初二日（壬申），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（台湾近日情形、力筹防务，并北路日案办结、屯番枪伤生番现饬严办，及闽厂轮船恳准续造）各摺片，日本兵船在後湾枫港一带，日以盖兵房、掘濠沟、竖竹围为事，意图招诱番众、恫喝村民；日久相持，情形渐怯。现在淮军业经到台，罗大春已抵苏澳，夏献纶招募楚勇亦已成军，澎湖地方现借海关凌风轮船驻彼教习，闽厂六船随同操练，防务渐臻严密，彼族自无隙可乘。惟中路水沙连、秀姑峦一带为全台适中之区，地方最为紧要；刻下该处社寮竟有教堂数处并有逃匪逋匿其间，难保日人不暗为勾通，肆其煽惑。沈葆桢等现拟募兵前往，即着与文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨迅速筹商、妥为调派，一面抚绥番众、搜捕匪徒，一面开路设防，力求固守；毋使彼族得售其奸，断我南北之路。安平炮台，并着沈葆桢等设法兴筑。台城倒塌千有余丈，现经发款分修；着即饬令周懋琦等认真经理，务期修筑巩固，不准草率从事。电线虽可缓图，铁甲船必不可少；即使议购有成，将来仍应鸠工自造，目前尤须讲求驾驶之法。沈葆桢等惟当切实筹办，力图自强。闽厂轮船，即照所请，准其续行兴造得力兵船，以资利用。北路日案已经办结，沈葆桢等请将税务司好博逊酌给奖励之处，着该衙门议奏。屯番枪伤生番，亟宜速为查办。张其光正在下淡水一带办理招抚事宜，何以闻信不即行驰往拿办？迨回郡城後，复不与沈葆桢言及？实属不知缓急！此案关系抚番全局，岂容置若罔闻。着沈葆桢等严饬张其光将屯番拿获惩办，以安人心。倘该总兵再复办理颟顸，即着沈葆桢等据实奏明，从严参处。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
十三日（癸未），谕军机大臣等：有人奏（福建台湾府属民间置买田房税契并不照章徵收，惟以契价银数多寡为断，於定例之外浮收至三四倍、七八倍不等；至典当田产，亦勒令照契纳税）等语。田产税契，自有定章；若如所奏，任意浮收，殊属不成事体。着李鹤年、王凯泰确切查明，即行从严禁止；务令照章办理，以杜弊端。原片均着钞给阅看。将此各谕令知之。
十九日（己丑），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（续陈日营动静并筹防开路情形）、刘坤一奏（请饬道员黎兆棠俟台湾事竣即行来江）各摺片，日本兵船久驻龟山，虽死亡相继，仍时有船接济炮械、军粮；虽未遽启兵端，然日久相持，终非了局。现在淮军头起陆续盘抵凤山，罗大春所调泉勇一营业抵苏澳、沪尾、鸡笼等口，亦拟调募兵勇厄紮，布置渐臻周密；自当随时联络，以壮声威。刺桐脚庄民有勾引日兵往攻龟纹社之谣，亟应早为解散。沈葆桢等虽照会日将西乡，令其阻止；惟彼族正在招诱村民藉端生事，未必理谕可行。沈葆桢等惟当饬令王开俊迅即传集该处民番，令其解仇息事，毋任别滋事端。铁甲船购买未成，仍着沈葆桢等妥速筹办，以资得力。修筑炮台势不容缓，着沈葆桢等迅速办理，毋失机宜。罗大春现招泉属壮丁千人，渐次开通番社；该处事务愈繁需饷愈钜，着文煜、李鹤年、王凯泰设法筹措，源源接济，庶於招抚及办防两事不至掣肘。道员黎兆棠业已到台，该员应否留於福建差委之处？着文煜、李鹤年、王凯泰与沈葆桢等酌度具奏。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
九月初八日（丁未），广东巡抚张兆栋奏：密陈筹办海防，先将大黄潜中流砥柱两炮台兴修，并亲诣虎门蹋勘炮台形势暨饬汕头、南澳各炮台一律修筑。得旨：已有旨令该抚兼署两广总督篆务，着即将海口防务及练兵、筹饷一切事宜妥为筹理，毋稍疏虞。
