兵部尚书张肯堂请出募舟师，由海道径至江南，江南义师必为响应；大兵由闽出浙，首尾策应，则敌可乘也。上从之，加肯堂少保，给敕印。吏部文选司郎中朱永佑，加侍郎衔；福州府推官徐孚远，加兵科衔。俱从肯堂出，止於舟山（辛卯八月舟山破，肯堂蟒衣南面自缢，一门皆死。永佑被执，不屈；砍其胁死。仆负尸出城，血不止；仆哭曰：主生前好洁，死遂无知耶？血即止。孚远泛海由交址入安隆；交址要其行礼，不听，不得过。反厦门，为清帅吴六奇所匿，完发以死。海外生一子，扶柩至松江；未葬，子亦死）。
掌〔都察〕院大学士熊开元去位。钱邦芑改授陕西道御史，开元固执资格，不容邦芑入台。台中诸御史合疏纠之，开元乞休；上乃听其去。邦芑有才气，敢言；言之慷慨，明爽可听。特为上所信任。
广西有僧，自称宏光，云自黄得功营逃出；其被获者，伪也。抚按以闻，上召九卿科道议迎请。廷臣议：即系真宏光，失国之君，有尊奉、无迎请。有司审知为妄，下狱诛之。
三月，吉安陷；四月，抚州陷。初，杨廷麟、刘同升起义恢复临江，上加廷麟大学士督师；同升以守制不受官，寻卒於家。廷麟兵既败敌，遂乘胜追至樟树镇不戒，反为所乘，大败；遂弃临江，退守吉安。廷麟在吉安所恃者，广营、滇营兵。滇营者，先帝时命中书科舍人张同敞用牙牌调发入京；兵未集，京师陷。宏光时，复敕云南巡按御史陈盖押赴南京。及是，始抵江西省；南京已失，仍退回吉安。因留之守吉安，廷麟以客礼待之，滇帅赵印选、胡一青亦听廷麟奋勇建功，颇多斩获。会赣督李永茂以忧去位，上用万元吉为督，召廷麟入直；以元吉代廷麟，驻吉安。元吉以诸营讲体统、申约束，诸将稍稍不乐。而永宁王所招四营之前左一营既以立功复抚州，其诸营亦皆愿受抚。宁都乡绅曾应选请诸朝，遣其子传灿入山招之，皆听命，赐名「龙武营」；计日出赣州，下吉安。元吉闻之，以为四营兵可恃也，遂蔑视滇、广兵，专望四营兵至；滇、广兵皆解体，四营兵亦不即至。丙戌三月，敌添生兵攻吉安，守兵不战而溃。二十四日，吉安陷。元吉扁舟誓师皁口、晓谕赣州，极言滇兵弃城之罪，不许容驻。滇兵径越赣州，趋南康以去。四月六日，北兵渐近皁口，元吉退入赣。十四日，北兵至赣，隔水而军。永宁王既复抚洲，北兵急围之。时郑彩驻兵广信，永宁请救於彩；其监军给事中张家玉与以三营往援，围遂解。巳而复合，彩遂弃广信入闽，抚州复陷；永宁王死之，张安率所部退回宁都。报至行在，大震。削彩爵，戴罪立功；而徵各路兵为赣援。盖上志在幸楚，未尝一日忘赣；故援赣为最急也（蔡鼎，泉州人；好大言。李蘧言其精天文、韬略，荐为军师。彩败回，鼎请出关自试，一战而蹶；遂逃。某以丙戌正月，从江西巡抚刘广允出汀，将赴吉安。至赣江，无地开府，暂寓岭北道署中行事。
吉安被围，某亦不能东赴，遂久留虔州；悉知虔州事。初，四营既受抚，敕书奖赏，皆以李春等为率。李春，其中首领也。有刘李騧名应驷者，忌春、传灿功，乃闻於四营曰：公等一体受抚，李春独得官；今敕但称李春，可验也。四营怒，遂相与杀春。传灿闻之，复驰入营，为讲明敕称李春等者，并各营而言也调停之，久始定。兵出驻黄金、高楼间，去赣州四十里，杀掠如故。百姓不敢与斗，斗则以坏抚局为罪，相与诉诸县令金廷韶，廷韶曰：吾何能为，尔等其问诸首议抚者。遂一哄而毁曾应选之室。由是，赣州人情汹汹，畏其径吉安当由赣过，当事复请旨调往湖东，赣人始宁。时杨廷麟内召赴行在；闻吉安警，留驻赣州城外。日上疏言援吉防赣事宜；心所恃者，亦四营也。吉安失守，苏观生率所募新威营退保南康。万元吉退守皁口，所部惟汪起龙三百人；观生发二百人往援，元吉以监纪程亮督之，下守棉津滩。楚帅曹志建以二千人至，一夕即噪而去。北师溯流上，新威营先溃，起龙兵继之；元吉遂入赣城。北兵乘胜水陆并进，径至赣州城下，城内仓猝无备。兵垣杨文荐，元吉乡试本房生也，奉命往湖南。过赣，见事急，遂入城自任城守，百姓拥以为主。元吉既失吉安，将士离心不复用命；坐城上瞑焉如寐，对客不发一语。望隔河敌营遍山，辄指为虚营，变马作牛。兵民有从敌中泅水至城下，言敌马多兵盛；即目为万安、太和间奸民，立斩之。