九月，部推操江，正为太仆寺卿张元佐，光禄寺卿王道直陪。上召对于暖阁，元佐抄拾陈言。率尔殊甚；道直兢兢，言不能出口。上点用道直。后四年己卯，浙江巡按题涂必泓，云南巡按题王范，上亦召对。必泓条奏两浙利弊甚急，上改王范巡按浙江，必泓巡按云南。盖圣意用人不测如此。
十月，上以流贼未平，震惊陵寝，特颁圣谕，避正殿，撤乐减膳，以初三日始居武英殿，百官俱宿公署，阁臣俱宿于朝房，诏曰：
"朕以凉德，缵承大统，不期倚任非人，边虏三入，流寇七年，师徒暴露，黎庶颠连。国帑匮绌而征调未己，闾阎凋敝而加派难停。中夜思维，不胜愧愤。今年正月，流氛震惊皇陵，祖恫民仇，罪实在朕。今调边兵，留新饷，立救元元，务在此举！惟是行间文武吏士，劳苦饥寒，深切朕念。念其风餐露宿，朕不敢独卧重帏；念其饮水食粗，朕不敢独享甘旨；念其披坚冒险，朕不敢独衣文绣。兹择十月三日，避居武英殿，减膳撤乐。非典礼事，惟以青衣从事。与我行间文武吏士，共甘苦之，以寇平之日为止，文武官其各省过淬厉，用回天心，以救民命！"七日，上御笔起用黄道周。十日，上御笔放王应熊。此两日，乌程皆以待罪不入直。而十日，嘉善、香山，皆以暂假不入，惟先文肃与辎川司票拟。说者谓巴县之放，先文肃实为之，由是忌者益耽耽不能旦夕容矣。
给事中许誉卿削籍为民，福建右布政申绍芳革职法司提问。誉卿由壬戌考选，历任工科都给事中，计今十四年，资俸俱极深。以母老，欲得南京太常少卿，以便迎养。同人俱不可，德州遂欲题升南缺。先文肃愠甚，语侵德州过当，德州怀恨。适台省同时攻德州及总宪，许公谓必须舍德州而专攻总宪。盖总宪与乌程朋比肆恶，尤不可缓。户科姚思孝业具弹章，以德州、总宪并列。以许公言，遂去德州，德州稍稍相忌矣。而御史张缵曾不通商榷，特疏独参德州，张寓与许比邻，德州疑此疏出先文肃及许公意。又山东左布政劳永嘉辇金六万两，主兵科宋之普家，营升登莱巡抚，已入启事矣。劳，故'三案'漏网，诸台省拟合力以攻之。德州三过户科宋学显，曲致殷勤，求诸君稍徐之，候旨下而攻之未晚。盖旨既下，则前金可分享也。又曰：劳公之座，即申公之座也。申系寒家姻戚，时以右布政赍表入都，瓜期已及，盖直以此相期，而台省竟不能待，交章连牍。有旨："登抚者另推！"而东省诸人，又无不怀恨矣。宋之普力怂德州，谓先文肃决不相容，自时以铨席待南冢及大司农，岂能久留汝耶？德州已心动，适又值张缵曾之疏，以之普语为信然。遂具疏参誉卿与绍芳，坐以"争官讲缺，"而参绍芳中有"凭藉奥援"等语，阁中相顾错愕。嘉善谓"争官须有实迹，当令回奏！"不应。乌程票旨，而悍然抢去，票旨云："大干法纪，着降级调用。"夫既云"大干法纪"矣，而仅仅降调乎？次日，果改票："着削籍为民。"先文肃力争之，不能得，乃言："科道为民，极荣之事，敬谢老先生玉成之。"又二日，旨下："誉卿为民，绍芳提问。"十一月，大学士何吾驺与先臣同罢。许给事誉卿，复有去国一疏参乌程。乌程辨疏，即参先文肃，即指前"为民极荣"之语。谓："皇上所以鼓励天下者，止有此爵禄位号，而文某乃云云，以股肱心膂之臣，为此悖伦灭法之语。"曰"悖"曰"灭，"盖深以激圣怒也。上览之果怒，有旨："吾驺、震孟，不宜徇私挠乱。"疏未及吾驺，而旨突及之，知乌程所以相中者，非一朝一夕之故矣。吾驺与先臣，俱具疏引罪。再疏，吾驺奉旨："着致仕去。"先臣奉旨："着冠带闲住去。"下庶吉士郑曼阝于锦衣狱。曼阝为壬戌庶吉士，建言蒙谴，林居亦十四年矣，与嘉善皆出华亭之门，称先后同门。郑之得馆选也，宜兴口诛笔伐，不少宽假，郑心怒之。辛、壬之际，攻击宜兴、乌程者甚众，郑因昌言："宜兴决不可留，而乌程实可大用，言路不当并攻。"嘉善心善其说。既入政府，即力誉郑于乌程，乌程唯唯。嘉善邮寄郑书，谓："当急来，吉致子情于乌程矣！郑复寄讯先文肃，先文肃力阻其来，郑反有愠心，以文肃之相为，不如嘉善也。至是，赴京补官，嘉善复言于乌程，谓："某已来，是人可备先先生药笼中物，当以馆职畀之！"乌程复唯唯。武进旧辅，郑族母舅也，力毁郑于乌程，乌程信之。适时乌程新逐香山与先文肃，长安哄然不平其事，郑亦随众持愤激之论。乌程侦知之，谓郑特假语以欺嘉善耳，遂具疏纠郑。疏成，语嘉善曰："今为郑某事具疏，当与老先生同题。"嘉善欣然。乃取视，则纠其杖母事。嘉善面赤股栗，不能出一词。乌程冷笑曰："固知老先生不愿预也。"遂独具名以进。上方欲以孝弟风励天下，览疏震怒，下曼阝于锦衣狱。杖母者，郑为孝廉时，父振先私宠一婢，为嫡吴氏所虐。振先与子谋，假乩仙以怵之，吴氏惧甚，愿受杖以赎罪。即令此婢行杖，得次，曼阝不禁失笑。吴氏大怒，谓渠父子私构此局，遍诉三党，由是喧传有杖母之事。然其事已三十年，不可得而究竟也。
