据官制所定，调查机关有二：一、本局，二、支局。然仅设支局，不便实地调查；乃於支局之下另设机关，派往各处从事丈量，名曰派出所。故其调查机关，可大别之为三：一、本局，二、支局，三、派出所是也。又，其新旧官制，其支局长皆以地方行政官吏充之。其目的有二：一、地方官吏於地方情形最为熟悉，使之身当其事，必能减少窒碍。二、调查人员大都散於穷乡僻壤，若其一切行动皆由本局监督、其一切器用由本局供给，则必有鞭长莫及之弊；若派遣专员办理，则又经费浩繁。故其前後官制，皆以地方官为支局局长。派出所长本以办务署长兼本局事务官，执行所长之职务；後因地方官制修正，将办务署长尽行撤废，乃以新任厅长兼任本局事务官，名曰派出所事务官，执行所长之职务。以上数者，皆法律上所定之组织。然事实上，则有因时制宜，不能尽如官制所定者。
本局之组织，於开局之初，分为官房（即秘书）、第一科、第二科三部。凡关於文书之收发及统计报告之编辑等，属官房；凡关於管理土地调查、编制清册、监督员役以及土地调查委员会之各种事务并本局之出纳、会计等，属第一科；凡关於管理丈量、制图及技术监督事务，属第二科。即分全局为三大部分，一秘书、二调查、三技术是也。当开办之时人少事简，故其分科亦仅三部。及至三十二年局面稍变，乃分三部为四部：一、官房，二、监督科，三、调查科，四、测量科。而官房之中，又分庶务、会计二科。此旧官制时代本局组织之大略也。明治三十三年官制修正结果，其本局之组织亦因之而变；於原有分科之外，更设图根一科，专司三角测量。分本局为五部：一、官房（内兼庶务、会计二科），二、监督科，三、调查科，四、测量科，五、图根科。明治三十五年，废监督科；以其事务分配各主管科管理。三十七年，因三角测量告成，而图根科亦废。此新官制时代本局组织之大略也。
支局之名，因地方官制修正结果，改为办事分处（原名出张所）。其处长，有由本局直接派遣事务官充之者，有以地方长官充之者。其各处权限，以本局委任事项之广狭为大小；故各处组织亦不尽同。如台中办事分处之处长，其初以本局事务官充之；後命台中厅长充之（兼本局事务官）。而台南则不然；其处长由本局直接派充，不以地方长官兼理。台中处长之下，置监督官二名；而台南则於监督官二名外，更置事务官、技正各一人以分理之。又，台中办事分处分为庶务、出纳、调度（即采办物品等事务）、调查、整理、测量、积算七股，而台南则分为庶务、会计、监督、调查、整理、测量、检查、积算八股。其组织因地、因时、因职权广狭而不同，未可以一概论也。
派出所之组织，其初制以事务官一人、监督员一人、调查员数班合而成之。而每班之中，属官一人从事调查，技士、雇员各一人从事丈量；故名前者为事务员，後者为丈量员。事务员之下，置通事一人；丈量员之下，置夫役三名：此最初之组织也。三十三年，因事业计画已变，乃分派出所为事务监督、图根测量监督、细部测量监督三大部，而以事务测量各人员属焉。此制分一所为三部；部各司一职，彼此不相联络。且每当调查完竣之时，即分派於他所，以与生疏之他所所员共同调查；不惟感情不能融洽，而其动作亦不一致，故其事务有退无进。循此不变，必无成功之一日。於是严定惩奖，划清班次；以一班为一派出所，使此班之人不与彼班相杂，一人功过常影响及於全班。自此以後，各班班员无不团结一致，以与他班相争竞；初仅调查数坵段者，今则竟达十余坵段之多（参考附表一）。台湾土地调查事业之成功，班制之改革实与有力焉。其编制之法，彼以历来经验事务与测量有密切关系、不可分离，故合之为一班，而三角测量则另编之为一班，名前者曰甲部、後者曰乙部；自第一班至第十七班属於甲部、自十八班至第二十三班属於乙部。
甲部（事务及测量）班－主干（一人。以事务监督充之）事务监督（一人）－主干补助（一人）－事务员（六人）测量监督（一人）－图根测量员（一人）－细部测量员（六人）雇员四人。乙部（三角测量）班－主干（一人。以事务监督充之）事务监督（一人。以三角测量监督充之）三角测量监督（一人）三角测量员（三人乃至十五人）。
第二款查定机关之组织
土地未经清丈以前，强者霸占、黠者侵匿，弱者、愚者皆隐忍苟安，以期徐图报复；故土地虽乱，而诉讼较少。一旦丈量编名立号，则业主即定，报复无期；故当开办之始，必至诉讼繁兴，冒争无已。旧制愈紊者，争讼亦因之愈多。当此之时，国家不可不澈底清查，以保人民之权利。就裁判权限而言，其审判之权自宜属之法院。然法院程序繁重，一案之兴，非累月经年不能了结；若因清丈土地而兴诉讼者一皆本其程序、受其裁判，则国家事业久而不成、人民私权悬而不定。其制本为保民而设者，兹则适足以累国而累民。通权达变，固宜特设机关专司其事，不可株守法律以害事实也。就熟悉土地情形而言，此权宜属之调查机关，然调查与审判司於一机关之手，草率偏执在所不免；流弊所及，恐较法院而更甚。故日人调查台湾土地之时，於司法、调查二机关外另设查定机关，名曰土地调查委员会，专司裁判事务。闻德国办理特别事业曾行此制，并非创例。其大概规定，已见「台湾土地调查规则」。
