贵州之征方可望之未降也，朝廷令经略洪承畴移镇长沙，守湖南；川督李国英驻保宁，守川北；尚可喜等分驻肇广，守两粤；而姑以川东南及云、贵诸省为桂藩君臣苟安之地，不复穷追。及承畴受可望降，尽得敌中内讧状，请乘机大举；朝旨是之，军略复一变，视线集于贵州。于是一军自湖南出其东，承畴及宗室罗托督之；一军自汉中、四川出其北，三桂等督之；一军自广西出其南，都统卓布泰等督之。三道之师并以十五年（一六五八年）春向目的地进发。而李定国既兼并贵州，属马进忠守之，自返云南，坦然以为无患；朝官有进谏者，谓‘今内患虽除，外忧方大，而我酣歌漏舟之中，熟寝爇薪之上，能旦夕安耶’！定国愬之桂王，方欲罪言者以取快，而三道败书并至；即承畴等以二月会师常德，四月出沅靖、镇远抵贵阳；广西之师旋历南丹、那地、独山诸川来会，而三桂亦克重庆入遵义，会信郡王铎尼复奉命为安远大将军，总统三道，以九月抵贵州之平越府，遂大会诸道将帅，议令承畴罗托留贵阳理饷，而自督诸军三路入滇。
云南、贵州之平定定国闻贵阳已失，乃苍黄遣诸将分道迎敌，而亲扼北盘江之铁锁桥，以断黔、滇间之大道。寻诸将各败走不相顾，定国亦撤寨西遁；大军毕会于普安，桂王奔永昌。十六年（一六五九年）正月，大军遂由普安入云南省城。二月朔，铎尼复令诸军西进至大理府境。定国发兵扈桂王走腾越，而自伏精兵于怒江西岸之高黎贡山。高黎贡山者，雪山山脉之一支，与怒江相平行，自永昌府城入腾越所必由之道也。定国度大军累胜，当越岭穷追，乃缘径设伏，约俟大军深入后，首尾环攻，必获全胜。大军既渡怒江而西，道不逢一敌，谓定国窜远，稍稍纵兵入；适明臣卢桂生来，泄其计，大军且退且战，仅亡都统以下十余人，丧精卒数千，而伏兵亦死伤略尽。定国退归腾越，闻桂王已西行入缅甸界，亦弃城他去。于是四川、贵州、云南一律荡平，朝廷颁诏宣示中外，而以镇守云南之事在诸吴三桂，铎尼等先后班师。
缅甸与桂藩之关系缅甸在明时，故为云南诸土司之一，领地约当伊腊瓦底（Ｉrrarwaddy）河上中流沿岸。其北别为孟养宣慰司，其东别为孟密宣抚司及木邦宣慰司。木邦东为孟艮土府。嘉靖中，缅酋莽瑞体数侵诸部，朝廷不能讨，自是贡使渐绝。及桂王之困于云南也，群臣或请北走四川、或议南入交址，而黔国公沐天波独谓缅甸粮糗可资，主张西幸。桂王遂以顺治十六年正月，自腾越出铁壁关，进次蛮莫（Bhams）。会莽瑞体曾孙本他格利（Pentagle）王缅，闻桂王至，乃具舟迎王，浮伊腊瓦底河南行，居诸赭硁（Jagaing），与缅都阿瓦（Ava）隔川相对。是时云、贵诸将刘文秀已前死，而李定国及白文选等亦以战败相失，诸从行者皆文吏，无威重，颇为缅人所轻。已而文选入木邦、定国据孟艮，皆治兵谋假道迎跸，缅人不允。顺治十七年，文选乃移书孟艮，求与定国同盟攻缅。定国悉众而西，两军共至锡箔河上，邀击缅兵，大破之。因议乘胜以舟师薄阿瓦，遣人于上流造船，为缅人所烧，而暑疫复作，乃移军摆古（Pegu），以避瘴疠。未几，文选兵溃走锡箔，定国亦引还孟艮。
