卷明正德武宗正德元年三月丁未，南京东安门皇城脊瓦并大报恩寺塔，以雷震而损。守备太监傅容等既修茸皇墙，又奏请并修寺塔。工部议。“根本重地，雷震禁垣，其灾非他所可比。天心示戒，祖宗之灵，恐亦弗宁，若复修理寺塔，兴土木之工，劳军民之力，非所以答天戒也，愿已之。”上是其言。
四月己未，增置苏州府长洲县塘浦巡检司。丁卯，改南京吏部尚书林瀚为南京兵部尚书，参赞机务。
五月己丑，升提督仓场户部右侍郎陈清为南京工部尚书。
七月乙未，南京六科给事中石禄等奏：“顷岁山移地震，水旱频仍，风霾蔽日，雨雹杀人，为变不一。被灾之所，宜遣官赈济招抚，或蠲其赋税，减其科征。”
十一月丁丑，以镇江、苏州、常州、松江等府、镇江、苏州二卫灾伤，免其存留粮草子粒有差。庚辰，南京守备太监傅容、成国公朱辅等以南京尚书林瀚等会奏，南京营操官军，诈病者众，月粮皆截日扣除，尽言其不便。谓官军实患病者，宜仍给月粮。兵部议：“给粮养兵，正欲操练以备用也，若称病偷安，养之何益。自今实病者，仍俟一月后住支，诈病者宜亟扣除，仍究其官旗作弊之罪。”得旨：“患病三月以里者，不必住支。”己亥，升南京都察院右都御史高铨为南京户部尚书。
十二月丙寅，升云南按察使张恕为南京工部左侍郎、都御史、提督操江。
二年正月戊戌，巡抚苏、松等处都御史艾璞奏：”海贼蔡廷茂等六十四人，皆施天常、钮东山之党羽也。聚众劫掠，烧毁民居，奸污妇女，杀伤官兵，抚之不悛，罪当斩。镇海卫指挥佥事姜瀚、百户杨瑶、王恩，不为严备，致贼夺虏军船，当逮问。”刑部复题。上是之，廷茂等斩如律，其中有称冤者，听为奏谳。瀚等俱逮问。
闰正月庚申，升刑部左侍郎何鉴为南京兵部尚书，参赞机务。癸酉，升礼部左侍郎王华为南京吏部尚书。
五月甲子，升南京吏部右侍郎杨廷和为南京户部尚书；南京吏部左侍郎刘忠为本部尚书。丙寅，以处置两淮等处盐法、右都御史王琼总理漕运。
七月乙巳，以兵部左侍郎韩重为南京工部尚书。
八月壬申朔，南京户部尚书杨廷和等奏：“近欲疏通钱法，凡解户口食盐及商税鱼课钞钱赴部者，必历代旧钱与洪武等钱中半兼收。但洪武、永乐等钱，贮库虽多，给领尚少，况弘治通宝鼓铸未完，市未行使，解户措办不及，官府收受亦难。若令每洪武等钱，折纳旧钱二文，愈见负累。请自今解到钱钞，不拘中半之数，新旧钱俱暂与收受。候弘治通宝铸造完日，照例中半兼收。仍行巡城御史等官，访有阻格及私铸私用者，严加究治，则钱法疏通，官民称便。”户部议复，从之。癸酉，以南京都察院右都御史洪钟为南京刑部尚书。以旱灾免南京锦衣等四十二卫屯粮三之二。
十月丙子，南京吏部右侍郎黄珣为本部尚书。
十二月己丑，免直隶扬州等府并徐州、淮、大等卫，所今年分粮草子粒有差，以水、旱灾故也。乙未，改南京礼部尚书刘忠为南京吏部尚书；升吏部左侍郎江澜为南京礼部尚书。
三年二月辛巳，升南京都察院右都御史王鉴之为刑部尚书。
三月戊戌，南京工部尚书韩重奏：“太庙殿宇、孝陵墙垣及武英等殿，当修理者，工役烦多，请行南京法司，将一应赎罪米，仍旧送部折收料银，以备支用。”从之。甲寅，总督苏、松粮储、都御史罗鉴，请给符验。兵部议与之。上令查宣德间例。兵部复，符验之领，始于成化七年都御史滕昭，后遂为故事。得旨，以为纷更，不许。
四月丁丑，起用太子太保、南京礼部尚书周经。壬辰，升通政司右通政黄宝为应天府府尹。
七月乙卯，淮安府山阳县雨雹，如鸡卵，狂风暴雨交作，毁伤秋禾二百余顷，坏船一百余艘，溺死者二百余人。
