三月壬申，先是，二月间，扬州守备卢相部卒二百余人，因分粮不均作乱。斩关出，格伤巡捕百户冯承恩。至仪真，夺守备汪恩所领福船，将入海，巡抚都御史唐顺之闻变，乃揭榜抚谕其众。而自督兵驻瓜州，遣相、恩分途追及之于黄天港。斩首恶三十一人，余党置不治。顺之具疏以闻，因请为相、恩议赎。巡按御史陈志奏：“相前以三河失事被逮，今二罪并发，不宜轻处；恩失守战船，功不补过，亦当并论。”得旨：“夺恩俸三月，下相于御史问。”乙亥，南京守备太监何绶、魏国公徐鹏举、临淮侯李廷竹、兵部尚书张鏊、侍郎李遂以振武营兵变闻。事下兵部，请分别首从行法，并议守备官统御失宜之罪。上曰：“营卒聚众围逼部臣，必有不得已之情。南京户科其详核总督官克减状以闻，绶、鹏举、庭竹、鏊俱责在守备，不能统戢土卒，姑令戴罪协同李遂抚安军民，仍许便宜行事。各营军士，素受朝廷豢养厚恩，乃敢不畏法度，擅杀大臣，本当重处。姑念激变所致，令所司捕治其为首者，余党勿问。”于是南京科道官刘行素、赵时齐等各上疏言：“诸军激变，始于马坤之议减折银，成于黄懋官之查革妻粮，而尚书蔡克廉病不任事，员外郎方攸跻、主事安谦给放失期，及守备何绶、总督程规、徐珏等俱属有罪。”诏先罢克廉，余下吏，兵二部详议。已而议上，悉如行素等言。惟徐珏逐捕他盗有功，程规新任当末减。得旨：令坤致仕，褫攸跻、谦职为民，珏留用，规停俸戴罪视事，绶等令自陈。把总、指挥张鹏等而下二十九人降级、逮治有差。己卯，户部左侍郎刘采为南京户部尚书、总理河道；王廷为南京户部右侍郎、总督粮储。壬午，南京太仆寺卿林应亮为都察院右副都御史、总理河道。
四月丁酉，升江西布政使司右参政方廉为都察院右佥都御史、总督粮储，提督军务兼巡抚应天。己亥，改户部尚书江东为南京兵部尚书、参赞机务。壬寅，论南京叛军罪，首恶周山等三人论斩系狱，发滕彪等二十二人戍边卫。初，侍郎李遂，既以计散遣各军，已而，闻军中籍籍，有言朝廷将尽诛各营兵，阴相约欲叛入海。遂患之，与尚书张鏊议曰：诸叛卒虽从宜抚处，而首恶未诛，非法也。不闻元魏禁军攻统军张彝之事乎？且众尚汹汹，必俟奏报处分，万一机泄奈何？乃托病闭阁卧，给各军安家小票各一纸，以安众心。密召坐营官华恩、把总张勋等入卧内受计。令刺访首恶，得山等二十五人，各以三月十六日掩捕下狱。
因驰奏请处分。兵部议：“叛军戕杀大臣，逼胁府、部，当即时斩首枭示。”上复命三法司会科道官详议，改比谋杀制命使臣律，俱斩，秋后处决。上曰：“帘远本因堂高，必无自远之理。土卒辱及大臣，法斩；死时君立新帝者，必法外凌迟。黄懋官心存欺谤，计使人为全尸而死，失刑甚矣。今所获亦未可尽知果皆为首者，可再议闻。”乃止坐首恶三人，余各以矜疑调发，未获悉贳之。按振武之变，虽由待郎黄懋官克削所激，然诸军本乌合恶少，非有尺籍伍符，一旦于都城之中，肆行无忌，戕杀大臣，乃竟置而不问，国法荡然矣！于是四方效尤，士卒戕主帅，部民殴制使者，纷纷数起，朝廷患其徒众，类从姑息焉。丁巳，复设都御史一员，提督南京粮储，改督漕右副都御史章焕为之。初，营军之乱，侍郎黄懋官以南粮不充，节缩太过，至于生变。及是，给事中郭斗因言：“糗储缺乏，弊由提督侍郎不兼宪职，无举劾之权。故所在有司，皆玩视不理，积逋巨万。宜如旧例，专设宪臣董之。”且言南北二运，均为国计所关，而人情每重北轻南，法不划一。请略仿京漕之例，施之南京。凡各处应派南粮者，岁遣户部司属一员，令其一体奉敕监兑。给事中马出图亦言：“南粮自尚书方钝议改折后，军无现粮，怨始起，乞尽复本色便。”诏俱从之。
