冬十月初九日（壬午），谕议政王军机大臣等：徐宗干奏（台湾军官剿平南路逆垒，现饬迅赴彰城，并请将吴鸿源暂缓拏问）一摺，台湾军务正在吃紧，既据徐宗干奏称吴鸿源尚知奋勉，即着暂缓拏问，留营效力自赎。倘仍前贻误，即着仍遵前旨拏问治罪。丁曰健业经放洋对渡淡水，即着饬令该员登岸後调齐北路各军、号召旧部得力丁练，会同曾玉明各军收复彰城，再将嘉义余孽搜捕净尽，以绝根株。林文察已抵虹江口，配船候渡。彰邑湖仔等庄经曾玉明等会同文武各员剿抚兼施，悉臻安定，彰城贼势已孤；着左宗棠、徐宗干严催林文察、曾玉明等督饬南北各军合队进兵，攻拔坚城、捦斩首恶，力图廓清。不得以剿办渐次得手，稍形疏懈。至汀、延土匪，经文武员弁节节追剿，斩馘无算；零匪百余人翻山窜入粤省界内，而首逆李阿四改装商贾由僻路逃回广东嘉应州原籍。渠魁未获，终贻後患。着毛鸿宾、晏端书、郭嵩焘严饬所属一体会拏，务将首犯李阿四捦获，逃入粤界之零匪捕拏净尽，毋任漏网。并着左宗棠、徐宗干饬令汀、延等属文武各官设法购缉，一面搜拿延、顺等处逸匪，务期悉数弋获，以靖地方。将此由五百里各谕令知之。
十八日（辛卯），谕〔议政王军机大臣等〕：徐宗干奏（署陆路提督林文察现在署理水师提督，应否饬令兼署？请旨遵行）一摺，据称（闽省水、陆两提督未便并驻海外，林文察前经奏署陆路提督，据报带印东渡；曾元福病已痊癒，业赴嘉义接印。可否改派曾元福接护陆路提督，或仍令护理水师提篆）等语。林文察既已携带陆路提督印信赴台，即着毋庸兼署水师提督；台湾军务如林文察一人可以办竣，而曾元福才具尚堪胜任，所有水师提督一缺，即着左宗棠等饬令曾元福内渡，奏请接护。倘曾元福必须留台助剿，即着将水师提督印信送回内地，由左宗棠等遴派妥员，奏请接署，以免偏重之虞。徐宗干另摺奏，查讯革员石栋大略供情；并据片称：（知府黄贻檀，讯无与石栋朋比勒索情事）各等语。石栋以提镇大员开设行店，与民争利，其贪鄙已可概见；且其纳贿营求一节，已由钞出信札查有确据。而该革员所供仍复不实不尽，实属狡猾。着徐宗干催提已革游击石渠并严饬拏缉俞清音、李松三到案，严行审讯，务令水落石出；从重惩办，以儆官邪。至黄贻檀一员，如果实有情弊，岂能以捐输军饷稍从宽贷？此时案证未齐，即官绅等代为剖析，并无与石栋朋比勒索情事，亦难遽信；着於全案奏结时，再行请旨办理。将此由四百里各谕令知之。
二十八日（辛丑），以山西巡抚英桂为福州将军。
予故福州将军耆龄祭葬，谥（恪慎）。
十一月初五日（戊申），谕〔内阁〕：曾国藩奏：（提督丁忧，恳请开缺回籍奔丧）等语。福建陆路提督王明山现丁母忧，例应回籍守制。该员在曾国藩军营带兵打仗，向称得力；王明山着准其开缺，回籍奔丧，以遂孝思。仍着於百日後即回安庆军营，带兵剿贼。
以河南归德镇总兵官萧孚泗为福建陆路提督。
十九日（壬戌），谕〔内阁〕：曾国藩奏（提督呈请开缺、回籍养亲，据情代奏）一摺，福建水师提督杨岳斌因父母年逾七十、母病现又增剧，恳请开缺回籍养亲，具见孝思。惟杨岳斌督率水师剿贼十年，战功懋着；此时金陵合围，正赖该提督等和衷努力，共奏肤公；未便於军务吃紧时，遽易生手。杨岳斌省亲一事，着俟克复金陵後再行请旨，此时毋庸开缺回籍。惟念杨岳斌军旅羁身，伊父母年迈多病，未能归省；着加恩赏给人参四两，藉资调摄，以示锡类推恩至意。
