七月，召演祚及志完，面质于中左门。问志完兵淫掠，又金银数千两、鞍马百匹行贿京师状，演祚历历有指。因召问演祚云：‘尔所言称功诵德、遍于班联者，谁也’？曰：‘周延儒招权纳贿，如起废、清狱、蠲租，自以为功。考选科道，尽收门下。凡求总兵、巡抚，必先通贿幕客董廷献，然后得之’。上怒，即命逮廷献。又问志完：‘鞍马何所馈’？志完谢无有；且曰：‘是日臣在大王庄，副总兵贾芳名等御敌，乘大风却之’。上斥其妄。问御史吴履中：‘尔在天津，察志完云何’？履中对如演祚言。寻诛志完。以史可法为南京兵部尚书。出千金资太医院疗疫。时京师自春徂秋，大疫，死亡略尽；又出金二万，下巡城御史收殡。上自讯吴昌时于中左门，极刑梭夹，至折胫乃止；遣缇骑，征周延儒至京听勘。
八月，以司礼太监王承恩督察京营戎政、韩赞周守备南京。
九月，擢山东漕储副使方岳贡为左副都御史，寻进东阁大学士。督师孙传庭军乏饷，兵噪于汝州。贼率精骑大至，传庭问计于诸将。高杰请战；白广恩曰：‘我师困，宜驻师分据要害，步步为营以薄贼易耳’。传庭恐贼遁，曰：‘将军何怯，独不如高将军邪’？广恩不怿，引所部八千人去。贼前锋名三堵墙——一红、一白、一黑，各七千二百人来薄；官军接战，陷贼伏中。贼乘之，官军大败，陷泥淖，死者数千人。高杰立岭上望曰：‘不可支矣’！麾众退，诸军尽西走。贼驱大队疾追，一日驰四百里至孟津；官军死亡四万余人，尽丧其军资数万。传庭与杰收散亡数千骑，走河北。初，贼驱难民诱官兵，斩获皆良民也；传庭不知其诈，奏‘贼闻臣名，皆惊溃。臣誓肃清楚、豫，不以一贼遗君父’。识者忧之。至是，果败。传庭回军潼关，众尚四万；自成袭之，传庭没于阵中。渭南知县杨暄被执，不屈死。陷商州，商雒道黄世清不屈死。陷临潼，陕西巡抚冯师孔陷阵死。陷西安，察使黄絅自尽死，长安知县吴崇义、指挥崔尔达俱投井死，秦府长史章世炯自经死，乡绅右都御史三原焦源溥骂贼磔死，副使祝万龄自经死，礼部主事南居业骂贼死，宣抚焦源清、参政田时震俱不受伪职死，御史王道纯大骂贼、不屈死，解元席增光、举人朱谊泉俱投井死，山东佥事王征七日不食死，都司吏丘从周骂贼死。
十月，上自用铜锡木器，屏金银；命文武诸臣各崇省约，士庶不得衣锦绣珠玉。会试天下学子，以陈名夏为会试第一人。
十一月，殿试，赐杨廷鉴状元及第。以罗山事，逮兵部尚书张国维至京，下狱论死。李自成发金数万招榆林诸将，以大队继之。兵备副使都任及故总兵王世显、侯世禄、侯拱极、尤世威、惠显等，敛各堡精锐入镇城，大集将士问之曰：‘若等守乎、降乎’？各言：‘效死无二’！遂推世威为长，婴城死守。贼围数重，逾旬不克。贼以冲车穴之，城崩数十丈，贼拥入；副使都任阖室自经死。总兵尤世威纵火焚其家百口，挥刀突战死。诸将各率所部巷战，杀贼千计。贼大至，杀伤殆尽，无一降者；阖城妇女俱自尽，诸将死事者数百人。贼屠榆林，遂捣宁夏；宁夏总兵官抚民迎降。三边俱没，贼无后顾，长驱而东矣。凤阳陵有声如雷者数月；又陵上松柏生虫大二寸许，食其叶立尽，远望一片枯黄之色。
十二月，前大学士周延儒赐死，吏郡文选司郎中吴昌时伏诛。延儒当中外交讧，竟无能为上画一策。其罢内监、撤厂卫，内臣恨之，乘间媒；上俱不信。迨延儒视师，诸珰尽发其蒙蔽状，上始信之。吴昌时事发，圣怒益不可回。逮至，羁郊外僧寺，赐绳，勒令自尽；三日后，始许收殓。李自成陷甘州。先是，凤翔、兰州开门迎贼；贼渡河，庄浪、凉州二卫俱降，遂围甘州。乘夜雪登城，巡抚甘肃都御史林日瑞、总兵郭天吉、同知蓝台等并死之，杀居民四万七千余人。大内有密室，刘诚意留秘记，鐍键甚固，诫非大变不启。是年秋，女直兵围城；上启视，室中惟一匮。发之，得画三迭：一画文武百官数百，手执朝服，披发乱走。上问内臣，答曰：‘或恐官多法乱’。一画兵将倒戈弃甲，穷民襁负子女逃窜状。上又问内官，答曰：‘想是军民背叛’。上色变。展第三图，一帝者像，酷肖圣容，跣足被发，悬梁作自经状。上不怿，亟命毁之。
十七年（甲申）正月朔，大风霾；占曰：“风从干起，主暴兵城破”。凤阳地震。李自成称王于西安，僭国号曰“顺”，改元“永昌”。贼掠河东、河津、稷山、荣河、绛州，一路俱陷。自成伪牒兵部约战，言三月十日至。兵部执牒者，则京师人，自涿州还，值逆旅客，予十金代投；以为诈，斩之。上忧寇，临朝而叹曰：‘卿等能无分忧哉’！大学士李建泰进曰：‘主忧如此，臣敢不竭力！臣晋人，颇知寇中事；臣愿以家财佐军，可资数月粮，愿提兵西行’。又曰：‘进士石愿单骑走陕北，连甘肃、宁夏之兵，外连羌部，召募忠勇，劝输义饷，剿寇立功。否，亦内守西河、扼吭延安，使贼不得东渡’。上悦，曰：‘卿若行，朕当仿古推毂’。上欲用石，建泰曰：‘候臣西行，酌而用之’。癸丑夜，星入月中，占为“国破君亡”。大学士李建泰出师，上临轩授建泰节敕；上亲赐卮酒曰：‘先生之去，如朕亲行’！建泰顿首起行，上目送之，良久返驾。是日大风扬沙，建泰御肩舆，不数武，杆折；识者忧之。授进士凌駉职方司主事，随辅臣监军；赦李政修罪，亦军前效用。进士程源私谓监军凌駉曰：‘此行兼程抵太原，收拾三晋，犹可济也。若三晋失守，无能为矣’！建泰道闻山西烽火急，因迟行。行至广宗，绅衿城守不纳；攻三日破之，杀乡绅王佐、笞知县张弘基。