秋七月初五日（己巳），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（台湾南、北路防守情形，请饬淮军迅速来台）一摺，日本兵营麇聚龟山、风港等处不时游戈各庄，且有胁逼大鸟万、干仔帛二社到营说和及在茄鹿塘哨探情事，沈葆桢现饬王开俊由东港进紮枋寮、戴德祥由凤山填紮东港，潘霨与曾元福等驰赴凤山招募土勇、激励乡团，并於海口要隘催建兵棚以备淮军分紮，台北诸路以夏献纶所部一营驻紮苏澳，拟就淡、兰添募土勇两营以厚兵力，并开通山路，即可分移岐莱各处垦荒；布置尚属周妥。即着沈葆桢饬令派出各军认真防守，毋稍疏虞；并令潘霨等将生番各社设法招徕，俾为我用。日人雇墨西国船只被伤一案，并着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰饬令夏献纶速行办结；仍一面招抚岐莱各处生番，剀切晓谕，毋为日人利诱，堕其术中。省城各路海防，文煜等务当严密布置。现在（济安）等轮船次第驶回，台湾南、北防务略有端倪；沈葆桢等惟当慎密防维，固不可掉以轻心，亦不宜冒昧从事。总期审度机宜，悉心筹画，以副委任。唐定奎所带徐州洋枪队十三营，现在曾否起程？着李鸿章、李宗羲、张树声饬令该提督迅速赴台，以资得力。将此由六百里密谕沈葆桢、李鸿章、文煜、李宗羲、李鹤年、张树声、王凯泰，并传谕潘霨知之。
又谕：文彬奏（筹议海防事宜）一摺，所陈选将才、制军器、慎防守、审地势各条本系自强要务；惟须实事求是，立见施行，方能确有把握，不至徒托空言；事前固不可张惶，而未雨绸缪，布置必期周密。该署抚於训练、设防诸事虽已奏及，尚未将实在办法确切指陈。究应如何豫筹经费、慎选人才，谅文彬必有筹策；即着直抒所见、详细奏闻，请旨办理，毋再含混。另片奏：（遇有洋务，当与李鸿章密商妥筹）等语。直东壤地相接，海道毗连，自应声息互通，彼此联为一气。嗣後遇有洋务应与李鸿章商办者，着该署抚随时知照，和衷共济，毋失机宜。将此由四百里密谕知之。
十五日（乙卯），谕军机大臣等：英翰奏：（布置江防，请调卓胜一军回皖）等语。日本在台湾地方违约称兵，沿江防务紧要，皖省亟需劲旅设防；金运昌所统卓胜一军现紮黄甫川、包头等处，此军能否即时调回？有无别军可以填紮？着定安通盘筹画。如该处防务渐松，可以饬令金运昌回皖；即着将此军酌量撤回安徽，以固江防。将此由四百里各谕令知之。
十六日（丙辰），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（续陈防务暨抚番、开路情形并查办日人失银案）各摺片，日本兵船仍在龟山等处，相持日久，尚未退兵；现在罗大春、黎兆棠均已到台，沈葆桢已饬张其光等开通山路，潘霨亦前往凤山督练新军、催集民团、绥抚番社并饬地方官豫筹客兵薪米，各省轮船陆续驶回，唐定奎一军不日亦可赶到。刻下台台时作，琅峤难泊轮船、龟山日营又当风冲，彼族正在进退维谷之际，着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨酌度情形、审慎筹画，能使日船迅离台境，则诸务皆易为力。柳原前光在都，经总理各国事务衙门王大臣与之剀切辩论，该使臣语意枝梧，尚未就绪；沈葆桢等务宜乘此兵衅未开，速为布置，一面抚驭番众、一面厚集兵力，俾壮声威。所有商购船械等事是否已有端绪？着即迅速筹办，毋失机宜。日人刘穆斋失银一案，并着饬令夏献纶迅行办结；毋令彼族狡展，藉故耽延。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
二十二日（壬戌），谕军机大臣等：文彬奏（遵旨覆陈筹防事宜）一摺，览奏均悉。即着文彬体察情形，认真筹画，以期有备无患；并着随时详悉具奏，毋得徒托空言。另片奏：（购买军械，解赴登州备用）等语；东省沿海各口岸防务关系紧要，文彬当督饬总兵陈择辅等严密布置，并将应筑土城、营塞、炮台等事妥为筹办。将此密谕知之。
二十三日（癸亥），谕〔军机大臣等〕：李鸿意奏（办理海防，请饬催川饷）一摺，日本与生番构兵，沿海防务紧要；畿辅重地，尤须严密筹防。刻下李鸿章添购军火、修筑炮台，需款甚急。四川应解该军月饷，截至本年四月止所解不及一半；着吴棠查明欠解该军月饷，无论何款，先行提解二十万两以济眉急。嗣後仍着按月如数解足，毋稍延欠。将此由四百里各谕令知之。
二十五日（乙丑），谕军机大臣等：总理各国事务衙门奏：（上海新闻纸刊刻密寄谕旨，请饬查究系等语。军机处封发寄信谕旨，各省奉到後，自应加意慎密；况系中外交涉事件，岂容稍有漏泄！乃本年三月二十九日密寄沈葆桢等谕旨，上海新闻纸内竟行刊刻，究系何人泄漏？着李宗羲严密确查，据实覆奏，毋得稍涉含混。嗣後各将军、督、抚等奉到寄谕，务当格外严密，以昭慎重；倘有仍前漏泄，致误机宜，惟该将军、督、抚等是问。将此由六百里密谕沈葆桢、瑞麟、李鸿章、都兴阿、志和、恭镗、文煜、李宗羲、李鹤年、文彬、王凯泰、张树声、杨昌溶、张兆栋，并传谕潘霨知之。
八月辛未朔，谕军机大臣等：有人奏（胪陈时务利弊六条）一摺，所陈考核官吏、保全民命、甄别酷吏、振兴学校、整饬营伍各条，即着各直省督、抚酌度情形，实力筹办，毋得视为具文。至海疆备御事宜，叠经谕令该督、抚妥为布置，并着随时区画，严密设防，以期有备无患。至摺内所称（现任台湾道、府、县等官资浅望轻，难资治理；并台湾道委员当堂击杀在籍副将林文明一事，请饬秉公讯奏）等语。着闽浙总督、福建巡抚分别查明，据实具奏。原摺均着钞给阅看。将此各谕令知之。