二十八年正月壬子，置皇城长安、东安、西安、北安四门仓，储粮以给守御军士。仓设副使一员。
二月甲戌，以工部侍郎王隽为本部尚书。乙丑，应天府上元县典史隋吉言：“农民之中有一夫一妇受田百亩或四五十亩者。当春夏时，耕种之务方殷，或不幸夫病而妇给汤药，农务既废，田亦随荒，及病且愈，则时已过矣。上无以供国赋，下无以养其室家，穷困流离，职此之由，请命乡里小民，或二十家，或四五十家团为一社。每遇农急之时，有疾病则一社协力，助其耕耘，庶田不荒芜，民无饥窘，百姓亲睦，而风俗厚矣。”上善其言，谕户部臣曰：“古者风俗淳厚，民相亲睦，贫穷患难，亲戚相救。婚姻死丧，邻保相助。近世教化不明，风俗颓敝，乡邻亲戚，不相周恤。甚者强凌弱、众暴寡、富吞贫，大失忠厚之道。朕即位以来，恒申明教化，于今未臻其效，岂习俗之固未易变耶？联置民百户为里，一里之间，有贫有富，凡遇婚姻、死丧、疾病、患难，富者助财，贫者助力，民岂有穷苦急迫之忧。又如春秋耕获之时，一家无力，百家代之，推此以往，百姓宁有不亲睦者乎！尔户部其谕以此意，使民知之。”
三月丙申，罢应天府龙江及大胜港抽分场官。戊午，罢太仆寺群监官，以其马匹隶有司牧养。计罢监群一百一十一处，复定其管牧州县：扬州府高邮州及泰兴、江都、如皋、仪真四县；镇江府丹徒、丹阳、金坛三县；应天府上元、江宁、江浦，六合、句容、溧阳、溧水七县。
九月丁酉，免直隶、应天等五府秋粮。诏曰：“朕年二十八渡江，二十九入建业，秣马厉兵，与群雄并驱。凡军兴所需，皆出我江东五郡之民，以此平定天下祸乱，海内康宁。朕今老矣，思民效力，无可抚劳，今特以洪武二十八年官民秋粮尽行蠲免，少报前劳。”戊戌，户部尚书郁新言：“昨奉诏免应天等五府州秋粮，其应天府属县江浦、六合本居江北，非原供亿之民，难免其租。”上曰：“与沙洲乡受赏之民，一体蠲免。”
闰九月戊子，赐京卫军官命妇帛。
十月辛亥，上谓兵部臣曰：“江推养马之民，遇有马死，有司令其买补，乃去家离业，购于远方。至有历年不返，毙于道路者，朕甚悯之。其令太仆寺凡缺马者，免其偿。”乙卯，应天府溧阳县知县卢何生言：“本县荒熟田计一万三千二百七十四顷，丁男七万四千六百余，若量力均种，则官不缺租，民有恒产。”上敕户部议行之。户部言：“若附近田地，令其量力均种，如僻远不便于民者，宜候生齿蕃息，以渐开耕。”从之。丙辰，置淮安府支家河至安东、海州、赣榆县濒河水驿五，递运所三。罢山阳县淮北下关至赣榆，卢家庄、陆路递运所六。先是，山阳县民夏圯言：“本县至赣榆濒河水路四百余里，已通舟楫，如罢车站，改造舟船，置递运所，庶客使便于往来。”于是遣使验其道里远近，置水驿五，递运所三，仍以淮北下关六递运所民夫充役。旧役夫一千五百六十人，至是五驿三所减其夫之半，人称便焉。
十一月甲子，诏徙直隶苏州等十七府、州、县小民二万户赴京，占籍于上元、江宁二县，以充各仓夫役，名召仓脚夫。
是岁，重建朝天宫成。
二十九年正月壬戌，以詹事府丞杜泽为吏部尚书，左春坊左赞善门克新为礼部尚书。
二月辛丑，扬州府通州火，焚官民廨舍一千九百间，男女死者二十人。丙午，常州府武进县言：“本县奔牛、吕城二坝，河道浅涩，请浚深以便漕运。”从之。