吴三桂之阴谋云、贵既平，朝廷以桂藩无足为患，议撤兵节饟，不欲复问缅事；而三桂包藏祸心，欲假手本朝兵力尽翦明宗，以绝遗民恢复之忘想，而后营窟滇南，徐养兵马，以俟本朝之隙。遂于顺治十七年（一六六零年）四月，上疏极陈边患，恐吓朝廷，谓：‘定国、文选窥我边防，兵到则退藏，兵撤则进扰，此其患在门户。土司反覆，惟利是趋，一被扇惑，遍地蜂起，此其患在肘腋。降人革面，尚未革心；永历（桂王年号）在缅，岂无系念，万一入关，若辈生心，此其患在腠理’。因请及时进兵，早收全局。朝廷不虞其有他志，乃命内大臣爱星阿为定西将军，赴滇会剿。明年（一六六一年）八月，大兵十万自腾越出边，严檄缅人，令献桂王自效。时缅人数受定国、文选军之蹂躏，皆不悦其王之纳明遗族，王弟巴哇喇达姆摩（MahaPavaraDhammaRaja）遂弑王自立。然以定国兵尚强，未敢肆虐；而三桂檄适至，缅人因发兵围行在，从官无少长贵贱皆杀之，凡杀宗室诸王以下四十余人，其自缢死者尚不在此数，独留桂王及后妃二十余人，以待三桂之至。明室之悲运，至是极矣！
桂藩之末路大军以是年十一月自木邦进次锡箔，白文选度兵力不敌，已先遁。三桂乃分兵追之，而自督大军抵阿瓦，索桂王益急。缅人为自卫计，即劫王并其家族，渡河送诸军前。三桂凯旋云南，而文选亦为追兵所执，以其余众降，惟定国尚在景线。先是桂王自蛮莫舟行，从官犹千余人，其以无舟不能从者，率崎岖散入他国。方是时，缅甸虽役属东北诸土司，而暹罗、古刺、景迈诸国为世仇。古剌者盖今喀伦，当缅甸东南。而景迈者又元、明以来所谓八百息妇国者也，其居景迈者曰大八百，居景线者曰小八百，皆思乘间倾缅甸。定国既以阿瓦之役不能得志，因欲利用诸国联兵攻之。会桂藩遗臣马九功在古剌、江国泰在暹罗，暹罗王室妻国泰以女，数与定国通殷勤，而九功亦为古剌募兵得三千人，致书定国，愿奉约束。谋定将发，而三桂已拥桂王北去，两国之师并失望而退，定国竟以愤懑病死猛猎。桂王居云南数月，三桂严兵守之，而八旗将士有阴谋推戴者；三桂大惊，立出桂王于市绞杀之，并杀其太子。时太子年十二，临难大呼曰：‘我朝何负于汝，我父子何仇于汝，乃至此耶’！时康熙元年四月也。
航海以后之鲁王自鲁王航海以后、郑成功渡台湾以前，此十余年间闽、浙沿海之军事，适与桂藩之局相始终，故复类记之。鲁王之自台州入海也，石浦守将张名振以舟师从，欲于东海沿岸列岛中求一地利可用者以为根据，徐图进取。而是时舟山为黄斌卿所据、厦门又为郑成功领地，皆不乐受鲁藩命。名振不得已，奉王走南澳，浙中遗臣自钱肃乐、张肯堂、阮骏以下，渡海奔赴者复十余人。顺治四、五年间，数遣兵改福建，连下建宁、邵武、兴化、福宁三府一州地，军势颇盛；然未几又为大军所迫，诸守者皆力战以死。至六年九月，鲁王既尽失闽地，复欲图浙东，以舟山扼钱塘江门户，不可不争。于是张名振、阮骏合军次之，斩黄斌卿，鲁王乃得入。温、台、宁、绍间遗民闻之，乘防兵之赴闽也，争起兵自保，依山为险，列寨以数百计，而上虞张煌言之军为之魁；海陆内外相援系，大军颇为所疲敝。当时浙闽总督陈锦奏报，言‘海寇登岸，则山寇为之接应，山寇被剿，则入海以避兵锋。交通闽、粤，窥伺苏、松，久为东南之患’。所谓“海寇”者，指张名振；所谓“山寇”者，指张煌言辈也。名振恃舟山之险，谓大军必不能至，乃以八年秋留兵六千，属张肯堂等居守，而自与鲁王大举薄吴淞。会陈锦以全力扫荡山寨，尽破其众，乘大雾渡海。阮骏以舟师逆战，全军尽覆；肯堂等犹坚守十余日，乃死。名振闻变，急回军赴援而城已破，乃与张煌言共奉鲁王赴厦门依成功。