡，故不能耳’。时云南布政娄九德被劾，问贵州布政朱芹以安位事。对曰：‘督、抚臣责安位以四事：一擒故杀王巡抚者，一献蔺部逋人，一贬爵不得称宣慰，一削地；故议未决’。对毕，召各官，谕之‘正己率属，爱养百姓；用命有显擢，不则罚随之’。各退谢。召左都御史闵洪学、左副佥都御史张捷、高弘图，谕洪学曰：‘巡按贤，则守臣皆贤；若巡按不肖，其误非小！屡饬回道严核，何近日不称职之多也’？又曰：‘卿与吏部实心任事，天下不难为’。乃退。翰林院编修黄道周疏救钱龙锡，谪外。
夏四月，上念旱，释前工部尚书张凤翔、左副都御史易应昌、御史李长春、给事中杜齐芳、都督李如桢于狱。释故大学士钱龙锡狱，戍定海卫。
八月，吴执御论周延儒揽权壅蔽；疏凡三上，俱留中。
秋九月，命太监张彝宪总理户、工二部钱粮，唐文征提督京营戎政；王坤往宣府、刘文忠往大同、刘允中往山西，各监视兵饷。
十月，命太监监军王应朝往阙宁、张国元往蓟镇东协、王之心中协、邓希韶西协。