先臣上《皇陵震动疏》，略曰：
"顷者，流贼不靖，乃至侵犯皇陵，焚烧禋殿，则真古今未有之奇变，君辱臣死之秋也。顾不亟灭贼，无以泄神人之愤，而不追溯乱源，亦无以施勘定之功。天纵神明如皇上，励精求治如皇上，而纷纭恇扰，寇盗相寻，斯其说在易之蛊矣。蛊之败坏，必易世而后见，故文皆以'干蛊'为辞，明前人养其疾，至后人始受之也。皇上御极于干刚解纽、国步几危之日，一振振涤，日月重光，深得先甲之维新；而于后甲之丁宁，似稍略焉。盖戊、己之际，废籍诸臣，汇征连茹，而谋国罔效，边疆失事，以致圣衷怀疑，群邪伺隙，沿至于今，谬种渐芽，蔓延滋长。孤阳时翳于阴暧，砥柱莫挽于狂澜。魍魉或啸舞于离明，狐鼠且纵横于城社。逆气足以召逆，妖氛足以成妖。此致乱之源也。堂陛之地，欺猜愈深，朝野之间，刻削日甚。缙绅蹙靡骋之怀，士之嗟束湿之困。商旅咨叹，百工失业。本犹全盛之海宇，忽见无聊之景色。此又致乱之源也。边事既坏，修举无谋，兵不精而自增，饷随兵而日益，饷益则赋重，赋重则刑繁。复乘之以天灾，加之以饥馑，而守牧惕功令之严，畏参罚之峻，不得不举鸠形鹄面无食无衣之赤子而笞之禁之，使愁苦之气，上薄于天。皇上虽有恤民惠下之德意，而九重邃密，何由得闻？下民无知，直谓有司仇我虐我，今而后得反之也。此又致乱之源也。将无纪律，兵无行伍，淫污杀劫，惨不可言。尾贼而往，莫敢奋臂，所报之级，半是良民。民间遂有贼兵如梳，官兵如栉之谣，民安得不为盗？盗安得不日繁？此又致乱之源也。具此乱源，而当事诸臣，不能忧国奉公，反躬省己，加膝堕渊，总由恩怨，张罗布网，费尽机关。试观数年以来，所为整纲肃纪者何事？推贤用能者何人？安内攘外者何道？富国强兵者何策？即如流贼一事，飘忽已久。既失一夫当关之事，纵虎出林；复误各抚分镇之谋，教猱升木。今日庙社怨恫，幽明胥痛。国事至此，诸臣之肉，岂足食乎？凡食君之禄、担君之爵者，皆当伏铁钅质之诛，膺放流之典。固非角素盈朝可以塞责，慰安一疏可以毕事者也。在皇上宜赫然一怒，以安天下。发哀痛之诏，明罪己之怀，按失事之诛，正误国之罪，行抚绥之实，蠲民间之积逋，使岂第循良民得专意于牧明。徐议财源之浚，无徒竭泽之鱼！尽斥患得得患失之鄙夫，广集群策群力以定乱。蛊之象曰：'振民育德。'盖'振',取荡涤之义，'育',为有补救之方。若复养痈不决，弛瑟不张。俞咈无闻，而但云有旨□□，方圮既极，而尚言戴罪立功，忽忽悠悠，将安底止哉！"奉旨："本内追溯乱源，亟图妙算，殊属剀切。并理财用人等事，该部悉心筹画，以备采择。"三月，升卢象升兵部左侍郎，总督五省军务，赐尚方剑，统关辽兵，剿东南贼。洪承畴剿西北贼。升山东巡抚朱大典总督漕运，巡抚凤阳，同象升协剿。逮河南巡抚元默，以陈必谦代之。
复召大学士何如宠，坚以疾请，允之。东阁直房前第一间为首辅所居，若未正首辅之称者，虽次叙第一，不敢居也。桐城再召，疏辞不允，勉强就道。至临淮，复以病坚辞，始蒙谕允。乌程竭力邀首辅之称，不可得。端阳，阁臣例有赐馔，大珰传谕，口称首辅，乌程即开首辅之室居之。
七月二十六日，皇上辟门，遍召群臣，试以票拟。先臣以病不能出，倪庶子元璐无病而亦不出。三十日，旨下：吏部取姜逢元、陈子壮、先臣、张至发、蔡弈琛、张元佐、闵仲俨、马之骥、张居九人履历。次日，廷推林钅干、孙慎行、刘宗周三人。阁票："再推几员来看！"越三日，御笔批："兵部马上差人召来。"七月二十六日，奉旨："文震孟、刘□□、张至发，俱升礼部左侍郎，兼东阁大学士，即行入阁，与首辅体仁等协同办事。"阁中初票礼部尚书，御笔批礼部左侍郎，真特达之知也。二十八日上辞疏，二十九日旨下。八月初二日复上辞疏，午上而旨未刻即下。次日，即宣圣谕："尽撤各镇监视内官。"其有拱己以听之意。先臣欲坚以病辞，香山力止以为不可，遂于十三日面恩入阁办事。
罢各镇监视太监，谕曰：
