九月辛丑，苏、松、常、镇四府大水，平地水深数尺，累月不退。抚臣以闻，因请破例蠲恤。上从部议，命停征是岁秋粮，仍改折起运改兑米有差。其四府事例罚赎银，俱留充赈。甲辰，以水灾，免南京锦衣卫并扬州等卫屯田子粒有差。己酉，升南京操江、右佥都御史万虞恺为右副都御史，巡抚应天。丙辰，升南京大理寺丞闾东为南京都察院右佥都御史，提督操江。
十二月丁卯，升大理寺左少卿王士翘为都察院右佥都御史，总理河道。
四十一年二月乙亥，裁革太仓卫知事、宜兴县治农县丞各一员，平洋沙巡检司巡检一员，太仓、吴江、常熟、嘉定、丹阳、扬巷、七宝税课局大使七员。从巡按直隶御史陈瑞奏也。
四月丁丑，免金山卫及青村、南汇二所官军运粮所遣运船八艘，攻派苏州、太仓、镇海、镇江四卫军领之。从漕运都御史喻时奏也。戊寅，裁革直隶淮安府清河县主簿一员，量复本县存留钱粮三年。以凤阳抚臣言其地小民困，逃亡数多故也。
五月己酉，以淮、扬二府灾伤，停征漕粮改折银有差。辛亥，升大理寺右寺丞周如斗为都察院右佥都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天。
十月乙卯，裁革常镇兵备副使及松江府添注海防同知二员，以海寇渐宁故也。其常、镇兵防诸务，令苏松兵备兼领之。癸亥，以直隶淮、扬二府所属州、县、卫、所水灾，蠲免秋粮有差。乙丑，升户部左侍郎鲍道明为南京户部尚书。
十一月壬寅，以直隶扬州等府所属州、县、卫、所灾伤，减免税粮及所征屯粮有差。
十二月壬子，改南京刑部右侍郎王廷为户部右侍郎兼都察院右佥都御史，总督漕运兼提督军务，巡抚凤阳。甲寅，以水灾，免淮、扬所属泰、徐等州县马价有差。
四十二年正月乙巳，以灾伤，诏折征泰州，兴化、赣榆、沭阳、安东、盐城、清河，宿迁、通州、徐州、高邮、如皋、海门、宝应、萧、沛等州、县改兑米有差。
四月癸亥，升工科都给事中罗嘉宾为应天府府丞。乙亥，升南京吏部右侍郎尹台为南京礼部尚书。
五月戊子，升太仆寺卿唐宽为应天府府尹。
八月丙辰，初，南京兵科给事中范宗吴言：“故事，操江都御史职在江防，应天，凤阳二巡抚军门职在海防，各有汛地。后因倭患，遂以镇江而下通、常、狼、福等处，原属一巡抚者，亦隶之操江。以故二巡抚得以诿其责于他人。而操江都御史又以原非本属兵，难遥制，亦泛然以缓图视之，非委重责成之初意也。自今宜定汛地，以圌之三江会口为界，其上属之操江，其下属之南北二巡抚。万一留都有急，则二巡抚与操江仍并力应援，不得自分彼此。庶责任有归，而事体亦易于联络。”章上。上命南京兵部会官杂议以闻。至是议定，兵部复请行之。诏可。今后不系操江所辖地方一切事务，都御史不得复有所与。
九月己丑，巡抚应天周如斗言：“江南自有倭患以来，应天、苏、松等处加派兵饷银四十三万五千九百余两。今地方已宁，乞减三分之一，少苏民困。”户部复言：“加派兵饷，原以济急，事已宜罢。不但当减征分数而已，请下酌议悉除之。”报可。甲午，以水灾免徐州及丰县马价银二年。甲辰，以大水，蠲免徐、沛、丰、砀四州、县、卫、所田粮如例。仍支广运仓小麦五千石，候冬春之际给赈。
十月癸丑，南京各卫所新增草场租银，先以兵部尚书江东奏准蠲免。至是，尚书李遂代东，谓：“田已开辟；所增租不当尽蠲，请就中择其多获，薄征之。使宽恤之中，不失综核之意。”从之。丙辰，升大理寺右少卿王本固为南京都察院右佥都御史，提督操江。辛酉，工科给事中张宪臣奏：“苏、松、常等郡，古称泽国，而苏、松又最居下流，塘浦泾溪、陂泽畎浍，支派联络，不可一日使壅。
