陕、甘骚动与长沙攻守先是朝廷以四川助乱、陕西摇动，当严为警备。乃使大学士莫洛率绿营步兵驰往经略，使贝子董额率满骑继进。而三桂将王屏藩骁勇善战，与西安将军瓦尔喀相持于川北，数出偏师，绝粮运、断栈道，官军饷缺有哗溃者。辅臣阴生异志，以索饷为名，鼓众攻杀莫洛于宁羌。董额逡巡不敢袭，尽留诸军困守西安。辅臣自据平凉，而使其党分陷各郡。三桂闻之，赂辅臣犒师银二十万，又令王屏藩等出汉中相援应，甘肃尽陷。董额与辅臣相持一年不下，至十五年，朝廷乃以大学士图海为定远大将军，任西征事，节制董额以下诸军。时三桂方欲乘辅臣之变，取道川、陕，入犯京师，乃留兵七万守岳、澧诸水口，以拒荆州之军；又留兵七万守长沙、醴陵、萍乡，以当安亲王岳乐江西之师；使杨来嘉等进掠郧阳，而自赴松滋调度，欲以通西北之寇。及图海至，督诸将一战，大败辅臣等于平凉城北，辅臣遂以是年六月乞降。王屏藩等遁还汉中，陕、甘略平；而岳乐复乘三桂西上，定江西边郡，由萍乡、醴陵进攻长沙，湖南震动。三桂既不得志于西北，又闻长沙急，乃由松滋回军，尽调诸将会援。荆州军乘之，稍稍南进，扼江湖之险，长沙垂克，而未几松滋舰队自上游来援，荆州军遽藉口溽署引还。三桂又遣其将高大节东陷吉安，以断岳乐之后路，攻守之势复变。
耿精忠之叛服耿精忠之叛也，以都统马九玉、总兵曾养性、白显忠三人为其爪牙，分三路出寇。即养性出东路，据浙之温、台；显忠出西路，据江西之广信、建昌、饶州；九玉出中路，据浙之金、衢。又约台湾郑经，与潮州总兵刘进忠内外夹击广东，声援甚盛。十三年六月，以康亲王杰书为奉命大将军、贝子博喇塔为宁海将军，赴浙进讨，旷岁无功。朝廷数遣敕使招抚，悉见拒不受。会精忠与郑经有隙，经夺其漳、泉、汀、邵诸府，杰书等乘其内乱，遂以十五年九月进攻九玉于衢州，破其众数万。同时白显忠亦为安亲王岳乐所困，穷蹙乞降。精忠既覆两路之师，又内迫于郑氏，闽地几失其半
，恇惧不知所为；乃遣其子显祚诣大军献总统印，自请随官军剿“海寇”赎罪。曾养性闻之，亦以温州降。郑经遂以翌年为闽师所迫，弃漳、泉诸府，退守厦门。浙、闽告平。
尚之信之叛方十四年精忠与郑经同盟侵掠广东沿海，同时吴三桂亦遣故广西提督马雄进兵肇庆，夹攻可喜。可喜自三桂举兵以来，始终与之反对，尝执其使者，奏其诱降之书；又虑之信不可恃，疏请以次子之孝袭封，朝廷深倚赖之，进封亲王。至是可喜东西受敌，又内制于之信，力不支，因自陈衰病将不起，乞江西官军往援，诏以将军觉罗舒恕及副都统莽依图赴之。军至而之信已变，受三桂招讨大将军号，改帜易服，严兵守可喜府，移檄诸郡。是时尚之孝军惠州，两广总督金光祖及舒恕军高州，莽依图军肇庆，精锐不下二、三万，足以合力制之信。而光祖阴受三桂密札，牵制诸军，使不得进。之信势大振，江西援师引还，光祖遂与抚臣佟养钜并降于三桂，三桂封之信辅德亲王，趣之出师，恃为后劲，可喜竟以忧愤卒。
广西之战局孙延龄以十三年春据桂林附三桂；未几，提督马雄亦以柳州应之。三桂封延龄临江王，以雄为东路总督。延龄故与雄有怨，虽共事而畏其逼己，猜忌日深。延龄妻孔四贞，故定南王有德女也；日夜以朝廷恩德为言，劝之反正，延龄意动。马雄讦诸三桂，谓延龄有异志，当急图之。三桂乃使其从孙世琮，引兵赴广西。世琮遂以十五年十二月入桂林，擒杀延龄。先是庆阳知府傅宏烈当三桂未叛时，尝劾奏其不法状，坐妄言流徙苍梧。及三桂反，广西响应，宏烈阳受三桂职，而阴募义勇，图恢复；寻集兵五千人，移檄讨贼，自请任广西军事。诏授宏烈广西巡抚、抚蛮灭寇将军，增募义勇，便宜行事。会尚之信反正，官军集韶州，得分兵赴援，宏烈领所部兵万余，累克浔、梧诸郡。援军乘之，进围平乐，与世琮相持。
