十一月，召宁阳侯陈光裕、襄城伯李守锜、清平伯吴遵周、诚意伯刘孔昭于文华殿，问京营整理若何？各有所对。上以守锜总督京营。会推阁员吏部侍郎成基命、礼部侍郎钱谦益等，礼部尚书温体仁讦谦益天启辛酉主试浙江、贿中钱千秋，不宜枚卜。上召廷臣及体仁、谦益于文华殿，质辩良久。上曰：‘体仁所参“神奸结党”，谁也’？曰：‘谦益党与甚众，臣不敢尽言。即枚卜之典，俱谦益主持’。吏科给事中章允儒曰：‘体仁资深望轻，如纠谦益，何不先于枚卜时’？体仁曰：‘前犹冷局；今卜相事大，不得不为皇上慎用人耳’。允儒曰：‘朋党之说，小人以陷君子，先朝可鉴’！上叱之，下锦衣卫狱、削籍。礼部以钱千秋试卷呈，上责谦益，引罪而出；旋回籍，除名为民。遂停枚卜。
十二月，大学士韩爌入朝。上下焚毁非刑诏曰：‘非法非刑，惨毒异常，允非盛世所宜有。着遵高皇帝敕旨，概从焚毁’！
二年（己已）正月二十日，上幸太学，行释奠礼，命祭酒坐讲“尚书”“尧典”。召大学士韩爌、李标、钱龙锡、吏部尚书王永光、刑部尚书乔允升、左都御史曹于汴定逆案，谕以“首开谄附、倾陷、拥戴、颂美、建祠并虽未颂祠而阴行赞导者，据法依律，无枉无徇”。上又曰：‘忠贤一人在内，苟非外廷逢迎，何遽至此！且内臣同恶，亦当入之’。阁臣以“外廷不知内事”对。上曰：‘岂皆不知，特畏任怨耳’！次日，召阁臣，指黄袱所封章疏累累，曰：‘此皆媚珰实迹也。宜一一按入之’。
二月，召廷臣于平台，问‘张瑞图、来宗道何以不在逆案’？对曰：‘二臣无实事’。上曰：‘瑞图善书，为珰所爱。宗道祭崔呈秀母称“在天之灵”，其罪着矣’。问‘贾继春何以不处’？阁臣言：‘继春欲善待选侍，不失厚道；后虽反复，其持论间有可取’。上曰：‘唯反复，故为小人；不可失入’！
三月，廷臣上“钦定逆案”，诏刊布中外。以七等定罪：魏忠贤、客氏磔死外，曰“首逆同谋”，崔呈秀等六人；“交结近侍”，刘志选等十九人；“交结近侍次等”，魏广微等十一人；“逆孽军犯”，魏志德等三十五人；“谄附拥戴内监”，李实等十五人；“结交内侍末等”——俱配赎，顾秉谦等百二十八人；“祠颂”——照不谨例冠带闲住，黄立极等四十四人。
夏四月，秦、晋饥，盗起，朝臣捐俸助饷。上曰：‘诸臣兴利除害，国家受益多矣；何必言助’！
五月，蓟辽总督袁崇焕上疏，请巡视九边；上允之。是月晦，巡至镇江双岛，与毛文龙盘桓数日；于六月六日设账房于山上，犒军较射，遂缚文龙，数以十二大罪，出尚方剑斩之。疏闻，京师震骇。
六月，御史曹榖奏雪太监王安之冤。上悯之，着还原官，家产仍给与子侄。诏各处媚珰生祠尽行拆毁。给还万诬坐赃银三百两；谕曰：‘万冤死堪怜，解到诬坐赃银，给还家属，以旌忠直’。
七月，以司礼监太监曹化淳提督东厂。
十一月，北兵入遵化，直抵京师。兵部尚书王洽以兵薄都城，依律处斩。总督袁崇焕与总兵祖大寿尾其后至城下，但对垒相持，不与战；上疏请入城养病，上不许。召崇焕陛见，劳以裘帽，即命归营。是日，鏖战城北，满桂兵大败。满桂缒城入见，遂言崇焕差喇嘛僧往清议和，杀毛文龙以为信；今勾引入犯，以城下之盟，了五年灭寇之局。上差中使二人召崇焕面议军务，崇焕欲勿行，而难于辞；乃言军中见疑，请以二中使为质。上即令二人留质。崇焕陛见，上命满桂与之面质；满桂尽发其奸状，崇焕免冠请死。上命锦衣卫堂上官拿送镇抚司，立命满桂往统其军。祖大寿引大队夺关而出，奔宁远。北兵攻城，急诏天下勤王。
十二月，山西巡抚都御史耿如杞同镇将张鸿功领兵入卫。至涿鹿，兵哗，大掠；如杞被逮下狱。兵叛散，与河南贼高如岳、李自成合，推高如岳为首，始称闯王；贼势遂盛。上召对阁部大臣，商榷大将，翰林院庶吉士刘之纶、金声特荐布衣申甫。上即召刘之纶、金声并召申甫，见于平台。之纶面陈城内保甲、城外列营，设奇应援，相机调度；大当圣意。甫亦自言深谙兵机，更精车战。上反复驳问，甫应对如流。上大悦，从之。授甫副总兵，理军事；声授山东道监察御史，参赞军务；之纶授协理兵部右侍郎，提督京营重城守御事宜。北兵围城四十余日始西向，分投由良、涿抵湾、由湾抵通，一路抢掠、放火烧舡，至香河扎营。申甫统兵追蹑，遇敌万余，束手无措；敌至叱之，甫与各兵皆自卸盔甲，跪而受戮。金声以阵后脱逃。之纶内不自安，疏请兵以防通、蓟；至遵化，力战死。以司礼监太监沈良佐、内官监太监吕直提督九门及皇城门，司礼太监李凤翔提督京营。进礼部侍郎周延儒为礼部尚书，入阁办事。