迩年，渐为潮沙填塞。昔所舟楫，今皆褰裳可涉。又其甚则鞠为榛莽之区，夷为通行之径，以致潴泄无方，旱涝为害。中间虽尝修浚，不过具文塞责。是以前年大水，沃野千里，汇为巨浸，至蠲上供钱粮数十余万，所损不细。又苏、松虽设水利佥事，权任甚轻，不足谋事。兹欲兴建大役，为地方水利，乞特敕抚臣提督，选委府、州、县正佐分理相度，先浚支河，使足以达潮水之通流；筑修围岸，使足以御湍流之奔溃。然后举其水之大者，如浚白茅港，以达于江；浚刘河，以达于海。其七浦塘、梅林塘以及河渠潮荡诸水，凡为泥抄壅阏、茭芦沮洳、豪右侵没者，悉加检勘疏导。而又相度水势冲搏之所为板闸，以时启闭，使湖水不致停蓄，海潮得以流通。如人身血脉，去其壅滞，而精神得以流通宣畅，夫然后水旱无恐，而国家财赋有永赖也。其奉敕重臣，必俟工完，方许复命。经委府、州、县官，必待历有劳勚，始准别选。庶事有专责，人各尽力，无所规避。至于工役所需，或奏请赃罚事例银两，或借各府、县无碍官银，或仿宣德年间事例，设济农仓，编导河夫，征派银谷，各贮仓库，以备修治之费。”疏下工部议：“工费烦巨，江南当倭患后，财用殚竭，民力方在休息，骤劳之，未可。宜量浚支河，其大工俟储积赢羡举之。”报可。
四十三年二月癸亥，更定镇守江南，分守江北汛地。以江南属之总兵刘显，专驻吴淞；以江北属之副总兵王应麟，专驻狼山。各更敕书，并铸关防给之。
闰二月己卯，升南京都察院右都御史张舜臣为南京户部尚书。
四月戊子，命前府佥书、署都督佥事方恩允充总兵官，提督漕运、镇守淮安。
五月丁未，户、工二部复：“给事中赵格言，浒墅、扬州、推安等处关、厂各主事及委（丁香书院小说）官干没之弊，乞严禁。”得旨：“榷务累经申饬，给有稽考文簿。所司玩视成风，往往入多报少。委用府佐，徒相比为奸，致亏国课。自今各差主事，有仍前纵肆者，尔部中及在外巡抚御史得通劾之，毋事姑息。”
八月壬申，以水灾免苏、松府属正官入觐。
九月庚子，巡抚凤阳右侍郎王廷、巡按御史朱纲以淮安大饥，奏留本府商税银给军。户都复议：“此系国家正课，但可暂借以纾目前。至于兴利补弊，计安永久，责在有司。今蒿莱之地不耕，流移之民不复，当事者徒闻束手仓皇，垂涎国课，甚无谓也。且营田招抚事宜，诏书具在，容臣等承制申饬之。”上以为然。因切责廷等，令其督率所属，相与实心经理，毋容旷职亏赋，渎扰朝廷。
十月癸酉，以海寇不靖，免淮、扬二府及通州、海门、如皋、宝应等州、县正官入觐。丙申，以淮安府马户逃亡，诏再蠲马赋三年。
十一月壬寅，升浙江左布政使刘望之为应天府府尹。
十二月丁丑，是岁，恤刑官所谳矜疑重囚，南直隶江北五十七人，诏减死戍边。甲申，右给事中杨霆，劾论巡抚应天都御史周如斗科取罚赎及纵弟受属官贿诸不职。下吏部，复言：“如斗昔按苏、松，名称籍甚。今偶罹訾议，非其志节殊也。盖昔当蠲赋之时，而今有督粮之责。安静则颂声易兴，严急则怨交作，所处之势使然耳。况科罚受贿皆风闻，无实证，不当遽议罢斥。”得旨：“令如斗视事如故。”
四十四年正月丙辰，巡按直隶御史温如璋条上备倭方略：“一、修城堡以防要害。苏、松滨海，倭夷出没，宜于川沙、吴淞之间，修复早寨旧城，以防嘉定、上海；刘家河港口更建小堡一所，七浦、白茆等处设水船旱栅，以防太仓诸泾。一、裁武冗以专职守。苏、松参将，宜复驻金山，团练诸军，守苏、松二府。其柘林把总，改驻崇明，统兵防守。金山游击，似为冗员，宜革；一、联修御以固防守。浙、直接境，不得互相推诿。宜将会哨兵船，通令督府，置立哨簿，委官稽查。在狼山、福山者远哨于崇明，而专守三沙一带；在松江、嘉兴者，远探于外洋，而会守独山一带。如江北船不至三沙，浙直兵船不会独山，皆以守备不设论罪。”疏下兵部，复如其议。惟裁武冗一事，仍行抚臣再议以闻。报可。