江西、广东之复定高大节既陷吉安，使其党韩大任守之，而自率所部乘间出战，以少击众，官军当之者辄挫。大节寻与大任不相能，屡为所谗，发愤竟死。大任不敢出战，吉安遂为官军所围。十六年（一六七七年）四月，大任溃围出，寻降。时耿精忠、郑经先后或降或走，闽地全定。而尚之信亦苦三桂征饷，颇萌悔志，阴通款于江西官军。诏以莽依图为镇南将军，自赣州入广东受之信降，而又令都统赖塔领漳、汀守兵赴潮州应之。于是江西、福建之师同时入粤，之信遂以十六年六月率军民迎降军前。
三桂之末路三桂既失陕西、福建、广东三大援，又失江西，其领地自云、贵而外，独有四川、湖南及广西之一部而已。又自军兴以来，东西调发，财用渐竭，川、湖赋税不足以供军需，情见势绌，恐诸将解体，欲伪示威，重维人心。乃以十七年（一六七八年）三月建号即位，以衡州当兵冲，自长沙徙都之，改为定天府，置百官，封诸将。是时，诸道官军专力湖南，安亲王岳乐复浏阳、平江，将军穆占以陕西、荆州精兵进拔永兴等县，简亲王喇布遂自南昌进屯茶陵。于是湖南东南边境诸州县，自平江至蓝山悉为官军所得。而永兴为衡州门户，相距仅百余里，三桂所必争，乃遣马宝等悉锐环攻，昼夜不息；至八月，城垂陷，而三桂暴卒。诸将解围赴衡州，聚谋迎其孙世璠于云南立之。初，十四年陕、甘之变，四方骚乱，圣祖欲亲征，驻跸荆州，就近调度；而廷臣以为京师根本重地，车驾远出，恐有讹言奸宄窃发，固请毋行。及三桂僭号，圣祖慨军旷日持久，复下亲征之令。廷臣又以贼势日蹙，无劳远出为请，帝未决，会三桂死，乃止。
三路入滇世璠既立，不敢留衡州，退居贵阳，恃川、湖、广西为屏蔽。然自三桂殁，部下失措，无能定战守之策者，官军势益振。于是湖南则安亲主，广西则传宏烈、莽依图、赖塔，四川则平凉提督王进宝、陕西提督赵良栋皆累战累捷。十八年（一六七九年）正月，吴应麒自岳州走常德，寻复弃城遁，长沙、衡州相继下。同时，宏烈等亦克桂林，走世琮。而王屏藩守汉中，以饷运不继，又为王进宝所迫，退守保宁；翌年（一六八零年）正月，遂自杀。良栋亦以是月克成都，三省略定。是年三月，诏安亲主率所部大军之半凯旋，而以贝子彰泰代之。三道之师合趋云、贵，即彰泰以平定湖南之师，自沅州出其东；赖塔以闽、粤之师，自南宁出其南；而良栋以川师出其北。十月，湖南官军由平越趋贵阳，世璠偕诸将走云南，官军乘胜西进。翌二十年（一六八一年）正月，与赖塔军会于曲靖。二月，抵云南；世璠据五华山宫城，誓死守御，累月不下。至九月，良栋已尽逐川南诸寇，进与湘、粤之军合国，攻益力，以十月克之。世璠自杀，马宝等为俘，寻磔于市，云、贵悉平，班师。于是，康熙十二、三年以来蔓延十省之大乱，全归镇定，而台湾郑氏之独立遂不旋踵而覆矣。
尚之信之伏诛尚之信既降，复怀两端，官军征湖南时，趣之出援不赴；比永兴危急，又坐视不救。三桂死，始听调遣，从征广西，驻军武宣。会其弟之孝谋袭藩位，令藩下人张士选赴京告之信心怀怨望，放言讪上。都统王国栋者，故之信私人；至是亦助之孝，发其罪状。十九年三月，诏侍郎宜昌阿等驰往按问。之信闻命，自武宣还广州，上疏抗辩，诏令至京对簿。而藩下总兵李天植怒国栋谗构，诱杀之。事闻，天植坐谋反伏诛。之信遂以是年八月赐死，之孝并坐褫职。