二十二日（乙丑），谕〔议政王军机大臣等〕：丁曰健奏（出师放洋，由省对渡淡水沪尾口，现拟添勇筹剿）一摺，台湾匪徒滋事日久，亟应速为剿除；徐宗干现挑省兵四百名，派参将田如松统带赴台，丁曰健亦自省径渡淡水之沪尾口登岸，驰至艋舺左宗棠、徐宗干即饬吴鸿源、曾元福、曾玉明各军分路并进，丁曰健即由淡水、大甲而南，会齐诸军进克彰化、斗六，以期渐次肃清。该道现因兵力尚单，拟令军功范义庭等招募勇丁，前赴竹堑城听候调用；着即慎加挑选，毋令奸细溷迹，致与贼匪勾合。丁曰健拟令彰、嘉各营及汤得陞所带兵勇由西螺、虎尾溪一带进发，连络彰化令凌定国所率义民克期会剿；参将关镇国率驾红单炮船赴梧栖港口，会同同知王桢勇丁合攻葭投庄等处，疏通鹿港後路；并派兵与通判张世英之师直捣贼巢，该道即由牛马头直剿竹阬，攻复大肚溪，先克彰城、次取斗六：所筹尚合机宜，即着照所拟办理。前据徐宗干奏称：林文察已抵蚶江口配船候渡；现在已否抵台？着左宗棠、徐宗干迅饬该署提督速行渡台督兵会剿，毋稍迟缓。正在寄谕间，据丁曰健续奏（直抵彰化逆巢，连获大捷，并请将出力官绅、兵勇等择保）各摺片。此次丁曰健由淡水进至大甲，将匪首刘阿妹掩捕正法；派勇驰往内山分剿犁期店一带贼巢，牵制内山逆匪不令出援葭投；而亲至梧栖港派拨勇练，分路进攻彰化境内贼巢，连日陆续攻破田中央、海玻厝、水里港、福州厝各贼庄，并将蕴仔底等十余庄及无名小庄十余所同时平毁，复将葭投尾庄外贼营三座及八张犁、何厝庄贼营七座焚毁，断贼粮道；其凌定国一军，亦先後攻破竹仔脚等大小贼庄二十余处，并将海峰仑陈哑狗老巢焚毁，生捦逆首林振等十三名，被胁各庄，望风归顺。现在鹿港至北斗大路业已疏通，办理甚为得手。丁曰健熟悉台湾情形，且素能与该处绅勇联络；此次抵台後，调集乡团分路剿贼，所向有功。该义勇等随同出力，亦属可嘉。着丁曰健即激励各义勇等乘势攻拔葭投，以次进取彰化；并饬凌定国等迅拔斗六，歼捦戴逆；一面催督曾元福等会合夹击，毋任延宕。所有此次水陆两军出力之员弁、兵勇、绅民人等，着丁曰健暂行存记；俟彰化、斗六攻克後，汇案奏请奖励。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗斗，并传谕丁曰健知之。
二十七日（庚午），调福州副都统色尔固善为宁古塔副都统。
十二月初六日（戊寅），谕议政王军机大臣等：丁曰健奏（剿破葭投老巢，扑灭逆匪巨股）一摺，台湾官军自攻克水里港、福州厝等数十匪庄，北路逆匪渐就穷蹙；逆首陈鮄等率党窜守葭投老巢，经丁曰健派令文武员弁移营近逼，由水师寮等处奋力进攻，抢入葭投庄内，生捦伪先锋等多名，全股匪徒歼毙殆尽；立将葭投克复，自彰化鳌头地方至大肚溪以北匪庄四十余里，一律肃清。着丁曰健乘胜进攻彰城，迅图克复。现在林文察已饬林文明募勇驰赴嘉义县城，着左宗棠、涂宗乾飞饬林文明赶紧招募，齐集起程，会合曾元福各军进攻斗六；丁曰健亦即乘此声势，会合各军分路进取，迅克彰城，扫清群孽，毋稍延缓。将此由五百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕丁曰健知之。
