秋九月，日本兵大疫，多遁归。
时沈葆桢奉上谕：‘日本兵船在后湾、风港一带，意图招诱番众，恫喝村民，日久相持，情形渐怯。现在防务渐臻严密，惟中路水沙连、秀姑峦一带地方最为紧要，刻下该处社藔竟有教堂数处，并有逃匪逋匿其间，难保倭族不暗为勾通，肆其煽惑。即着迅速筹商，妥为调派。一面抚绥番众、搜捕匪徒，一面开路设防，力求固守；毋使倭族得售其奸。安平炮台，着沈葆桢设法兴筑；台城倒塌，见经发款兴修，着即饬令周懋琦认真经理。铁甲船必不可少，沈葆桢等当切实筹办，力图自强；闽厂准其兴造得力兵船，以资利用’。续奉谕云：‘日本虽未启兵端，然日久相持，终非了局。现在淮军续抵凤山、罗大春所调泉勇业抵苏澳，沪尾、鸡笼等口亦拟调募兵勇，扼扎布置，渐臻周密；当随时联络，以壮声威。刺桐脚庄民，有勾引倭兵往攻龟纹社之谣；当饬令王开俊迅传该处民番解仇息事，毋任别滋事端。铁甲船购买未成，仍着沈葆桢妥速筹议，以资得力。修筑炮台，势不容缓；着沈葆桢等迅速办理，毋失机宜。罗大春招勇开通番社，该处事务愈繁，需饷愈钜，着文煜、李鹤年、王凯泰设法筹济’。于是葆桢设防益严密，唐定奎厉兵以待战；潘霨、夏献纶巡视诸军、稽核练丁，清查番社户口、给印牌，以固人心，民番俱欢欣遵办。倭无间可乘，续到轮船，一载兵七百余、一载琉球工役二百余，皆多备药弹及锹、锄、绳索器具，将为久驻之计者；旋亦遣归，并载回受疫兵役千三百余人。后至递信之船，皆不复留泊。惟初七日，倭忽移兵一棚至新街渡，庄民将户出壮丁二人设防守，倭遽撤棚归营；翼日，倭列飞轮大小铜炮于营外，添兵巡逻为卫。旋张示云：‘新兵之至，乃替换旧兵，非有他意，各庄其安堵如故’。然营中疫死日多，医云水土不服所致；皆涕泣思归。遁归者日益众，倭将不能禁。
筑安平炮台。
张其光派员赴上海，购大铁炮十。恐洋式炮台遽难集事，先以巨筐盛沙上小石，堆垛为蔽。及雇来炮台洋匠，沈葆桢以候补知府凌定国与洋将勘定三鲲身基地（地滨海，距安平及台湾府城均七里有奇），先为图以进。炮台方式，四向共宽百八十丈，角为凸形，中为凹形；凸列大炮以利远，凹列洋枪以防近。亭丈六尺、厚丈八尺有奇；外周重濠，宽丈，注水深七尺。台容千五百人，置大炮五、小炮六，兵二百七十二；辅以洋枪队，资防守。台下为避炮室，以备更番休息。后为仓库，以储军粮、药弹。其墙则三合土垒成，层层撑以竹木，以防敌炮；外围以砖，其厚五尺，以防久雨、地震坍塌之虑。计砖六百万，竹木、灰石称之。惟台基尽沙地，运土须十余里，砖则由泉、厦购运。遂以定国董其役，凡半截毕工。而内地江海各要隘炮台，亦以次仿筑。
增台湾各路番地防营。
先是，沈葆桢剿抚番地，分三路开山：黎兆棠领中路，罗大春领北路，袁闻柝领南路。时兆棠虽招募成军，其地途径丛杂、岩壑深阻，水沙连等地久为逋逃薮；拟先搜积匪、次抚生番，新军不敷分布，请益兵。葆桢令吴光亮率粤勇两营，自郡城赴之。大春既至大南澳，值大风雨，棚帐皆飞；两溪盛涨，决为四渠，工役停阻。结筏以渡，番贼从丛苇中狃击，守备黄明厚等各受镖伤；又犯苏澳碉楼，大队追至，始退散。我军复进至石屋，平坡数十里，菅茅深丈余；惟山水颇清腴。前为浊水溪（距石屋十余里），路极险仄。各社亦语言互异，其通事向以欺番为利，号“番割”；番无所诉，则邀杀以泄愤。故通事入，番惴甚。其绝深阻者，亦不能详。故每进，必留兵以防后路。大春商于葆桢，以轮船配兵械驻海口；移戴德祥营，益以新募勇，分屯苏澳，以壮声援。葆桢属大春仍加意招徕，许民番咸助开山。闻柝在南路开辟，已越昆仑坳，近埤南界（距昆仑坳八十余里）；俯瞰台东，沧瀛在望。惟入山愈深，番社愈杂。沿途留队扼险，兵渐单，亦请增营为后继；葆桢令张其光率粤勇两营驰赴内埔，调前路各军以次进驻。
