十月戊戌，升南京兵部右侍郎孙需为南京礼部尚书。庚戌，升南京光禄寺卿李堂为南京左佥都御史，提督操江。甲寅，巡按直隶监察御史李廷梧奏：“勘苏、松、常等府，俱被水灾，而松江地势洼下，淹没尤甚。乞减免兑军粮米，量折以银。”户部奏：“东南财赋，京师之所仰给，起征兑运，皆不可缓。况原额秋粮，在苏为二百三万八千三百石有奇，在松为九十三万九千二百石有奇，在常为六十万六千九百石有奇，中间起运者十之八九，存留者十之一二，若不从宽处分，恐民穷逃窜，无益于事。合于抚按转行管粮官，免极贫小户存留之数。其运兑米，苏州量折二十五万石，松江二十万石，常州府五万石，石七钱，仍扣算耗粮，以补不足，及两京该运之数，令管粮御史通融斟酌，务在得宜。”从之。
十二月丁酉，吏部尚书兼翰林院学士梁储改南京吏部尚书。戊戌，改南京大理寺卿屈直为左副都御史，总督漕运。庚子，升南京右都御史张宪为南京礼部尚书。壬子，户部复：“淮、扬二府灾，请免下户税。又徐州并属县灾尤甚，请折起运兑军粮三万石，石银七钱。”从之。
五年正月癸未，升南京吏部右侍郎朱恩为南京礼部尚书，兵部右侍郎刘缨为南京刑部尚书。恩，旧尝有德于瑾，及瑾用事，深自结纳，二年间，自按察副使五迁，遂至尚书。丙午，升南京鸿胪寺卿丁凤为应天府府尹。
三月丙辰朔，命南京内官监太监董文、永顺伯薛勋、工部尚书俞俊督修孝陵明楼及懿文灵殿。辛未，以水旱免应天、镇江、常州、苏州、松江等正德三年逋税。
五月乙卯朔，升南京太仆寺少卿张凤为南京都察院右佥都御史、提督操江。己未，命都察院右佥都御史魏讷，巡抚苏、松等处，专管粮储。先是总督、右副都御史罗鉴以挪借钱粮得罪。吏部议请裁革。至是，又以苏、松、常、镇水灾，请仍设大臣督理，故有是命。
六月壬寅，升南京刑部右侍郎李善为南京工部尚书。
八月乙酉，户部以苏、松等府奏灾，请令总理粮储都御史魏讷赈济，从之。甲辰，罢苏松等府新佥民壮。始刘瑾添设江南巡捕御史，点佥民壮，所在骚扰，至是巡捕御史已革，故并罢之。戊申，升南京吏部右侍郎孙交为南京吏部尚书。
九月丙寅，改工部尚书毕亨为南京工部尚书。己卯，改刑部右侍郎陶琰为南京工部左侍郎，兼总督漕运。壬午，以致仕南京礼部尚书张宪为南京工部尚书。癸未，升广西左布政使孙春为应天府府尹。
十月辛丑，免应天府秋粮有差，以巡按御史洗光奏报水灾故也。戊申，敕南京工部右侍郎周宏提督修理孝陵。
十一月己未，诏以苏、常、松江三府水灾，凡起运京库及南京各仓税粮、丝绢、绵布，俱量改折色。存留者，本色、折色中半征收，仍存省脚价，以补应兑之数。各卫、所屯粮子粒，俱视灾之轻重除免。从巡抚御史请也。癸酉，命免宝应县河泊所鱼户杂泛差役。
六年正月庚午，改南京户部尚书张澯为南京吏部尚书，升户部左侍郎乔宇为南京礼部尚书。乙亥，升吏部左侍郎李瀚为南京户部尚书。己卯，以水灾免淮、扬等处州、县正德五年粮草子粒有差。
二月丁酉，罢巡抚苏、松等处都御史罗鉴。庚子，命南京右佥都御史张凤巡抚苏、松等处地方，总督粮储。
三月丙寅，起致仕南京礼部尚书孙需为南京工部尚书。甲戌，改南京都察院右佥都御史张凤于都察院，仍令巡抚苏、松。以吏部言旧制苏、松巡抚，无南京衔也。
四月辛巳，以应天府所属上元、江宁、句容、溧阳、溧水、高淳六县灾伤，五年起运改兑无征正米二万八千石，准以贮库赃罚、赎罪、补折起解，每石银五钱。南京各卫仓，长安等四门仓，无征米四万六千七百石，候秋成带征。从巡抚副都御史罗鉴奏也。