十二月，在籍礼部左侍郎林钅干、顺天府尹刘宗周，行取到京。有旨："林钅干着以原官兼东阁大学士，入阁办事。刘宗周升补工部右侍郎。"是年二月，流贼犯凤阳。先是，总兵尤世威等，统兵扼守潼关诸隘口，露宿凡十旬，皆患疫疠不能军。闻贼大至，遂溃。贼乃越卢氏，超永宁，转陷荥阳，攻汜水，屠之。又破固始，复分为三路：一趋凤阳，一趋六合，一趋颖、毫。颍州知州尹梦鳌、判官赵士宏率士民固守，城破，俱阖家殉难。遂犯凤阳，凤阳无城郭，贼至，官军无一人敢迎敌者，贼焚皇陵，楼殿俱烬，燔松柏三万余株，杀守陵内奄六十人，纵放高墙罪宗百余人。留守朱国率家丁巷战，斩贼二十七人，力竭以死。贼首扫地王、太平王入府治，知府颜容暄囚服匿狱中，贼纵囚，获之，贼首张盖鼓吹，杖容暄于堂下，杀之。推官万文等六人、武弁四十六人，俱被杀。十民被杀者数万，剖孕妇以视男女，注婴儿于槊，观其宛转呼号以为乐，焚公私邸舍三千余间，光烛百里，恣掠三日。太监卢九德、总兵杨御藩统京营兵至，南京兵京至，贼乃拔营趋庐州，沿途杀掠无孑遗。陷巢县，杀知县严觉。攻舒城，知县章可试塞三门。止开一门以诱贼，暗设坑以陷之，贼入死者千余人。援兵亦渐相逼，贼遂掠霍山，抵庐江，庐江敛金求免，贼伪许之，乘不意，夜袭城，城陷，复陷无为州。
贼首满天星、张大受等攻桐城，乘舆绕城呼降。守将射中其腰，遂趋潜大诸县，山民皆习猎，以毒注矢，人辄毙，所在结寨杀贼，贼遂走麻城。
三月，江北贼掠安庆，陷潜山，应天巡抚张国维率兵御之。江南兵素不习训练，猝与贼遇，陆营守备周礻右望风先逃，总练指挥包文达阵亡，全军溃散，贼遂入湖广，陷麻城及罗田。
蕲黄民擒获贼首爬天王，身长八尺，日啖人心数十，双目与发肉俱赤，自言："此天亡我，非我过也。"倡乱九年，陷州县十余，所向无敌。今乃为村民所擒，岂非天哉？解至军门伏诛。
总兵邓〈王巳〉，为叛兵杀于樊城。〈王巳〉素无纪律，所将川兵，淫掠尤甚。俄骑营叛，〈王巳〉登楼以避之。见势逼，赵火死。举营北窜，惟步失未动。洪承畴令参将贾继选、周继元分统之。
五月，汉南贼陷宁羌，曹文诏进剿，夜至王峪，贼伏险以待，文诏击之，败。张全昌自咸阳出兴平之东，贺人龙入子午谷断其南奔，刘成功同游击王永祥驻金牙关遏其北走。贼夜渡河，趋郿县。承畴亦渡河追之，至王渠镇，贼力出恣掠，贺人龙击败之，追至大泥峪。贼舍骑登山，张全昌复击之，贼尽入终南山。
六月，陇西贼摇天动等袭陷西和，曹文诏赴援，文诏至婆罗寨，大军在后，而贼十余万骤至，力竭自刎。文诏敢战能杀贼，为贼所畏。报至，官军为之夺气。
陕西巡抚李乔革职议罪，甘学阔代之。
七月，贼高迎祥、张献忠等陷澄城。八月，陷咸阳。先是，贼翻川鹞降于承畴，贼首高迎祥屯干州。承畴令翻山鹞说之，不听，南走武功，承畴追击，败之。迎祥率大队自武功、周至，分道渡河。十月，张献忠、老犭回犭回突出潼关，守将艾万年等兵溃，遂犯南邓，而一字王等部众十余万，高迎祥统十二万，亦自潼关出犯阌乡、灵宝。大队东行，尘埃涨天，阔四十里，络绎百里，老弱居中，精骑居外。总兵祖宽、左良玉，两军相对，遥望不敢邀击，贼遂屯于陕州。十一月，祖宽破贼整齐王于九蒿，贼溃而为二，东走偃、巩，南走汝、郏。丙辰，群贼大合于龙门白沙，连营六十余里。祖宽分兵袭击张献忠于姑家庙，大败之，斩首行余级，献忠遂陷巢县、含山，又陷和州，沿江下犯江浦。
十二月，贼高迎祥、罗汝才破光州，官吏士民，屠戮无遗。参将罗于萃击贼汉南，追贼至子午谷，又败之，贼奔饶风关。