小吕宋与台洋只一水之隔，其藉口起衅又在台湾；以事势揣之，如果称兵，窃恐先犯台北。惟台湾有警，长江即应一律设防。上海轮船无多，以扼吴淞口门尚虞不足；长江原非一船所能济事，若“登瀛洲”拨还闽厂，并此一船而无之，设外警猝来，凭何调遣？江阴各处炮台以绌于经费，炮位所短甚钜，更无从挹彼注兹。顾彼此均属棘手之时，不能不先其所急；随饬“登瀛洲”于本月初八日驶赴上海，装足子药，展轮回闽，听候调遣。并由局员极力搜索，腾出克乐博行炮二尊、美太于士行炮十二尊、火箭二百枝，配齐弹子、家伙各件，续交“靖远”轮船带回；函恳丁日昌：如长江有警，迅饬“扬威”等船联〈舟宗〉北来，以壮声威而资指臂。
总理各国事务衙门奕诉等议奏丁日昌等筹议台湾事宜请旨遵行摺（光绪三年二月二十四日）
光绪三年正月十九日，准军机处交出军机大臣面奉谕旨：‘沈葆桢、李鸿章先后具奏“筹议台湾事宜”各一摺（注一），着该衙门议奏。钦此’；并钞录原摺，知照前来。臣等正在会商议奏间，正月二十二日奉上谕：‘丁日昌奏“查勘台湾北路回抵郡城布置大略情形”各摺片，览奏均悉。另摺奏“统筹台湾全局，拟轮路、矿务”，另片奏“请另简熟悉工程大员”各等语，着总理各国事务衙门议奏。钦此’（注二）；并准军机处将原奏摺片钞交到臣衙门。臣等公同阅看，沈葆桢、李鸿章两摺及丁日昌摺片，同系统筹台湾应办事宜，冀维全局；现由臣等参观互核，归并会议，请旨遵行。
据沈葆桢原摺内称：‘丁日昌所称购船、练兵、炮台、电线、开矿、招垦诸务，臣在台时先后条奏，或奏焉而未及举、或举焉而未及成。惟铁路一端当时未经议及，而实为台地所宜行。台湾煤矿已有权舆，即可收其赢余以开硫磺、煤油、樟脑诸利。铁甲、水雷，眼前姑且从缓。惟招垦则必不可缓，而口食、居室、牛种、设官各费诚不能以赤手从事。然农田、茶山、木厂利源亦逐渐而开，所费正非无着。丁日昌请于江海关借拨银二十万，当俟下半年竭力筹措十万解台接济；其余各海关，请旨饬下各监督力筹共济。官为之倡，庶几公司可成。至专派重臣，臣窃以为不如责成督、抚。盖矿务、垦务，他人可以为力；而吏治、营政，非督、抚断难为功。台湾之吏治、营政若不认真整顿，目前之利薮，皆后日之乱阶。丁日昌所称“事事创始，非仅住半年而能办有头绪”，诚非虚语’。
李鸿章原摺内称：‘台湾情形，沈葆桢曾躬亲其事，见闻最熟。臣遥为筹度，琉球距台北千余里，现日本分兵踞琉球，难保不渐思吞噬；日斯巴尼亚所属之小吕宋距台南仅千数百里，现日国声称调兵船来华，难保不迳图窥伺。幸丁日昌密速布置，钦奉密谕已调孙开华、方耀所部各营赴台，臣又商催吴赞诚将赫德代购之“龙骧”、“虎威”两炮船由闽开往协防。丁日昌所拟以静待动、以柔克刚，万一遇有外侮，当可操纵合宜。若台湾经久事宜，应以举办矿务、垦务为兴利之大端。鸡笼煤矿开采已有端绪，硫磺、煤油、樟脑、茶、铁诸利亦应逐渐招商开拓，或借官本、或集公司；丁日昌所称“十年后成本可还，二十年后库储可裕”，殆非虚语。招垦人多，则经费必多；似须量力经营，不设限制。江、海各关协饷，皆属入不敷出；拟请敕部于各关解部四成及所存招商局税项酌量借助若干，由丁日昌于兴利收回成本时陆续解还部库。
至铁路、电线相为表里，无事时运货便商、有事时调兵通信，功用最大。丁日昌到台后叠次函商：“该处路远口多，非办铁路、电线不能通血脉而制要害，亦无以息各国之垂涎”；洵笃论也。惟铁路需费过钜，似须煤、铁开采有效，就地取料，工力较省。陆路电线则移省、厦已成之器为之，亦尚易为。至购铁甲船、练水雷军，不独台防当办，南、北洋海防尤为亟务；臣因海防奉拨额款报解无多，尚不敢遽行定购。若欲诸务同时并举，断断无此财力；若分缓急、先后择要以图，数年当有起色。所请专派重臣督办一节，似不如责成该抚一手理经；俟办有成效，再议督、抚轮驻。近阅邸钞，袁保恒请改福建巡抚为台湾巡抚，维事有专属；而台地兵事、饷源实与省城呼应一气，分而为二，则缓急难恃，台防必将坐困：亦非计之得者’各等语。丁日昌原摺内称：‘台湾虽属海外一隅，而地居险要、物产丰饶，敌之所必欲争，亦我之所必不可弃。
深惟目前情形，不在兵力之不敷，而在需饷之不足；不患番洋之不靖，而患声气之不通。譬如人之一身，其精神血气本足自强，而荣卫失宜，以致筋络不舒、手足痿痹，虽有参苓之剂，不能为功；良医相其脉络，治以针砭，则沈痾立起。窃以台事设郡置县，无益之参苓也；轮路、矿务，奏功之针砭也。轮路宜于台湾而不宜于内地，矿务筹诸现在即可取效将来，其间形势互异、利害迥殊，有可以屈指计者’。且沥陈十利、十害，言“台湾不办轮路、矿务之害如彼，办轮路、矿务之利如此”，复申言有“可无虑者七”；并称‘台湾疫重兵疲，民穷变亟。防广则营皆散扎，勇不练而岂能精；口多则敌易纷乘，险无定而何能扼！饷将竭而备仍虚，寇已深而谋未定。日本及小吕宋逼近台疆，蓄锐养精，机深意险。若不未雨绸缪，速将轮路、电线、练兵、购器、开矿各事分投速办，诚恐猝然有变，非仅止于虚声恫吓而已。伏惟圣慈独断，饬下总理衙门筹议有无经费？如何举行？并请特简熟悉工程大员驻台经理，俾靖浮言而收实效’。丁日昌附片内称：‘臣前在上海曾密饬厅、县将洋人私设电线一律拆毁，在闽将前任督、抚与洋人已议合同由厦门设至省城之电线买就拆回；是臣平日于电线、轮路等事，本不以为然。惟至台湾，察看形势，有必须办轮路、电线、矿务而后始能一劳永逸。前此到台诸臣未必不见及此，特以议论新奇，恐招众谤。臣此次请办轮路、矿务，人多罕闻罕见，必又集毁招尤。惟轮路一事，臣但知于台防相宜，事属应办；至于经手议价以及采办物料、设放位置，臣于工程大属隔膜。此举如因经费难筹，暂从缓办，固毋庸议。倘事在可行，伏恳天恩另简熟悉工程大员经理督率，成效方有可观。至矿务一切，现已督率台湾道夏献纶等次第筹办’各等语。