冬十月，日本遵约撤兵。
初，潘霨函致倭使柳原前光申前约，及照覆，以未得联衔印文为词；沈葆桢如请换给。而柳原已由沪入都，总理各国事务王大臣与之辩论，其使臣虽词屈，而未能就绪。是月初九日，葆桢接总理各国事务衙门函称：‘倭事议定三条办法，已画押互换。大久保即赴台湾，会同其中将撤兵；所有修道建房，倭人所费不赀，已许给银四十万两。撤兵后，营房概交付中国官收管；当先派妥员驰赴倭营验收，即派兵驻守，以便筹办善后事宜。因附寄会议凭单，并互换条约及给总税务司赫德扎各一’。初十日，倭领事福岛九成偕通事吴硕谒葆桢云：‘大久保已往琅〈王乔〉，特令面陈一切，并开呈事宜五条：一、从今约五、六日间，敝国拨船必齐到琅〈王乔〉载兵回国；应请如期驾至该地，与我西乡中将会，彼此料理交代事宜。又贵国所派兵员，现不过充交代之用，彼此照应；可不必多。一、从前两国大臣来往公文，彼此撤回注销，永为罢论；其沈、潘两大臣与西乡中将曩日一切来往公文，亦宜就琅〈王乔〉交换。一、我国人民被生番杀死，遗骸就当时收埋旧址，更建墓碑表之；将来如有亲戚朋友航海就近港口之际，藉便登岸扫祭者，务望使伊即日登岸拜奠而归。一、交代事讫，即望贵道飞扎及电报上海道台处，转申北京总理衙门查照。一、本国现在厦门派设领事，将来如在贵台所辖之地有交涉敝国事件，务望贵道速即照会敝领事，以便照办’。葆桢以抚局已成，允其所请。惟于登岸祭扫一节，饬台湾道照覆，约来时须有领事官盖印执照；祭毕即归，俾免生事。派台湾府周懋琦领员弁于十三日赴琅〈王乔〉，并照会西乡从道，令照条约交代；饬游击郑荣率安抚军一营，由赤山拔队自陆会之。大久保已于初八日抵琅〈王乔〉；次日，倭兵束装，以牛车载枪炮、器具登舟。懋琦同委员陈谟、都司沈国先于登岸时，即函知西乡从道。十四日，西乡遣通事吴硕请懋琦往，交出葆桢前发照会五件；懋琦亦将倭营前发照会两件还之，且索与民间交涉字据。西乡允诺，因出酒果相款，排枪队送懋琦归。十五日，领事福岛九成送来本处人民租地合约七纸，并告知先撤风港之兵；懋琦派巡检周有基及把总沈如生往。十八日，风港倭兵登舟，复寄缴风港租约呈词十一纸。懋琦恐民间尚有遗字，西乡函复，谓营内数员病故，无从寻检，以后均为废纸，遗营房三十七间。二十四日，西乡从道将龟山营兵及夫役凡千余人悉登舟，遣人交草房百有二间、板木千二百有五片；懋琦复以有基偕千总郭占鳌照收。西乡船是夕去，余船次日尽去。懋琦亦回郡，而留郑荣安抚军分驻龟山、风港，资弹压。葆桢遂将倭兵尽退各情形具奏。
遣使驻外洋各国。
初，中西既成和，诸国先后各设驻京公使一人，加以“全权”之号；名虽保护商民，实觇中国动静。曾国藩、李鸿章、王凯泰均议奏，请遣使外洋。上初以事属创行，未报。台湾事定，鸿章再疏，略云：‘各国互市、遣使，所以联外交；而中国并其近者亦置之，殊非长驾远驭之道。同治十年日本初议条约，臣与曾国藩均奏请于立约后，中国应派员驻扎日本，管束中国商民，藉可联络。此举未可再缓，拟请饬下总理衙门王大臣遴选熟悉洋情、练达兵事之三、四品京堂大员，请旨赏给崇衔，往驻日本。闻横滨、长崎、箱馆各处中国商人约近万人，既经立约，不可置之度外；俟公使到彼，应再酌设总理事官公驻口岸，自理讼赋，以维国体。不特此也，泰西各国亦当特简大臣轮往兼驻；重其禄养，定以年限，以通情款。其在中国交涉事件有不能议诘或所立条约有大不便者，径与往复辩论，随时设法商办，似于通商大局有裨’。经总理衙门王大臣等议覆，奉旨报可。