己、集注。集注文字稍繁，故采择以内注为限，外注有特别精采者始行列入。但其中贬抑圣门、标榜门户者，因有后人之辩论，不能不列入原文，可分别观之。
庚、别解。集解、集注以外，如有新颖之说，别为“别解”一门。其不止一说者，则分为一二三四以区别之。
辛、余论。清初汉学家立论，时与宋儒相出入，择其言论纯正、无门户偏见者，为“余论”一门。其有宋以后诸家注释可补《集注》所未备而不属于考证者，亦附入之。
壬、发明。宋学中陆王一派多以禅学诂经，其中不乏确有心得之语。即程朱派中亦间有精确不磨之论。盖通经原以致用，孔氏之言，可以为修己处世之准绳、齐家治国之方法者，当复不少。惜无贯串说明之书，仅一《四书反身录》，尚多未备。因欲后人研究《论语》者发明其中原理原则，故特立此门。
癸、按语。凡《集解》、《集注》、别解诸说不同者，必须有所弃取，别为按语以附于后。此外，自考异以下间有所见者亦同。
以上十种，非必各章皆备，无则缺之。
一、研究《论语》之法，汉儒与宋儒不同。汉儒所重者，名物之训诂，文字之异同。宋儒则否，一以大义微言为主。惜程朱一派好排斥异己，且专宣传孔氏所不言之理学，故所得殊希。陆王派虽无此病，然援儒入墨，其末流入于狂禅，亦非正轨。故《论语》一书，其中未发之覆正多。是书职责，在每章列举各家之说，不分门户，期于求一正当解释，以待后来学者，藉此以发明圣人立言之旨。
二、朱子《集注》，元明以来以之取士，几于人人习之。清初汉学再兴，始有异议者。誉之者尊为圣经贤传，一字无敢逾越；诋之者置之源不议不论之列。如王闿运所着之《论语训》，汉、魏、六朝诸家之说备列无遗，独于朱《注》一字不及，汉宋门户，隐若划一鸿沟。黄式三《论语后案》始以《集解》、《集注》并列，然其旨仍在袒汉学。实则《集注》虽考证稍疏，然字斟句酌，亦非无一长可取，不能概行抹杀。是书先列《集解》，为汉学所宗；次《集注》，为宋学所本；中间增“唐以前古注”一门，搜罗汉、魏、六朝及唐人《论语》着述，片言只字，必一一搜剔，不使遗漏，庶几已佚之书，赖以不堕。其近人着述，有罕见之本，或篇帙无多，恐其日久失传，往往全部收入，亦本斯旨。
三、《论语》一书，言训诂者则攻宋儒，言义理者则攻汉学。平心论之，汉儒学有师承，言皆有本，自非宋儒师心自用者所及。《集注》为朱子一生精力所注，其精细亦断非汉儒所及。盖义理而不本于训诂，则谬说流传，贻误后学；训诂而不求之义理，则书自书，我自我，与不读同。二者各有所长，不宜偏废。是书意在诂经，惟求其是，不分宗派，苟有心得，概与采录。
四、全书共百余万言，所采书目均一一列表备查。其未见原书者，必注明出处。其有引出某书而某书实无其文者，则仍以原书着录，以便寻检。此外六朝已佚古藉，或虽为近人着作而为罕见之本者，则仿《四库全书总目》之例，别为简明提要以附于后。
五、所采之书，以四库着录及列入正、续《皇清经解》为限。其四库未收、及宋儒一派之着述未采入《皇清经解》者，则择其尤纯正而有心得者。其专为举业而设，类似高头讲章，如《四书本义汇参》，及一切庸恶陋劣如《四书大全》之类，概不采录。
六、语录仿自禅宗，释子不读书，出语恒多俚俗。宋儒学既近禅，并形式上亦必力求其似，殊为无取。兹篇除朱子《或问》及《语类》外，其他语录中虽有关于《论语》之研究，以其出言鄙倍，概不采录。
七、宋以后诸儒往往于札记中考据《论语》如《困学纪闻》、《日知录》、《十驾斋养新录》之类无虑数十种，其中不乏可采之处，虽非专着，亦在兼采之列。
八、宋儒理学为儒、释、道混合之一种哲学，本可成一家言，但必以为直接孔孟心传道统，则余未敢信。一部《论语》中，何尝有一个“理”字。而《集注》释天为即理也，释天道为天理；又遇《论语》凡有“斯”字或“之”字，悉以“理”字填实之。皆不免强人就我，圣人胸中何尝有此种理障耶。朱子尝云：“圣贤议论，本是平易。今推之使高，凿之使深。”然《集注》释“子在川上”，释曾点言志，仍不免过高之病。以此立说着书，未尝不可，但非解经正轨，读者当分别观之。
九、清初戴东原、毛西河诸家喜攻朱《注》考证之失，殊不知朱子尝与人言：“读书玩理外，考证别是一种功夫，某向来不曾做。”朱子博极群书，并非力不能为。而其言如此，盖当时风气不尚考证。以古人不经意之事，而蹈隙乘瑕攻之，不过以其名高耳，然犹曰：“是汉学家言也”。至颜、李同为理学而亦攻朱，则更无谓。盖汉儒恪守家法，笃信师说，从未敢轻詈古人。至更易经传，推翻旧说，其风固自宋人开之。《集注》至以樊迟为粗鄙近利以子夏、子游为语有流弊，敢于詈及先贤，更不足为训。以朱子之贤，犹有此失。是书力矫此弊，凡意气诟争之语、门户标榜之词，概不采录。