十八日（甲子），谕〔议政王军机大臣等〕：本日明降谕旨：将耆龄补授福州将军、左宗棠补授闽浙总督兼署浙江巡抚，并谕令耆龄即将所办闽、浙两省防剿事宜及所部各军移交左宗棠接办。左宗棠接办後，耆龄即赴福州将军之任。左宗棠现驻浙省，军务正当紧要；其浦城防所即遴委大员前往抑当如何接办之处？即由左宗棠酌度奏明办理。闽、浙两省军务，兵勇均归左宗棠节制。耆龄所部广勇，并着左宗棠於闽、浙军营选择善於驾驭之员，派令统带；如广勇实系不能得力、有害无利，即着左宗棠酌量撤遣。浙省系左宗棠兼辖省分，既兼署巡抚，尤责无旁贷；曾国荃仍统前敌之军驻紮雨花台，一意相机进取以图金陵，无庸以浙事为念。此时曾国藩巡江，谅已旋至安庆；仍着随时与曾国荃熟筹战守机宜。东南军务，惟在该督、抚等戮力同心，通筹全局，共图挽救。国家异数酬庸，尤为地方择人起见，该督、抚等谅能益矢公忠以副委任也。福建省地方一切应办事宜，即着徐宗干认真整顿，妥为经理：左宗棠身任兼圻，遇有地方公事应行兼顾者，与徐宗干随时咨会办理。将此由五百里各谕令知之。
命福州将军文清来京，以闽浙总督耆龄为福州将军。
以浙江巡抚左宗棠为闽浙总督，江苏布政使曾国荃为浙江巡抚；未到任以前，以左宗棠兼署。
二十八日（甲戌），谕〔议政王军机大臣等〕：耆龄奏（台湾官军剿匪情形，添派曾元福驰往夹剿；及嘉义解围，并将闽省援师分驻金、处各属情形）各摺片。台湾逆匪本系乌合之众，乃剿办几及一年，兵勇愈多而未能得手，即此次嘉义解围，亦属笨港绅民之力居多；是否吴鸿源等不能得力，仰系事无专责、各相观望？该郡为闽省屏蔽，岂可任令肆扰！现在义勇等得有胜仗，军声渐振；左宗棠虽驻紮严州，相距较远，第身膺兼圻，责无旁贷。该督晓畅戎机，即着统筹全局，严饬各将士迅将斗六、彰化克复，及早蒇事。并着徐宗干、洪毓琛就近商办，毋任稽延。耆龄援浙各军，前谕统归左宗棠调度；现在分紮东阳等处，尚足为後路声援。惟据该将军奏称：（经费支绌，量为裁减）。左宗棠所统兵勇，是否足敷布置？倘闽军尚可裁减，自应酌量裁汰，以节饷需；并着该督妥筹办理，以副委任。将此由六百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕洪毓琛知之。
夏四月二十二日（戊戌），谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏（台湾官军获胜，抽调官兵援剿，并防捕汀州府属游匪）各摺片，吴鸿源一军自嘉义解围後，扫荡附近逆庄，叠有斩捦；斗六贼多败遁，官兵追至彰辖西螺、二重溪等处。曾玉明已由鹿港逼近彰城，首逆戴万生已窜回四张犁本庄，余逆仍扼踞死守。曾元福已出洋，即着督饬该镇星速前进，与曾玉明、吴鸿源等军合力进击。通判张世英调集番丁、督率义勇，直攻四张犁，将戴逆巢穴焚毁，是该处丁壮尚为可用；着徐宗干、洪毓琛檄令张世英等激励团丁乘胜搜捕，务将戴逆捦获，毋任漏网。南路既无匪徒蠢动，可无牵掣之虑。现在大军云集，兵力已厚；着即督饬各军奋力合击，将彰化、斗六次第克复，毋稍延缓。汀州府属，江、广游勇匪党扰及归化、顺昌等县地方，虽经乡团击败，仍恐各处游匪乘机窃发，更难保非在逃之李阿四勾结滋扰；自应乘其初起，及早扑灭。即着檄饬参将吴运升挑带壮勇，会同该地方官弁、民团合力防捕，迅图歼除；并将在逃之李阿四访拏务获，以净根株。将此由四百里谕知徐宗干，并传谕洪毓琛知之。
五月初六日（辛亥），谕〔议政王军机大臣等〕：耆龄奏（交卸督篆日期，并将所办防剿事宜及所部兵勇移交左宗棠接办）一摺，湘师现以全力进致富阳，闽省援军自以严防贼由江西抄越後路为急。耆龄业饬飞虎等营移紮广丰，并令留紮兰谿之南康各营相机策应，即着左宗棠督饬在防将士实力扼守；其分防义桥、闻家堰及驻守处郡各军，并着左宗棠随时调遣，毋失事机。顺、永匪势蔓延，兵勇屡挫；亟应迅速扑灭，免致燎原。着徐宗干督饬赵均等各营合力进剿，迅将各股匪徒悉数歼除，毋留後患。台湾各军自嘉义解围後，连破贼营五十余座，并有击毙逆首林晟之事，是该处军威已振；徐宗干务当督饬吴鸿源等军乘胜进剿，扫穴捦渠。副将曾元福一军已由泉州酌渡，行抵鹿港；即令会同总兵曾玉明迅速进图彰化县城，庶分路环攻，可望克期蒇事。耆龄交卸事竣，即着驰抵福州将军新任，以重职守。将此由五百里各谕令知之。