江抚刘广允所召募闽兵二千余人，中军张琮领之；由宁都趋湖东。广允见赣急，檄琮回救，不至；自往雩都趋之。赣人曰：江抚遁矣！焚其舟、拘其家口。未数日，广允率琮兵至，赣人大悔。是时，四营调住湖东至宁都间。抚州失，张安退，仍调回雩都。廷麟亲往邀之，下赣。敌兵营水西，领兵者高进库也。二十三日，张琮、赵凉符发兵过河至梅林不见敌，争前趋，利无部伍；伏发，为所败。追至河下，人争舟，一时不获渡，多赴水死，遂大败。广允愤甚，於五月初一日率兵过河再战；亲督家丁为冲锋，思得一当。兵遇敌先奔，其家丁亦奔，广允为高进库所获。後乃逃回，亦异事也。而廷麟所调四营兵至赣，再战再败，遂散。廷麟入城。以上，予皆得之目击）。
五月，上命复建文年号，立忠臣方孝孺等祠。杀假官木坚、李之秀於市。二人不知何所从来，自称原任两司；召对称旨，即以原官补用。後有言其假冒者，上怒为所欺，遂诛之。
都督陈谦称奉监国使，命入闽；久驻衢州，持两端。云鲁已封靖□侯，欲以此邀封於上。上敕芝龙取其侯印为验，谦齎印至，上即召入关。御史钱邦芑劾其久住三衢，徘徊闽、浙之界；自以举足左右为重轻，因欲要取侯封。以闽要浙、以浙要闽，只恃构阃散行挟制之术。又历数其在衢奸淫不法诸恶状。遂下之狱。芝龙疏救，不允。谦，武进人，出身甚微。乙酉春，齎宏光诏封芝龙南安伯。芝龙德之，故力为申救；行贿五千金於邦芑，请免谦死。邦芑以闻於上，遂决意杀之；即命邦芑监刑。芝龙闻之，过市，命且停刑；急入朝见上，请以官赎谦死。上密敕促行刑，故与芝龙语久，慰劳之；过期，芝龙出，而谦已斩矣。芝龙伏尸哭极哀，厚殓之。从此，益怀异志。密致书於清总督洪承畴，承畴不答书，但答以笔一管；疑毫端当有密札，索之一无所有。盖示隐语以「必来耳」（或曰：芝龙与承畴相通已久，承畴业以王爵啖之。此举特以愚朝廷也）。
六月乡试，以布政使吴炳为提调官，编修刘以备、闵肃主试。取中叶瓒等一百一十七名。凡四方流寓诸生，俱得入试，特旨广额七十名。上又亲试流寓贡生，取万子荆、倪天弼等三十余人；改为萃士，照庶吉士例，送翰林院教习。榜首李日炜，径授礼科给事中。
是时，赣州已围两月。自江抚刘广允被执，援兵皆不敢前。六月十五日，旧赣督李永茂所遣副将吴之蕃、游击张国祚率粤兵五千人，与北兵遇於李家山、九牛山之间，数战皆捷。北兵疑援师大至，遂撤城下围，屯於水西；之蕃、国祚亦退守南康。时赣城守已久，奉诏奖劳，赐名「忠诚府」。加杨文荐右都御处，命太宰郭维经出闽募兵援赣，加六省督师衔。维经亦入城，同廷麟、文荐为协守计。
浙东报至，北兵以初一日渡江，陷绍兴，鲁王航海江上，诸师俱溃；行在大震。郑鸿逵久驻关外，未尝前进一步；有传北兵至者，徒跣疾行三日而抵浦城，後至者言兵譁也。事闻，削鸿逵爵。芝龙既怏怏不得志，又为洪承畴所绐，许封闽粤王；凡各关隘守兵，自二月间俱已撤回。及闻浙东之信，遂疏称海寇狎至，臣宜遄回防御，且措兵饷为守关之计；拜表即行。芝龙既回安海，守关将施福声言缺饷，亦撤回安海。仙霞岭二百里间，空无一兵；惟所遣守关主事及内臣数员，侦探敌信以上闻耳。
七月，上诞元子，大赦覃恩；从龙诸巨，悉皆封爵。御史钱邦芑疏言：元子诞生之辰，正浙东新破之日；同盟且应见恤，剥肤益复可忧。臣以为是举朝同仇共愤之秋，非覃恩受封之时也。且覃恩不宜太优、爵赏不宜太滥。若铁券金章，徒以赐从龙之旧；即将来恢疆复土，何以酬汗马之勳？非所以重名器、劝有功也。不报。
七月二十五日，上御门。群臣朝罢将退，上命内臣捧出一盘，覆以黄帕，置御前。上谕群巨曰：朕本无利天下之心，为勳辅诸臣拥戴在位。朕布袍蔬食，晓夜焦劳，有何人君之乐？祗是上为祖宗、下为百姓，汲汲皇皇，惟恐负诸臣拥戴之初心。今观诸臣，大非初意。昨关上主事搜得闽中出关迎降书二百余封，今具在此。朕不欲知其姓名，命锦衣卫官检明封数，捧至午门前对众焚之。班内诸臣，宜亦有之，朕俱不问；有之者，当从此改心易虑！上大身丰颐，无须，声音宏如钟，着赭黄袍；词气慷慨，言之举朝感动。