上择日出赣。楚督何腾蛟遣郝永忠领銕骑五千迎驾，将至韶州，而北兵已陷衢州、抵闽关，遂入无人之境；守浦城御史郑为虹、科臣黄大鹏死之。报至，上即於八月二十一日启行。上与中宫皆骑马，犹载书十余扛以从；随行者，辅臣何吾驺、朱继祚等数人而已。二十七日，至汀州。停跸一日，忽有十数骑叩城曰：吾扈跸兵也。门者纳之，直入行宫；给事中熊纬方趋朝遇之，始知是北兵，大骂而死。从官一时奔散，遂不知上所在。有云敌人入宫，见一衣黄衣者射杀之；盖有卫臣貌类上，为代死也（或云：卫臣张致远）。或云与后俱被执，后至九泷投水死，上崩於福州。永历元年，遥上尊号为文皇帝（某以八月初一日辞朝，行属邑查催积榖饷银。於二十四日回至永安贡川镇，闻延平破，知府王士和死之。闻上已幸汀，因即散遣从役，微服奔汀。比至归化，则汀州已陷，圣驾蒙尘矣。遂留住归化村中（地名胡枋），转至沙县。北兵至福州，礼部尚书曹学佺、通政使马思理俱自缢死。其余不降者，多从郑氏入海。芝龙退屯安海，楼船尚五、六百艘。因前通洪承畴讯未得要领，故不敢迎降；乃使人言其撤关不守以待清兵之至有功，当得大用。
贝勒令郭必昌贻书招之；芝龙以拥立藩王为惧。贝勒即遣其内院至安海，与语曰：吾所以重将军者，正以将军能拥立也。人臣事君，苟有可为，必竭其力；力尽而事不可为，天命已去，则当幡然乘时以建不世之功。所谓识时务者，在俊杰也。若将军无拥立之举，我何以重於将军哉？且两粤未平，所藉於将军者不小；今铸闽广总督印，以待将军。其即来面商地方人才及两广事宜。芝龙得书大喜，劫众议降，诸将多不欲。有周鹤芝者，以死谏，不听；其子成功亦痛哭谏，不听。以十一月十五日至福州，见贝勒乞降。贝勒与握手甚欢，折箭为誓；芝龙赂遗，不可胜计。忽一夜拔营起，遂挟之北去。从者五百人皆拘置别营，不得相见。对面作家书数封，但称清朝恩德，嘱其家世世无忘。又曰：北上面君，是吾本愿。但子弟素非驯良，拥兵海上，脱有不测，我且奈何？贝勒曰：即有之，无与汝事；且亦非吾虑所及也。遂行。芝龙既降，其家以为可免暴掠，遂不设备。北兵至安海，大事淫掠。成功母，日本长崎王族女也；亦被淫，自缢死。成功大恨，用夷法剖其母腹，出肠涤秽重纳之以殡。发丧後，遂起兵。以十二月朔，会文武诸旧僚於烈屿。设高皇帝位，定盟恢复，称明年丁亥为隆武三年。移驻南澳，军声颇振。初，北兵入关时。皆陈谦子为前导，领兵报仇；众为钱邦芑危。邦芑曰：谦子蒸其父妾，岂能报父仇乎？已而，果传者妄也。而谦子六卿亦从成功海上，後竟被执而死。贝勒在延平杀降官马士英、方国安、方逢年，悬其首於黯淡滩。先是，北兵渡江，阮大铖迎降，国安同士英、逢年等走台州。阴计间道归闽，渐可退入滇、黔。乃遣人上疏，言北兵陷浙，势且入关，劝早为防御计；以此输忠，为入朝张本也。已而，贝勒由严、衢入闽；及陷延平，追骑至顺昌县获御扛，搜得其疏。贝勒出以示三人，遂骈斩之）。
十月初四日，赣州破。先是六月十五日，李永茂所遣吴之蕃、张国祚有李家山、九牛山之捷，北兵撤围屯水西，国祚等亦退守南康。二十四日，汪起龙率师数千，滇帅赵印选、胡一青率兵三千，苏观生亦遣部下率兵三千，杨廷麟收散亡数千，太宰郭维经、御史姚奇允召募滇、闽兵共得八千，粤督丁魁楚遣兵四千，先後至赣，营於城外，不下四万余人，皆欲当敌。万元吉必欲待水师之至，并力一战。中书来从谔所募沙兵三千人，吏部主事龚棻、兵部主事黎遂球所募水师四千人，皆顿南安不下；王其宏谓元吉日：水西帅罗明受，故海盗也；桀骜难制，龚、黎两君如慈母之奉骄子。且今水涸，巨舟难进，岂能如约。不听。及八月二十三日北兵闻水师将至，即以是夜截诸江，焚其巨舟八十余艘，死伤甚众；罗明受遁，舟中火药、器械悉归敌营。赣人闻之，无不丧气。广营、滇营皆不战而溃。自是东南城外遂无一兵。先是，九月初三日攻西门，将登城，内缒死士砍之。九月，北兵据南康。滇、广两营既溃，人无固志，各营皆稍稍引去。城中所留者，汪起龙疲卒千余人，汪国泰、金昌振、徐日彩所部各百余人，郭维经部下三千人；城外，惟水师後营黄志忠二千余人而已。参议谢之良拥众万余於雩都，不敢下；粤西狼兵八千人逾岭，亦不即至。赣被围日久，守陴者皆惫。十月初三日，城内有缒城出者，北兵获之，以为向导。夜由小南门上，乡勇犹与巷战久之。初四日黎朋，北兵大至。城上发炮，炮裂遂陷。阁部杨廷麟赴水死，太宰郭维经入嵯峨寺焚死（有云：出城卒於家），岭北道彭期生自缢於公署，御史姚奇允趋文庙缢死，职方司主事周湖被执，骂而磔死。同知王明汲、推官吴国球、胡以紞及编修万发祥、吏部主事龚棻、兵部主事于斯昌、王其宖、黎遂球、柳昂霄、钱谦亨、鲁嗣宗、户部主事林珽、中书舍人来从谔、刘孟鍧、刘应驷、知县林逢春、通判郭宁登等，死者不可胜计。乡绅卢象观合门赴水死。万元吉已出城，叹曰：使一城俱尽者，我之为也。吾何以存！正巾帻，赴水以死。先是，万禁妇人出城，其家窃以其姬缒城出；万知之，追还。由是禁益严，以致合城遇难；故云然。惟杨文荐方病，困卧榻上不能起；执送南京，病益剧，绝粒而死。