久之，名振病殁，以军事付煌言。于是鲁藩之势衰，而郑成功独强。
郑成功之沿海“侵略”郑成功者，芝龙之子，而其母故日本肥前人田川氏之女也。唐王之立于郑氏也，成功以年少材武得幸，赐国姓，世谓之国姓爷。芝龙既降，成功慨然去儒服，航巨舰，走厦门，出没闽海，与张名振舟山之师相犄角。朝廷数以芝龙书招之，竟不能致。成功虽自以唐藩遗臣故，始终不乐奉鲁监国，而与二张交甚睦。名振卒，煌言以其余众属之，任浙海之向导。成功既连年侵扰福州、兴化间，遂以十三年转略温、台。桂王闻之，自云南遣使航海，封为延平郡王、招讨大将军，便宜封拜。成功益治兵谋大举，戈船之士十七万，以五万习水战，以五万习骑射、五万习步击，以万人来往策应，万人被铁甲，绘以朱碧彪文当前锋，金火不能入，纵横海上。会飓发，碎巨舰数十，漂流士卒数千，乃还守厦门。已而闻大兵三道入贵州，度江南无备，乘机复出。十六年五月，由崇明入江。时沿江要害皆置重兵，设大炮，横铁索，阻守甚严。成功以十七舟径进，蔽江而上。六月，遂破瓜洲，犯镇江。于是江宁、苏常诸道援师毕集，以二十二日战于杨篷山，成功兵上陆者二千。诸会援者皆一时宿将，提督管效忠尤以善战闻，所部凡四千人，他镇兵不在此数；而是日激战之终局，援兵存者仅十之一耳。镇江不守，成功留五日，引兵而西。其部将甘辉请北取扬州，断山东之师，南据京口，绝两浙之漕，严扼咽喉，号令各郡，南畿可不战自困。成功不听。七月，抵江宁，谒孝陵。而煌言别率所部，由芜湖进取徽、宁诸路，安徽列城望风纳款者凡四府三州二十四县，东南大震。世祖幸南苑，集六师，议亲征；而崇明总兵梁化凤以七月二十四日出成功不意，大破之于仪凤门外，擒杀甘辉，成功遂以余舰扬帆疾归。煌言军亦为贵州凯旋兵所败，走航钱塘江出海。成功经营海外十余载，进取之志卒不能达，乃退据台湾，越年竟死。同时鲁王亦薨于台；煌言被执，以不屈见杀（并康熙元年）。由是，沿海防务稍稍息肩。而成功竟以台湾之战，使国姓爷之名（Koｋsing,Koxiga）显于欧洲云。
五三藩之乱
康熙初年之大势顺治十八年（一六六一年）正月，世祖章皇帝崩，春秋二十有四。皇三子嗣位，是为圣祖仁皇帝，以索尼、苏克萨哈、遏必隆、鳌拜为辅政大臣，改明年（一六六二年）为康熙元年。是时明宗室诸王偏安割据者已荡灭无遗，其遗臣之奔走号召以规复为志者，独台湾郑氏而已。海内郡县皆已统一，而开创诸将犹分镇封土，握兵马财政之权，隐如敌国。及康熙六年（一六六七年）七月，圣祖亲政，渐欲完成中央集权之制，知藩镇强大，非国家之利，阴为之备；而诸藩亦内不自安，诡请解兵纳土，以探廷旨。于是撤藩之论起，而吴三桂、尚之信、耿精忠之变作。
三藩之起源及其势力先是世祖定鼎，东南骚乱，故命大学士洪承畴经略五省，而以定南王孔有德循广西，平南王尚可喜、靖南王耿仲明循广东，平西王吴三桂循四川及云南。耿仲明以顺治六年七月道死于江西吉安府，而孔有德亦以九年李定国之乱自裁于桂林。有德无子，爵除，而仲明子继茂袭封。及南方略定，承畴偕宗室罗托、信郡王铎尼引禁旅还京师，而诸王各率所部绿旗兵留镇一方。于是三桂王云南，可喜、继茂王广东；寻徙继茂王福建，继茂卒，子精忠嗣：是为三藩并建之始。三藩中三桂功最高、兵最强，方其入滇之始，军书旁午，朝廷假以便宜，云、贵督抚咸受节制，用人不受吏、兵二部之掣肘，用财不受户部之稽核。