己未，升提督操江、南京都察院右副都御史雍泰为南京户部尚书。后四日遂令致仕，或谓其不媚中贵也。庚申，太监刘瑾奏：“访得扬州、两淮运司商人杜成等，各名下革支盐引一百一十六万引，堆放在库，若不早处，日久弊生。乞遣科、道官各一员往督运司等官查盘现数，变卖银两，解京送库。”户部议复。有旨，遣给事中、御史各一员驰驿以往。乙丑，升河南左布政使朱恩为南京都察院右副都御史，提督操江。
八月己巳，南京守臣奏：“都城民家起火，延及数百家，男女死者九人，其间贫不自存者甚众，请赈济之。”诏南京户部遣官同应天府长吏，发上元、江宁二县仓粮，验口赈济，毋致失所。给苏、松等处粮储关防。以都御史罗鉴奏，粮储事重，出纳文书恐有奸弊，当预防也。戊子，升户部右侍郎林泮为南京户部尚书。
九月庚子，以灾伤免淮安、扬州二府及徐州夏税子粒。癸亥，南京及淮、扬地方旱灾，命吏部左侍郎王琼随宜赈济。
十月癸酉，以地方灾伤，停南京各项工程，从南京工部尚书韩重等奏也。己卯，以都察院左都御史陈金为南京户部尚书。
十一月乙未朔，户部言：“淮安等处灾荒重大，累经守臣奏请简命大臣往理钱粮，以救饿莩。丁未，暂免淮、扬二府及徐州正德二年以前积欠马匹，以地方灾伤重大故也。己未，总督扬州备倭都指挥袁杰奏请兼管淮、扬、常、镇、苏、松等府地方捕盗事。兵部复奏谓：“事属纷更，且统治太广，亦难防范。宜令杰兼管常州孟渎河至苏、松、通、泰沿海地方捕盗事，如卒不足用，听量调民快，事毕勿得拘留。”从之。
十二月癸酉，应天府旱灾，户部请免其秋粮子粒有差，仍于免数内，量征二分，以补起运两京之数。灾重地方听以半折银。报可。戊子，停征应天府俵解马匹。
四年正月庚申，巡抚都御史罗鉴奏：“丹阳、金坛二县，民饿尤甚，请借拨苏、松二府各米一千石，谷九千石赈之。其苏、松等府，米亦腾贵，宜放预备仓粮，减价量粜，贮其银于官，俟来年丰收，籴谷备赈。”户部复议如鉴言。上曰：“岁歉民饥，朕所轸念，借拨放粜，俱如拟行之。然赈济之惠，当先及于小民，务须计处周详，不可使豪右之家挟势规利，致生奸弊。”
二月庚辰，总督南京粮储、左佥都御史储巏奏：“南京官军俸粮，岁该一百五十万石，现在仓粮止一百七十万石，恐支放不敷。”户部议：“南京仓粮原有二百万石，其余粮斛并湖广、江西、浙江，南直隶府分，灾免不尽之数，仍该征五十六万，尽足支用，宜行各巡按御史督征，并行南京户部差官催纳。”诏如议。甲申，升福建左布政使常麟为应天府府尹。户部奏：“南京地方灾伤，亟宜赈济，彼中米价倍于杂粮，而活人之功，杂粮为多。乞令南京法司并南直隶府、州、县、卫、所，凡遇囚犯，该纳赎罪米者，每米一石，折收杂粮一石五斗，就其本处各仓收贮赈济，仍听侍郎王琼提督。”诏从之。
三月甲午，以旱灾免南京锦衣等卫、所屯粮有差。仍令差南京科、道官各一员，查具顷亩总数以闻。壬寅，南京户部议复：“南京内、外守备等官奏请以户、兵二部及应天府寄库皂隶赃罚席竹、盐引等银七万一千余两，赈济都民。”户部议：“秋成尚远，宜令原委官员，粜卖杂粮，斟酌给散，庶几活人颇多。仍行侍郎王琼，综理稽考，务在放支明白。”诏从之。谕王琼委官从宜粜卖，给赈务得实用，毋致侵欺妄费。
六月辛酉朔，巡按直隶御史赵时中奏：“通州等处坍江田地税粮，乞如兴化县例，通作存留或派附近仓分，米一石，折银四钱，麦、豆一石，各折银三钱。”户部议如所请。诏从之。甲子，户部议复：“巡按直隶御史李廷梧奏苏、松、常、镇四府大饥，乞将正德三年未完税粮，及各年应解物料，暂蠲免。”诏令已征者解部，未征者俟丰年补之。丁卯，升工部左侍郎俞俊为南京工部尚书。丙戌，总督苏、松等处粮储都御史罗鉴奏：“所属各卫，缺官军俸粮，并各部岁派物料无措，乞以其地度僧等银借用。”有旨责鉴招权妄议，紊乱事体，令冠带闲住。遂革原设都御史，以御史苏锡代之，专理不得更代，着为令。甲申，升江西左布政使周宏为应天府府尹。