十八日（癸亥），谕〔议政王军机大臣等〕：左宗棠奏（官军截剿富阳、新城援贼，大胜小挫；并遵筹裁汰闽军，及台湾等处军情）各摺片，此次贼匪径犯新城，思袭富阳後路，虽经官军击退，而刘典、王文瑞两军尚须驻皖，蒋益澧全军力攻富阳，其余各营分拨上下各游防剿，兵力实不为厚；是克复杭州，尚难克期而待。左宗棠现拟将新隶闽军力图整饬，相机进剿，亦是因时制宜之法。即着将闽省营兵分别去留，认真训练，俾成劲旅。仍一面於闽、粤营官中慎选统领之员，派令分营管带；庶将识士心、士识将意，可收饷节兵精之效。至浦城地势，既无须重兵屯驻，即由左宗棠酌派一军驻之，以护转输运道。台湾小丑，剿办几及一年，总无起色；吴鸿源、曾玉明既均不能得力，即着与徐宗干妥慎筹办，申明军令，激励兵心，以期早日蒇事。沙县等处土匪狓猖，在事员弁办理情形，极为怠玩；若不从严参办，必致军心益懈、贼势益张，於闽省地方大有关系。即着左宗棠迅速查明，严参惩处，毋稍徇纵。至闽省吏治、军务积习已深，惟在该督实力整顿，力挽颓风，以副委任。将此由六百里谕令知之。
秋七月十二日（丙辰），谕议政王军机大臣等：徐宗干奏（台湾军务情形）一摺，副将曾元福自进紮白沙阬後，设计攻破大岸头各庄竹围，并将大埔、八卦山等处贼巢尽行焚毁，正可乘胜进取；惟吴鸿源以冒暑督战染疫，暂回嘉城。徐宗干因统率乏人，檄令曾元福由间道直趋嘉义接署水师提督；着即饬令曾元福与委署北路协副将汤得陞合力致剿，先通南北两路，仍令曾玉明激励官兵、联络义勇，迅克彰城，毋稍迟延。台湾道洪毓琛所出之缺，徐宗干现委知府陈懋烈暂署。惟提督、道员均系署任，现当防剿吃紧之时，骤易统率之人，一切攻取机宜，尤应加意慎重；徐宗乾务当实力严催，责令认真剿洗，迅扫贼氛，毋稍松劲。并着左宗棠随时督催，一切军情咨会徐宗干妥筹办理。将此由六百里各谕令知之。
予福建军营病故道员洪毓琛祭葬、恤荫加等。
八月初三日（己丑），谕议政王军机大臣等：左宗棠奏（浙师援江获胜，江西肃清，筹办石太股匪，并台湾、粤勇溃散，请饬林文察办理该处军务，及现办延平、顺昌土匪）各摺片，台湾匪徒滋事日久，吴鸿源所统兵勇数已不少，不能於嘉义解围以後迅图攻剿，辄於南靖庄等顿兵数月，致该匪得豫为准备；迨贼守御既坚，又不分兵别觅间道相机雕剿，以至师老财匮、勇丁譁溃，贼氛益肆猖獗，实属调度乖方。业经明降谕旨，将该员革职拏问；仍着左宗棠、徐宗干确切查明，如有别项贻误情形，仍据实奏明参办，毋稍徇隐。林文察即籍隶台湾，熟悉情形；即着该署提督拣调得力将士渡台，联络绅团，速将该处匪徒殄灭。应需饷项，即饬福建藩司於援浙饷内酌量拨给。延平、顺昌土匪仅数百人，剿捕兵勇不下数千，该统兵官任其回窜星桥老巢，蔓延永安、连城、邵武、归化等处，一味迁延，不遵调遣；业经左宗棠将吴连陞等分别咨参惩办。守备张连飞，着於提省後严行讯办，按律定拟。并责成曾宪德督率各军，将延、汀等处土匪克期歼除，不准再事稽延，致干重咎。江西全境肃清，已据沈葆桢、曾国藩先後奏报。此股贼匪非复窜江西，即回趋广德；此时江忠义等诸军定可追贼入皖；着左宗棠仍遵前旨办理，务令徵郡各营与江忠义诸军联络声势，前截後追，将池、太股匪就地歼除，毋任蔓延旁窜。沪军现已攻克江阴，苏州、嘉兴等城攻剿正在吃紧，贼势渐蹙；左宗棠檄令蒋益澧等军攻贼要害，使贼兼顾不遑，当更有一、二处可以得手。将此由六百里各谕令知之。
以调度乖方，福建护水师提督吴鸿源革职逮问。
二十五日（己亥），谕议政王军机大臣等：前据左宗棠奏台湾、粤勇溃散情形，当经降旨将署提督吴鸿源革职拏问，所有福建水师提督即命林文察署理；责令迅速起程渡台剿匪。本日接据原任台湾道洪毓琛六月初三日摺报所陈军务迁延、兵饷匮绌情形，并请特派大员来台督师，勒限灭贼各等语；虽未将吴鸿源等贻误实情据实参劾，而军事之掣肘、呼应之不灵，实已意在言外。该故员於病势危殆之际，犹能念切时艰，殚心筹画，实属可悯！现在林文察一军是否渡台？即着左宗棠、徐宗干饬令该署提督檩遵前旨，赶紧前赴台郡督率诸军，力图扫荡；并着左宗棠等酌度贼势军情，勒限蒇事。倘再逾限无功，吴鸿源覆辙具在，断不能为林文察宽宥也。丁曰健受朝廷厚恩，膺斯重任，当与林文察等妥筹防剿；毋得稍有疏懈，致干咎戾。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕丁曰健知之。
闽浙总督左宗棠奏：广东红单师船剿匪得力，请留闽省水师调遣，并将管带船勇各将弁归闽补用。允之。
以福建嘉义县城解围，赏在籍同知王朝辅等花翎、都司衔蔡腾飞等蓝翎，余加衔、升叙有差。