"朕御极之初撤还内镇，举天下事悉以委之大小臣工。比者多营私图，罔恤民艰，廉谨者又迂疏无通论。己已之冬，京城被攻，宗社震惊，此士大夫负国家也。朕不得已，用成祖监理之例，分遣内臣监视，添设两部总理，虽一时权宜，亦欲诸臣省咎引罪。今经制粗定，兵饷稍清，诸臣应亦省改。其将总理监视等官，尽行撤回，以信朕之初心！张彝宪俟漕竣，即回监供职。惟关、宁密迩奴寇，高起潜着削去总监字样，督理如故。"先臣供事日讲，上甚属意，宫中尝言："文震孟到阁中到好，只是他还是板金绦。"时先臣官少詹，止四品也。乌程侦知之，年终，讲官应叙劳题升，先臣应升正詹，乌程寝阁不题；傅祭酒冠，应升正詹。仍升少詹，阻遏后进，亦已甚矣。六月至八月，乌程大病不能起，上乃点用乌程。使乌程不病，此举不可几也。
时圣恩深重，捐躯莫能图报。而尔时天下事实有不可为者：政府之事权日轻，貂珰之盘蹈已久，能尽削之以归中书乎？疆场之饬备无期，内地之流毒愈炽，谁为宗岳之先乎？真小人张弧以伺我隙，伪君子甘言以售其奸，能一一烛照之俾勿堕其网乎？虽欲佐圣天子以转移天下，将安从措手也？窃为先臣计，不若坚以病辞，使圣天子知能辞宰辅者，惟先臣一人耳。宋神宗论温公辞枢密曰："若他人，虽迫之使去，亦不肯矣。"惜乎！香山诸公，见不及此也。
上为流寇事，于二十一日召阁臣及府部科道官平台对面，诸臣各有敷陈，先臣奏：
"今调官兵剿贼，本以为卫民也。乃官兵不能剿贼，反以殃民，以致民间有'贼兵如梳，官兵如栉'之谣。今惟严申号令，凡兵丁扰害民者，必杀无赦；将官能钤束兵丁，秋毫无犯，监军御史，立刻奏闻，破格优擢。"上曰："卿说得是".又召入门内，先臣奏："民间团聚村堡，正'人自为守，家自为战'之意。官兵不得以索粮为名，到处骚扰，以致流贼亦冒妆官兵，混入村堡。欲堵御之，则虞以杀伤官兵，致干法网；欲拱手听之，则子女玉帛，听其捆载而去。民害何由得除？寇氛何由得靖？臣意请天语申饬：今后凡官丁所过，地方官预备糗粮，勿得以恶草塞责，违者参处；兵丁亦不许入村堡，违者听民间堵御，将官不得故纵。"府中某有言此不可行者，先臣复相辨析。时跪奏良久，上曰："先生起来。"称"先生",亦异数也。
故事：新参入直后，以名帖同礼帖致意大珰，大珰亦以名帖、礼帖致意，此旧规也。先文肃由特简入政府，此例遂废。大珰曹化淳，系王安名下，素附正人，疑先文肃有意外之托。王安之侄中书某，转致同人，且盛称曹珰皈依先文肃之意。又云："若循例往来外廷，惟所欲为，大珰无不奉命。"同人以告，先文肃坚持不可，曰："极大珰之力，使我不为宰辅耳。不为补辅，于我何损？而名帖既入，此辱岂能洗耶？"同人乃止。曹珰久不见复，以为大耻，遂与乌程比面。呼吸相应。先文肃顿失圣眷，盖由于此。
乌程于内廷凡有执事人员，极小者，节中俱有礼相候；掌印及秉笔者，又不必言。先文肃乃孤行一意如此，欲久居揆席，得乎？
先文肃壬戌廷试，大珰王体仁以御批第一，持名帖报喜。旧例：以晚生帖复之。先文肃语其人曰："我新进书生，不知回帖怎样写，今姑以原帖奉复。"盖甫进，即与内奄抗，姜桂之性，老而弥辣如此。
时杭州解到龙缎三万匹，内奄索贿不遂，驾言不中用，令票旨驳还。先文肃与乌程言："龙缎虽云不堪御用，然以充赐赍杂赏，似亦无妨。况三万匹入京，不知费民财几十万？若行驳还，复造以进，民不堪命矣！明主可以情告，宜出一揭，为杭民请命，乞行暂收。以后不以不堪者塞责。"乌程不可，票旨尽数驳还。后征之数年，始克补解。
总兵曹文诏以剿贼阵亡，奉有恤典。其子曹变蛟任副总兵，有谢恩疏，阁票者再四，仍发出改票。御笔将奉恤典月日，及上疏月日，各加一点，阁臣咸不解其故。后数日，乌程入直，反复良久，曰："得之矣".乃恤典之旨尚新，与谢恩疏日月不相应，盖变蛟托人在京干。当邀旨后，随即具疏，即汉昭察霍光之明也。乃票旨诘问其故，次日，即下。先文肃谓"乌程亦有小才".谓此。
浙江提学佥事黎元宽以文体事褫革。元宽出揭，尽发乌程嘱托诸私事，谓执法不阿乌程修怨所致。御史姜思睿据揭具疏参论，给事中姜应甲助之。思睿疏有为代草者，事颇泄，乌程乃得预为地。上果主先入之言。欲加降处，屡发改票，先文肃与香山竭力调护得免。