五月庚午，兵部复：“巡抚应天都御史翁大立条陈，沿江、沿海将官职掌，专备海寇，而民间盗贼，则置不问，此泰兴劫库之变所由作也。宜令诸路参将、把总，悉兼理捕盗，规避者罪之。”诏从之。丁丑，添设整饬应天、太平、宁国、徽州、池州、广德六府、州兵备副使，列衔浙江按察司，仍兼布政司参议，兼督苏、松等府粮储。从南京兵部议也。丁亥，添设柘林、川沙各把总一员；改吴淞江游兵把总为南洋游兵都司，驻竹箱沙；圌山游兵把总为北洋游兵都司，驻营前沙。俱于浙江都司列衔支俸。
八月丁巳，升吏部右侍郎李玑为南京礼部尚书。壬戌，裁革苏州府领兵同知一员，新堰闸闸官一员，长洲、吴县各税课局大使一员。
九月甲子，升南京都察院右都御史王钫为南京工部尚书。戊辰，升南京光禄寺卿吕光询为应天府府尹。
十月戊戌，以灾免淮、扬等府税，并改折漕粮八万石。
四十年二月甲寅，升南京礼部右侍郎康太和为南京工部尚书。己卯，南京户部尚书刘采奏：“自本年为始，将应天、苏州、松江苎布、丝绢暂解本色，待有余积，再议改折。”从之。
五月丙戌，以南京池河新营兵变，诏罢南京兵部尚书江东，回籍听用。池河营设在江北，其兵系南京飞熊、英武，广武三卫军余，共三千人。每岁春秋分番操守。计在营凡四月，月给粮三斗。后以军装什物、往来僦赁之费不给，复人给帮丁一名，助银六钱，相沿二十余年矣！时英武卫千户吴钦谓帮丁非制，请于南京兵部革之。军怒，遂缚钦于营台，群殴之。东闻，亟遣兵抚谕各军，许帮丁如故，钦始得释。寻捕其首事者九人，置于理。南京科道官杨铨、刘行素等以闻，因劾东治兵无纪，举措乖张，昏庸谬妄，宜罢。章下兵部复：“东宜别用，把总余忠等六人宜革任，首恶送南京法司讯治，并追逮其遗漏者。仍行内外守备，申明法纪，帮丁既有旧例，不必议革。”上俱从之。戊子，升兵部左侍郎李遂为南京兵部尚书、参赞机务。
闰五月壬辰，升南京操江、右佥都御史喻时为都察院右副都御史，总督漕运，巡抚凤阳。丁未，山西左布政使万虞恺为南京都察院右佥都御史，提督操江兼管巡江。兵科左给事中张益等言：“南京振武营、池河营，连年军变，狂悖效尤，渐不可长。督责之任，全在参赞，非重其权不可。今陛下擢用李遂，正人心改观之始。请下部议，更给以敕，凡事体有当增改者，一一载入，令其以便于展布。”部复：“南京五府佥书都督，既分辖诸营，自今当悉听遂节制。应天、淮扬抚臣事有关涉者，悉与咨议。副、参、游、守、兵备等官，悉听委用。诸所未备，咸得便宜行事，另请敕谕给之。”报可。己酉初，应天巡抚翁大立极言江南养马之害。请革应天、镇江等府种马，征价输官。革裁其所属州、县养马官，可省供亿冗滥之费。事下御史会议。至是御史言：“江南种马系祖宗成宪，不可革。宜申明孳生旧例，责之州县正官，稽其蕃耗。仍行南京太仆寺查照科驹分数开报兵部，转行吏部课殿最黜陟之。解俵本折，则本府通判总部各州、县轮差佐贰或首领官一员，其江南北州、县马不满千者，罢其冗员。”兵部议复，从之。戊午，调原任巡抚山西、右副都御史孟淮为应天府府尹。
六月戊子，升工部右侍郎黄光异为南京户部尚书。
七月癸巳，巡抚应天都御史方廉言：“今日江南之患，在于官多势分，兵多食冗。请裁革直隶青村、南汇二所把总，以柘林把总兼辖青村，川沙洼把总兼辖南汇。”又言：“兵将相识易于责成，请改京口圌山把总郭成为吴淞陆路把总，统领原部苗兵，仍充浙直副总兵，中军官。”诏从之。己亥，以江南水患饥荒，诏留苏、松、常、镇四府两年开纳事例银，并浒墅、北新关船料银备赈。癸卯，升南京都察院右都御史卢勋为南京刑部尚书。辛亥，巡抚应天都御史方廉奏：“苏、松、常、镇四郡，水利甲于天下，宜备查应修之处，分别工程难易，以次兴工。河夫银两编征追捕如故。苏、松二府，额设水利通判各一员，后因兵兴事繁，二府各置海防同知，苏州又有练兵同知及防御福山通判，而归所设水利者裁减矣!今海氛稍清，其练兵、防御诸员可省，须复水利旧额，以任疏浚。松江则以海防同知兼摄其事。仍敕兵备宪臣，往来督课之。”吏部议复，允行。