十一月乙亥，流贼杨虎破宿迁县，淮安知府刘祥御之小河口，军败，为所执。既而纵归。
十二月，升福建布政司左布政使王绩为南京都察院右副都御史，巡抚苏、松等处，总理粮储。
七年二月乙未，升太仆寺少卿张淳为应天府府尹。
四月庚辰，改致仕吏部尚书刘机为南京兵部尚书，参赞机务。甲申，以水灾免淮安府税粮十六万石，草四十万束。
五月丙午，南京御史许洪宥言：临清、济宁、徐州一带，军民往来曳船甚苦，乞将南京各监，局并在外年例、进贡等项斟酌停止。章下所司知之。
十二月甲子，以旱灾免苏、松、常、镇四府并镇江等卫秋粮有差。
八年正月乙未，以旱灾免徐州等州、县粮草有差。
四月辛酉，以天气暄热，谕南京法司，狱囚笞罪无干证者并释之；徒流以下，减等发遣；重囚情可矜疑并枷号者，俱录状以请。
八月丁酉，以水灾减苏、松等府并所属州、县存留税粮有差。戊戌，南京管理操江、怀宁侯孙应爵奏：“新江口原设操军万一千六百五人，战船、巡船三百四十艘。今操者止七千人，船损坏过半，盔甲之类，亦皆不敷。屡移文内外守备衙门，拨造给领，皆为所遏。又将管操指挥周大伦等取回杂差，占吝不发。臣奉敕谕，凡事与守备，参赞、内外官员共议而行。今事多掣肘，且臣有宿疾，实不胜任，乞罢还。”兵部复奏：“内外守备与操江官，当思协恭共济之义，不可以小嫌致误大事。宜循旧规，其操江军缺者，请以科，道各一人，会守备官选补。船损坏者，南京工部修造。仍令南京法司，今后官军犯罪、立功了哨、带俸差操者，俱拟发新江口操备。其余杂差，毋得拨取。大伦等宜逮治。”诏：“操江重事，其令南京科、道会操江官选补。大伦等姑宥之。再犯者必罪，仍调外卫。内外守备及操江等官，务循旧规，协和行事，余如议。”既而，守备太监黄伟等复奏：“应爵及操江都御史张津为指挥赵山所诱，欲事纷更，语侵臣等。”诏：“责应爵及津，令自陈状，山下南京法司逮问。”
九年正月庚辰，罢应天府府丞尹梅，以南京科道官劾其贪污不职也。
三月壬辰，命镇江卫指挥同知孔涌守备仪真。
四月丁酉，改南京吏部尚书张澯为南京兵部尚书、参赞机务。辛亥，升南京都察院右都御史戈瑄为南京刑部尚书，改南京刑部尚书孙需为南京吏部尚书。
七月乙丑，工部复：“应天府府尹白圻奏，上元、江宁人匠逃故者二干一百八十余名，概由坊民陪纳月钱，宜令原籍解补。年远户绝，则以承佃本户田产之家者抵充，无田产则以各衙门近年招入匠役扣补，且言所司冒支原额衣粮，月数千石，宜逮问。”从之。
八月戊午，以灾伤免应天府所属上元等八县税粮有差。
九月癸亥，以旱灾免淮、扬等府、州、卫、所夏税有差。戊寅，兵部议复：“南京兵部尚书张澯所陈机务：一、外守备厅用审事千、百户二人，以听词讼，招权纳贿，虽已革罢，仍乞降旨着为令；一、每年内外守备等官，会同看操，止春秋一次。其余付之把总，告期呈数而已。请每月一再至或旬月连至一营，以较勤惰；一、由票清查差役，军士便之，守备衙门屡次奏革，以滋多弊，乞仍旧例，差官清拨给照；一、正统、天顺间，内官守龙江关者三人，守皇城、都城者二人，内府并甲字库二人，近各增至十余人，政弊民劳，乞裁革；一、南京各卫编佥快船，小甲贫苦不堪，而富者多投补牺牲所，以图影射。宜照旧额，其近年投补者革之。”诏：“现在守关、守门及管库官员，且不动。以后员缺，如正统、天顺间例勿补。由票仍令内外守备与参赞官会议以闻。余如议。”