其所除授，号曰西选，西选之官遍天下。据桂王五华山旧宫为藩府，置藩庄七百顷，通使达赖剌麻，广市西番蒙古名马，重敛土司金币，开矿榷盐，厚目封殖。乃择诸将子弟及四方宾客颖敏者，教以战术，水陆冲要，遍置私人。子应熊，尚公主，居京师，朝政巨细无所不悉。以是根蒂益固，异志益坚。而尚可喜老病，以兵事属其子之信。之信以酗虐横于粤，耿精忠以税敛暴于闽，皆挟边防为名，岁耗巨帑。统计三藩运饷，岁需二千余万，一切仰诸江南，几糜天下财赋之半。
撤藩之议康熙十二年（一六七三年）三月，尚可喜既受制于其子之信，虑不得自全，乃用其客金光计，疏请归老辽东，留子镇粤，冀见上得目陈。是时，圣祖亲政已数载，春秋日富，习知中外利害与前代方镇得失，数思有以变置，而审慎未发。至是，部议谓可喜归辽，而之信仍拥众留粤，父子分离不便，因请尽徙全藩。三桂及耿精忠闻之，亦于是年七月，疏请安插以相尝试。时廷臣议者或言三桂镇守云南以来，地方平定，未有乱萌，今若将王迁移，则不得不遣兵代戍，如是更调往复，重滋苦累，应请勿徙；而户部尚书米思翰独力主撤藩议，刑部尚书明珠和之。帝以三桂蓄谋已久，不早除之，且为巨患况其势已成，撤亦反，不撤亦反，不若先发制之。于是徙藩之议竟决。
吴三桂之发难三桂自以功高，朝廷终不夺其分土，当优诏慰留，既而移镇山海关外之命至，全藩震动，反谋益急。然以滇、蜀阻隘难进，非举兵之地，欲行至中原而后发。因谬为恭顺，阴事部勒；而抚臣朱国治驱之急，词色峻厉，三桂不能堪，遽于十一月二十一日袭杀抚臣，移檄远近，自称天下都招讨兵马大元帅，以明年为周王元年，蓄发、易衣冠，贵州巡抚曹申吉、提督李本深、云南提督张国桂皆起应之。云贵督臣甘文焜闻变，自贵阳趋镇远，战败自杀。变报达京师，举朝震动，大学士索额图请诛撤藩论者以谢之，帝不许。惟驰诏止闽、粤两藩勿撤，公布三桂罪状，削其官爵，下其子应熊及家属于狱。命前锋统领硕岱驰守荆州、常德，阻其东犯湖广之师；命西安将军瓦尔喀进屯四川，以绝自滇入蜀之通路；而续发大军继其后，以顺承郡王勒尔锦及都统赫业督之：皆十二年十二月及十三年正月事也。
湖南之陷落及其应援三桂既据有云、贵，乃遣部将王屏藩犯四川，遣马宝等自贵州出湖南，以十二年岁除陷沅州。明年正月，张国桂等引兵继进。湖南巡抚卢震弃长沙奔窜，官军之屯湖北者皆畏葸不敢前。于是常德、长沙、岳、澧、衡四府一州先后陷落。同时，四川巡抚罗森、广西将军孙延龄、襄阳总兵杨来嘉各以其守土叛，应之。耿精忠闻之，亦以三月举叛旗，陷全闽。数月之间，六省尽失，中原动摇，当官者无守志。惟尚可喜镇广东，按兵守臣节。三桂闻湖南已定，乃亲赴常、澧间督战，而使其将吴应麒严守岳州，扼洞庭峡口，以当江北官军；官军云集荆州，莫敢渡江。然三桂以子孙并质京师，冀免其诛，又年老持重，不欲轻去云、贵根据，故当发难之日，尝以疏付撤藩使者折尔肯还奏，有所陈请。及既得湖南，又下令诸将毋得北进，冀期廷裂土议和，画江为国。而圣祖深知三桂狙诈，不欲苟且息兵，遂以四月赐三桂子应熊及其长孙世霖死。旋命贝勒尚善为安远靖寇大将军，助顺承郡王进图岳州。三桂乃分兵，一由长沙出江西，一由四川窥陕西。其出江西者，分扰袁州、吉安境，与耿精忠之军合，陷三十余城。而陕西提督王辅臣又以是年十二月举兵宁羌，遥附三桂。于是东西响应，寇氛益张。