十九日（戊午），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（淮、粤两军到台及南北开路情形）一摺，日人勾致近番并盖兵房、练枪炮，中虽怯弱，外仍示强；沈葆桢等惟当慎密防范，申严警备，不得稍涉疏虞。现在淮、粤两军陆续到台，即着分别布置，择要扼守，以壮声威。台南生番尚易招致，北路各社率多顽梗之徒，大南澳平埔等处有凶番纠集丁壮数千，意在抗违。沈葆桢等务宜悉心筹度、恩威并用，会同罗大春加意招徕，妥慎办理；不可轻易进紮，致为番族所乘，转碍抚番大局。台郡城垣关系紧要，着督饬该地方官速行修葺，务期巩固。沈葆桢另片奏：（大雅）、（安澜）轮船遭风损坏，自请议处等语。此次损坏船只，即着分别设法修理；沈葆桢未能先事预防，殊属疏忽，着交部议处。制造轮船工钜费繁，嗣後务当饬令该管驾等随时加慎。又片奏（讯结屯番枪伤生番一案），即着照所议办理。将此由六百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。寻吏部议：沈葆桢降一级留任。得旨：准共抵销。
二十日（己未），谕〔军机大臣等〕：前据总理各国事务衙门奏：（上海新闻纸刊刻本年三月二十九日密寄沈葆桢等谕旨，请饬查究）；当谕李宗羲严密确查。兹据该督奏称：（查核上海林华书院新报、上海汇报，均系照钞香港华字日报。至香港华字日报内有台湾消息一条，已载明由福州寄来字样）等语。此次密寄谕旨，究由何人泄漏？着文煜等严行查究；即将泄漏根由确切查明，据实具奏，不准稍涉含混。将此由四百里各密谕知之。
二十七日（丙寅），谕军机大臣等：总理各国事务衙门奏（海防亟宜切筹，将紧要应办事宜撮麽数条，请饬详议）一摺，据奏（庚申之衅，创钜痛深；当时姑事羁縻，原期力图自强，以为御侮之计。乃至今并无自强之实！本年日本兵踞台湾番社，虽叠经饬令各疆臣严密筹防，自问殊无把握；若再不切实筹备，後患不堪设想）等语。沿江、沿海各省防务，经总理各国事务王大臣并各该省将军、督、抚等随时筹画，而备御究未可恃；亟应实力请求，同心筹办，坚苦贞定，历久不懈，以纾目前当务之急、以裕国家久远之图。该王大臣所陈练兵简器、造船筹饷、用人持久各条，均系紧要机宜；着李鸿
意、李宗羲、沈葆桢、都兴阿、李鹤年、李瀚章、英翰、张兆栋、文彬、吴元炳、裕禄、杨昌濬、刘坤一、王凯泰、王文韶详细筹议，将逐条切实办法限於一月内覆奏。此外别有要计，亦即一并奏陈。总期广益集思，务臻有济；不得以空言塞责。原摺单均着钞给阅看。将此由六百里各密谕知之。
冬十月初三日（壬申），闽浙总督李鹤年奏报行底泉、厦日期，并查勘海日情形。得旨：着即驰回省城，与文煜、王凯泰将应办事宜妥为经理。
十九日（戊子），谕军机大臣等：本日李鹤年奏（参藩司不能称职）一摺，据称（福建布政使潘霨由捐纳佐杂出身，心术阴柔、人品卑琑，差委员缺多系捐班人员，以致物议沸腾，编造歌谣黏贴街市；且有袒护同乡，结为朋党及与将军拜认师生各情。近日办理日本事宜，卑词下气，求悦外人，大失国体）等语。该藩司现在台湾，其办理一切事宜以及平日居官行事，沈葆桢知之必稔；即着按照李鹤年所参各节，秉公详悉查明，迅速据实具奏，毋稍徇隐。原摺着钞给阅看。将此由四百里密谕知之。