二十四日（丙申），谕〔议政王军机大臣等〕：涂宗乾奏（克复彰化县城），曾玉明、丁曰健奏（会师克复彰化并攻克要隘情形）各一摺，台湾逆匪日入蔓延，从未大受惩创；经丁曰健攻拔葭投，与曾玉明会师进攻彰化，并将鹿港至宝斗一带道路疏通，其南路匪庄亦经吴鸿源、曾元福先後攻克多处。林文察现已放洋，收泊台湾；着左宗棠、徐宗乾即知照该署提督迅即驰赴嘉义，会同曾元福相机进攻，速清余孽。斗六逆巢，已经官军围困；着曾玉明、丁曰健激励诸军，迅将贼首戴万生斩捦，毋令兔脱。内山猫雾巡检地方业经攻克，着即饬令林文明等军合剿四块厝林逆老巢，以期山内地方一律肃清。将此由六百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕曾玉明、丁曰健知之。
以克复福建彰化县城，赏守备郑荣等花翎、举人蔡鸿猷等五品衔蓝翎，余加衔、升叙有差。
二十九日（辛丑），谕议政王军机大臣等：林文察奏（克复斗六土城，嘉义肃清，移兵彰化）一摺，官军攻克彰化後，林文察会同总兵曾元福进攻斗六逆巢，并将附近逆党巢穴数十庄悉数攻毁；复诱令斗六贼匪出巢，设伏击败悍贼，乘势攻拔斗六土城，阵斩甚多，捦获伪军师、元帅等，剿办尚属认真。惟首匪戴万生现在逃往彰化，洪逆所在之北势湳庄与林逆所踞之四块厝地方，皆为该逆老巢，族类甚繁；且恐勾结内山番族，复致滋蔓，着徐宗干即飞速行知林文察并饬曾元福、丁曰健合力进攻，务期破毁老巢，将戴万生、洪欉、林晟三逆悉数捦斩，其首匪陈哑狗所踞之大突等庄，亦着速行攻克，将该匪首一并歼捦，毋任再行窜逸。林文察等务当乘此军威，力加扫荡，并与曾玉明、丁曰健和哀商办，迅奏肤公，毋得稍分畛域。将此由五百里谕知徐宗干，并传谕林文察、曾玉明、丁曰健知之。
以福建攻克斗六贼巢、嘉义肃清，赏知府曾登洲、都司陈兆熊等花翎，都司萧瑞芳等蓝翎；余加衔、升叙、开复有差。
同治三年（一八六四、甲子）春正月二十七日（己巳），谕〔议政王军机大臣等〕：曾元福、丁曰健奏（生捦首逆，剿灭巨股会匪）并林文察奏（围攻林、洪各逆老巢，叠获胜仗）各一摺，首逆戴万生於官军攻破斗六後，逃至张厝庄，经曾元福带兵将该庄附近西南一带之目宜山、红毛社、丙郎庄、社头、仑仔等处逆庄四十余处分路剿毁，复与丁曰健所派勇丁合破张厝庄，该逆首遁至芋寮仔庄，复经曾元福、丁曰健亲督兵勇将该庄攻破，生捦首逆戴万生并逆犯董九仙、戴印等正法，彰化县属西南大路俱已肃清，办理尚属得手。此股会匪，党与众多，尚须力行搜捕；尤防其窜入内山番地，复行啸聚。曾元福、丁曰健务当分派兵勇，严扼入山要隘，以杜余匪窜山之路；一面搜捕净尽，以绝根株，尹贻後患。曾元福现督兵进攻小埔心陈哑狗巢穴，谅可迅速攻拔。该署提督拟俟事竣後内渡，着左宗棠、干宗乾届时酌量情形，将曾元福及其所部兵勇撤归内地，以节饷需。至内山北投、四块厝为林晟、洪欉等逆另股盘踞，即责成林文察等速行攻克；将首逆林晟捦斩，毋任漏网。仍着丁曰健分派勇丁扼要堵御，毋令该逆纷窜。台湾各路渐次肃清，林文察现称拟留兵勇五千名，足资防剿；此外兵勇及曾元福所部，已咨请左宗棠、徐宗干分别撤回。着即照所拟办理。将此由六百里谕知左宗棠、徐宗干，并传谕林文察、曾元福、丁曰健知之。