耿精忠之伏诛耿精忠之降也，以请剿海贼立功赎罪为词，康亲王杰书奏复其爵及所属官职如旧。朝廷乃以耿昭忠（精忠弟）为镇平将军，驻守福州，而使精忠率所部从征；旋收复兴化、泉州、漳州，遂郑锦入台湾，移师征潮州。会尚之信以广州反正，潮州之刘进忠亦降，精忠遂驻守其地。十六年四月，康亲王议令将军赖塔守潮，而撤精忠还福州。圣祖虑其疑惧生变，诏勿撤。十一月，藩下参领徐鸿弼等遣人赴部，首精忠归顺后尚蓄逆谋，列罪状五款。同时昭忠亦以鸿弼首词，具疏入告。圣祖留疏不发。十七年春，召昭忠还京，仍命精忠还驻福州，而密谕康亲王令之自请入觐。十九年八月，精忠入朝，以藩兵授所属都统马九玉辖之。圣祖乃以前此留中诸疏下法司勘问，部议黜爵磔死。然圣祖以九玉尚握兵柄，不欲遽发，命系精忠，待鸿弼等至京对簿。明年十月，大兵平云南，九玉亦解任归旗。于是台官交章言三桂宜戮尸，精忠及其党应按律议磔，而大学士明珠亦极言精忠罪在不赦；乃诏析三桂骸骨颁示海内，而磔死精忠于市。
封建潘镇之全废三藩既平，朝廷尽籍藩产入官，充军饷，撤藩兵回京师，而于福州、广州、荆州等处各设八旗兵驻防。自是不复以兵权土地世予臣下，凡亲贵功臣毕留京师，宗室自亲王以下至奉恩将军，爵凡九等，有俸、有庄田。功臣自一等公以下，至恩骑尉，爵凡二十六等。虽世袭有差，实际上无几微之权势。由是前代封建之弊绝。其任全国之守备者，则各省有提督、总兵等官，以统绿旗；各要地有将军、都统等官，以统驻防八旗，然皆掌兵柄而不擅财赋，且与文臣互牵制焉。由是前代藩镇之弊亦绝。中央集权之制，至是渐完密矣。
六台湾之收服
郑氏占领以前台湾之历史台湾自郑氏占领以前，为马来种生番所据，未尝受中国之统治。隋大业中，虎贲将陈棱尝一至彭湖，东向望洋而返。“宋史”谓彭湖东有毗舍那国，即其地也。元置巡司于彭湖，明初废之。天启二年（一六二二年），和兰人既据南洋诸岛为贸易地，欲求商港于中国，乃以十七艘之舰队谋犯澳门。时澳门已为葡萄牙人极东贸易之要地，当兰人来侵，中国兵与蒲人协力拒之。兰人不得志，退入彭湖（西名Ｐescadores，蒲语渔夫之义也），筑城居焉。寻又为明军所逐，土人复起攻之，乃以天启四年（一六二四年）退据台湾（西名Formosa，亦出蒲语，译言美丽）。自是以来，兰人次第开拓，先筑安平城（FortZealaudia），旋筑赤嵌城（FortProvintia），又遂西班牙人于岛外，台湾全土归其掌握。乃改革行政，宏布宗教，授土人以兰语，成绩颇着；而是时中国大陆兵乱渐起，避难来住者日以繁衍。于是中、兰两国之移民势力相敌，而郑成功终以战胜之结果，据有其地。
郑成功与和兰之战争顺治十七年，成功自江南败归，使其子经留守厦门，而自以舰队向台湾。是时，兰人哥依德（Coyet）为台湾知事，怒岛人与成功相通，下令捕治，中国移民皆不服。会知事所属会计员负债钜万，恐发觉无以偿，乃走报成功，请为向导。成功览其地图，叹曰：‘此亦海外之扶余也’。十八年六月，成功以兵二万五千自安平附近上陆，断安平与赤嵌之交通。赤嵌城先下，兰人守安平，而告急于巴达维亚（Ｐatavia）。巴达维亚总督遣兵舰七艘、兵七百人赴援。会中国边吏致书哥依德，求合兵先逐成功余众之扰大陆沿海者，然后攻其本营，兰人乃分兵舰五艘应之；成功乘机悉锐还攻。