三月庚申，命中军都督府都督佥事朱信、前军都督府都督佥事宣信统神策、横海、苏州、太仓等四十卫将士八万余入，由海道运粮至辽东，以给军饷。凡赐钞二十九万九千九百二十锭。戊辰，造三山门外石桥成。赏役夫二千余人胡椒各一斤，苏木各五斤。庚午，令吏民有犯流罪者，甓京师城各一尺。赐京卫指挥千户以下麦三十石，其监工致仕官一体给赐。庚辰，给京卫军士胡椒各一斤，苏木各三斤。癸未，苏州府崇明县宝庆观道童孙守常言：“洪武十九年，改筑城池，侵用官民田地。而租税未除。”诏悉蠲之。
四月戊戌，中军都督府都督佥事朱信言：“比岁海运辽东粮六十万石，今海舟既多，宜增其数。”上命增十万石，以苏州府嘉定县粮米输于太仓，俾转运之。
五月乙女，苏州府言：“是岁海运粮米凡八十万四千四百二十二石有奇。”癸未，置徐州石山驿。
八月丁未，免应天、镇江田租。
十月甲寅，改置天下按察分司为四十一道。曰淮东道，治淮安、扬州二府及六合县、两淮都转盐运使司；曰苏松道，治苏州、松江二府；曰常镇道，治镇江、常州二府；曰京畿道，治太平、宁国二府、广德州、句容、溧水、溧阳三县；曰淮西道，治凤阳、庐州二府、徐、滁、和三州及太仆寺、中都留守司。……三十年二月癸巳，实授工部署尚书事、左侍郎孙显为本部尚书。
四月甲午，广南卫火。延烧四门城楼及卫治、仓库、军器、官文书、军民庐舍，伤人。
八月己丑，以右都御史严震直为工部尚书。己亥，以郑沂为礼部尚书。戊申，吏部尚书杜泽言：“富民既名登天府，宜依次取用。”上命先取山东、河南，淮东者至京选用之。
十月己卯朔，诏免淮安府今年田租，以霪雨伤稼故也。
十二月，开员外郎向宝为应天府尹。
三十一年三月，齐泰为兵部尚书。
四月壬寅，诏免淮安府盐城、山阳二县田租。时二县大水，伤稼，民因负租。上知之，故有是命。
五月丁卯，高邮州、泰州水，诏免其田租。
闰五月丙子，浚常州府武进县奔牛、吕城二坝。
七月，命吏部尚书茹掌河南布政司事，寻召为兵部尚书。
十月，以云南布政使张绒为吏部尚书。
十二月癸丑，以王纯为户部尚书，郑赐为工部尚书。
建文元年七月癸酉，燕王起兵北平。庚寅，以京口驿隶京师。
十二月庚申，复茹嫦为兵部尚书。
建文二年二月，令苏、松、江，浙人得官户部。
八月癸巳，承天门灾，诏求直言。
九月，承天门成，改为皋门。
十二月，以铁铉为兵部尚书，仍参赞军务。
建文四年正月，燕兵攻沛县，知县颜伯玮、主簿唐子清、典史黄谦死之。始置京卫武学，设教授一，训导二。
二月，燕兵攻徐州，城中兵马出战，败绩。
三月，燕兵攻萧县，知县郑恕死之。
五月，诸将分屯凤阳、淮安。时燕兵欲从淮安取道渡江，以驸马梅殷守御严备，恐攻之不克。欲从灵壁出凤阳渡淮，知府徐安毁桥敛舟，不得渡，遂径趋扬州。燕兵至扬州，守将崇刚、监察御史王彬不屈死之。燕兵至仪真。苏州知府姚善率师勤王。敕刑部尚书侯泰转饷淮安。
六月癸丑朔，燕兵至浦口，都督佥事陈瑄率舟师降。庚申，燕兵至龙潭，遣曹国公李景隆、尚书茹瑺、都督王佐行成，不许。景隆等遂纳款，复命诸王如师，行成，不许。乙丑，燕兵至金川门，谷王穗与李景隆开门纳之，京师失守。大内火，上逊位。前佥都御史程本立、礼部侍郎黄魁、衡府纪善周是修、大理寺丞邹瑾、太常少卿廖昇、御史魏公冕、都给事中龚泰等死之。是夕，高巍缢死驿舍，郎官、御史、绐舍相与缒城遁去者四十余人。燕榜示：讨左班文职奸臣黄子澄等。己巳，燕王谒孝陵，遂即皇帝位。壬申，革除建文年号，仍以洪武纪年。