高等土地调查委员会规则
第一条：台湾总督府本「台湾土地调查规则」第五条所定裁决对於声明不服者，得设置高等土地调查委员会；以委员长一人、委员九人组织之。
第二条：委员长，以台湾总督充之。委员中三人为台湾总督府法院判官、三人为台湾总督府高等行政官；余三人，台湾总督府就有学识名望者，由内务大臣经内阁总理大臣奏请宣行。
第三条：委员会非有委员长、委员共计六名以上之出席，不得开会。
第四条：经高等土地调查委员会裁决之事项，不得提起诉讼。
第五条：此规则之外关於高等土地调查委员会之规程，台湾总督定之。
地方土地调查委员会之规则
第一条：地方厅设土地调查委员会。
第二条：土地调查委员会以会长一人、委员六人组织之。会长以地方官充之，委员由地方长官任命之。
第三条：土地调查委员会如有会议之必要时，由会长召集之。
第四条：土地调查委员会合会长、委员出席在五人以下时，不得开会。
第五条：土地调查委员会之会议，以过半数决之；可否同数时，取决於会长。
第六条：土地调查委员会之决议，具报告於临时土地调查局长及地方长官。
第七条：土地调查委员会得以其名议与官厅或人民文书往复，并得派遣委员实地踏查。
第八条：会长有事故时，以其所指定之委员代理其事务。
第九条：土地调查委员会置干事一人、书记三人，由地方长官於其厅之官吏中任命之。
第十条：干事承会长之指挥，掌理庶务。
第十一条：书记承会长及干事之指挥，从事庶务。
第十二条：委员、干事及书记，概不发给薪水。
第十三条：此规则於「台湾土地调查规则」施行之地方行之。
以上所述者，为查定机关之组织。至其查定程序，则先由调查机关将每堡之申报书类及该堡地图汇齐送交地方土地调查委员会审查其地之业主是否确实、境界有无错误并其地之种类是否与实地相符。易词以言之，即查定业主之权不在调查机关，而在委员会也。地方委员会之审查如有事实错误、判定不当者，得向高等委员会申明不服。但既经高等委员会裁决之後，即为确定；无论事实如何，不得再向法院或其他之机关提起诉讼。以审级而言，地方委员会为第一审、高等委员会为第二审并终审。其查定之成绩，据日人所统计者，地方委员会所查报之坵段共计百六十四万七千三百七十四，而声明不服之坵段共计四千零七；以件数计之，仅四百五十七件。其中维持原案者百五十六件、撤销原案而另定业主者八十八件、驳斥不准者二百十三件；以声明不服坵数与查定坵数相较，不过千分之二？四。然其实际，则不止此数。当调查之初，新案因之发生者所在皆有，而旧案之中尚有累讼数年未结者、亦有连累及於一庄或二庄者，其繁难错杂至不可以表册记。彼於开局之始睹此现象，知非查定机关之力所能毕理；乃以法外之意，别图补救之方。遇有争讼发生，即命派出所员居中调处；其不能解者，再由本局为之排解。即令排解不成，地方委员会亦本和解精神以查定之。故凡一事发生，必至调停数次；苟非万难解决者，不得累讼达於高等委员会：此其数之所以不过千分之二四也。日人调查土地执重要职务者，无一本岛之人；独高等委员会之委员，则选择台湾中人有名望者充之。审查之难，於此可见矣。
第三节事业经画
凡创办一事，必有一事之计画，而後可以收完全无缺之效果。日人调查台湾土地，其最初半年，专以观察人民之向背、调查之方法及测量之难易多寡为将来设施之准备。盖民风有强有弱、土地有险有夷，且因地因时而气候不同；凡此数者，皆於调查事业最有关系。故彼於着手之时，即选民风、地势、气候不同之处分别试办；然後比较利害、权衡得失，以定进行之方针。至对於人民一方，则以地方长官为派出所所长，使之沟通上下之情意，劝导名门望族使之了然於丈量之有利无害。其试验结果，民间竟无反抗之举动。调查成绩，虽因地、因人、因时而不同；然平均计算，每人一日可得六甲。外业日数除内业休假、疾病等障碍外，平均一月为二十日；故一人一年之成绩约略计之，可得千四百四十甲。於是立为五年计划，预定经费三百万圆；按年分配，由台湾事业公债开支。兹取其计画方法，以算式表列如左：
简明册内所载之甲数（清丈後之甲数）４３１，８９２甲。
预计增加二成之甲数８６，３７８甲。
推定甲数４３１，８９２＋８６，３７８＝５１８，２７０甲。
一人一日平均甲数６甲。
调查全岛总甲数通共人数５１８，２７０（甲）÷６（甲）＝８６，３７８人。
预定每甲调查费用４７圆。
一人一日调查六甲费用６（甲）×４７圆＝２８２圆。
总计调查费用８６，３７８（人）×２８２圆＝２，４３５，８５９６圆。
其计画方法，先以旧有甲数增加二成，推定为五十一万八千二百七十甲；而每人每日平均调查六甲，故以六除推定甲数，即知五十一万八千二百七十甲之土地需八万六千三百七十八人。又预定调查费用每甲约需四圆七十钱（闻此数系由实地调查而得），而一人一日调查六甲，以六乘四圆七十钱，即知每人每日每六甲之费用计需二十八圆二十钱；而通计人数又为八万六千三百七十八人，故以费额与人数相因，即知共需经费二百四十三万五千八百五十九圆〔六十钱〕。与其所定之预算相较，尚余五十六万余圆；即以之作临时或其他之特别费用也。