于是安平陷重围者已九月，兵士死者千六百余人；哥依德知不能敌，遂以城降。自天启四年，兰人占领台湾以来，至是凡三十七年，尽失其所有权。郑氏台湾之经营成功既占领台湾，内则组织政府，兴农业、修兵备、定法制、建学校，用处士陈永华为谋主，筑馆舍以居明宗室遗臣之渡海来归者，以赤嵌城为承天府，污莱日辟。外则置兵守金门、厦门两岛，与相犄角；又通使斐律宾群岛，求聘问于西班牙总督，欲以得海上之应援。朝廷知成功终不可致，顺治十八年，诛其父芝龙，并诛郑氏子弟在京者，而诏徙福建沿海三十里内之居民于内地，禁渔舟商船出海，将以坚壁清野之法困之。于是沿海商民荡析流离，又失海上鱼盐之利，颇相疾苦。张煌言因遗书成功，趣之内渡，谓：‘弃此十数万生灵不收，安用争夷岛；且苟安一隅，恐将来金、厦亦不可守’。而成功以台湾初定，虑兰人来袭，未暇争霸大陆。翌康熙元年，成功卒，春秋三十有九，长子经自厦门入台嗣立。是年，监国鲁王亦卒于台。二年，桂王亦被难，而经犹奉其永历之号，巩固海外。
福建之侵扰其后三藩事起，耿精忠据福建，乞援于郑氏，许以漳、泉二府酬之。台人大喜，亟渡海而西，与耿氏合攻广东。既而精忠背约，经请漳、泉不得，于是反兵自取之。福建故属郑氏势力，其旧部多有存者，海澄总兵赵得胜与其属刘国轩、广东潮州总兵刘进忠皆叛附经，经乘势取汀州、邵武等府。会精忠反正，与康亲王杰书合军攻郑氏，遂以十六年收复漳、泉以下诸府。经退守厦门，旋复遣将出没沿海。十八年，经将刘国轩等分道入犯，以六月下海澄，分围障、泉。杰书驻军福州不敢救，而巡抚吴兴祚与将军赖塔出安溪间道，解泉州之围。总督姚启圣、提督杨捷夺漳州险要，国轩还据海澄，守一年不下。时三桂死，官军复岳州，湖南水师无所用。诏水师提督万正色督战艘二百，由海赴闽，与启圣、兴祚等会军攻之，遂以十九年三月克海澄；郑经及国轩弃金、厦二岛，归台湾。
朱一贵之乱康熙末，台湾知府王珍税敛苛虐，滥捕结会及私伐山木者二百余人，处以死刑。凤山县民黄殿等利一贵朱氏，称为明裔，奉之作乱。以五月六日陷府城，总兵欧阳凯战殁，凡七日而全毫尽陷。一贵自称中兴王，号永和。六月，水师提督施世骠及南澳镇总兵蓝廷珍先后自厦门渡海，会于彭湖。时台中闽人、粤人互相雄长，各地乡兵义勇争起拒贼，廷珍等乘之，自彭湖进克安平镇，旋以是月二十二日恢复府治，一贵等伏诛。廷珍因建议诸罗（嘉义）以北地险兵单，难以控制，宜割为二县。乾隆（按：应属雍正之误）中，朝廷用其言，始分诸罗北境为彰化县，又北增淡水厅；即后日之台北府，为故台湾巡抚所驻者也。
林爽文之乱林爽文者，彰化巨族，以豪富雄一方。聚众结秘密社，号曰天地会，横行数十年，吏不敢问。乾隆五十一年，总兵柴大纪谋发兵捕之，而先焚无辜村聚以相怵。爽文因众怒，举兵反。十一月二十七日，陷彰化，寻又陷诸罗。翌五十二年（一七八七年）正月，大纪累战破贼，遂复诸罗。诸罗为府城北障，贼众十余万复来攻之，志在必得。大纪善战，与城民固守，亘半载不下；诏改诸罗为嘉义县。是年冬，总督福康安及将军海兰察奉命赴援，遂以十一月解嘉义之围，以十二月擒杀爽文以下数十人，台湾复定；而大纪为福康安所构，竟罗重辟。盖自明季至国初，台湾易主者凡三，而后始为本朝之领土。又自姚启圣建议征台以来，用兵凡三，而后始奏底定之功，收生聚之效。固以见国家之得之者，若此其不易也。