二十三日（壬辰），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（台湾近日情形并淮军到台）一摺，日本兵船尚未退出台湾，刻下退兵章程业经定议，惟此後海防各事宜亟须认真讲求，以期有备无患。现在淮军三起均抵澎湖，应如何分紮要隘之处？仍着沈葆桢等酌度情形，妥为布置。其南北开路以及郡城修筑炮垒各事，并着该大臣等悉心经理，毋得以日本事已办结，稍形松劲。刺桐脚庄民已与龟纹社释嫌寻好，琅峤诸社均受约束，其余亟须次第清查；惟入山愈深，番社愈杂，北路复有生番扑犯碉楼、伤毙兵丁之事，亟应妥为筹办，俾番众悉为我用，藉可自固藩篱。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨饬令派出各员设法招徕，随时抚恤。招垦事宜，仍须商同罗大春认真筹画。台郡城工业已过半，安平炮台现拟设於三鲲身地方；一切工程，沈葆桢等务当悉心经画，毋得畏难思阻。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
兵部议覆：闽浙总督李鹤年奏：（请於福建陆路各营内挑练精兵五千四百四十八名，分为十二营；以各本提镇为统领，各镇仍归提督节制。以督标中军副将为营务处，饬令择要驻紮，练习行阵，以申戒备）。应如所奏办理。从之。
二十八日（丁酉），谕军机大臣等：大学士文祥奏（敬陈管见）一摺，台湾之事现虽权宜办结，而後患在在堪虞；日本与闽、浙一苇可杭，日人习惯食言，难保不再生枝节。前因议买铁甲船及水炮台各节，仓卒莫办、措手无从，不得不为暂缓目前之计；刻下事机已缓，亟宜赶紧筹画，以期未雨绸缪，岂可仍蹈因循故习。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨悉心筹商：所有在台兵勇应如何酌留？淮军素称得力，现在业已到台，应如何分紮防堵？全台事宜，应如何布置？该大臣等务当妥为经画，以善将来。并着李鸿章、李宗羲将前议购买未成之铁甲船、水炮台及应用军械等件，迅速筹款购办；无论如何为难，务须妥为设法，庶几兵械精良，有备无患。原摺均着钞给阅看。将此由六百里密谕李鸿章、李宗羲、沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
十一月十三日（壬子），谕军机大臣等：沈葆桢等奏（日本遵约退兵，收回草房营地）一摺，日本兵船尽数退出台湾，其遗下营房草房板片，均经点收完竣，该处已派官军填紮；惟琅峤一带善後机宜，亟须悉心筹画、妥善经营。所有摺抚生番及修城开路各事宜，仍当妥筹办理；毋得以日兵已退，即形松懈。着沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰、潘霨檩遵十月二十八日谕旨，妥为布置，毋稍因循。日人诡谲性成，此次退兵，原不可恃；沈葆桢等惟当於此时力图自强之策，以期未雨绸缪，庶几有备无患。另片奏：（道员黎兆棠因病回籍）等语，该员现经简放津海关道，即着沈葆桢传知黎兆棠病痊後迅速赴任，以重职守。将此由五百里密谕沈葆桢、文煜、李鹤年、王凯泰，并传谕潘霨知之。
二十日（己未），谕〔军机大臣等〕：文煜奏（台防要需及拨给日本国费项，那动四成洋税）一摺，台防关系紧要，文煜因无款可筹，先後那移四成银二十八万两，出於万不得已，亦系实在情形；系将军自请交部议处之处，着加恩宽免。此系解部要款，嗣後不得擅自通那，以重库储。至六成洋税入不敷出，文煜所陈雷正绾月饷及船政经费均无款可拨，应如何筹画之处？着户部议奏。将此谕知户部，并谕令文煜知之。
十二月初五日（甲戌），谕军机大臣等：文煜等奏（查明新闻纸刊刻密件之陈言已往香港，请饬查拿）一摺，陈言即陈霭亭，系广东新会县人；经文煜等查明，於八月间由台湾内渡，已回香港。事关漏泄机密要件，亟应查讯明确，以期水落石出；着张兆栋密饬所属，将陈言（即陈蔼亭）设法查拿解讯，从严惩办。原摺着钞给张兆栋阅看。将此由四百里各密谕知之。
上疾大渐；酉刻，崩於养心殿东暖阁。