三十八年正月壬午，巡按直隶御史尚维持言：“吴淞、柘林、川沙、阳舍、孟河五处均为苏、松、常、镇四府要害。吴淞旧有守御所，而四城未设专官，乞各铸给千户所印，及注选仓大使一员，以司粮饷。其苏松参将，宜驻金山，督守柘林、青村、南汇、川沙诸处；常镇参将宜驻阳舍，督守圌山、孟河二地。而浙直总兵，专驻吴淞，居中调遣便。”兵部复议：“各将改驻，当如所奏。其四城设守御所必须改调官员，抽补军士，坐派月粮，计划允当，方可议行。若但从戍守之宜，则官可从便而委，军可随数而调，粮可随地而处。有警则责其防御，无事仍听其番休。印不必给，而人亦相安。请下抚按官议之。”报可。乙未，升湖广左布政使傅镇为南京都察院右副都御使，提督操江兼管巡江。
二月辛亥，总督南京粮储、户部右侍郎黄懋官奏：“仓粮不足支放，乞照旧征本色。”报允。乙卯，升吏科都给事中徐纲为应天府府丞。
三月戊子，命掌南京后军都督府事、西宁侯宋天训提督操江兼管巡江。庚子，以南京都察院右都御史蔡云程为南京刑部尚书。辛丑，倭犯江南崇明县，泊舟三沙地方，登岸烧劫。
四月壬寅朔，倭船数百艘，转掠江北扬州、海门等处。丙午，江北倭趋通州，总兵邓城遣兵御之，败绩。指挥张谷死之。倭进据白蒲镇。丁巳，先是，江北海道副使刘景韶，以游击丘陞等兵击原驻白蒲倭。一战于丁堰，再战于如皋东，三战于海安，皆捷，共斩首百余级。至是，贼大聚其众，谋西犯扬州。景韶复督陞等兵击之，斩首八十级，焚死一百九十七人，贼奔入潘家庄。景韶督诸兵尽锐攻之，复斩首一百二十八级。初自南沙登岸，犯通州之倭，至是剿绝。庚申，庙湾倭合众来攻，淮安巡抚李遂亲督参将曹克新等御之，大战于姚家荡，自寅至申，贼大败，斩首四百七十八级。贼遁入姚庄，我兵纵火焚庄，贼死者二百七十余。余贼奔陈庄，我兵复追斩七十四级。贼以残众退保庙湾。丙寅，海道副使刘景韶，督兵击倭于印庄，斩首四十五级，贼西走。次日复战于新洲，斩首七十八级。贼奔新河口，遁入民家。我兵以火攻之，复斩首二百十六级，贼悉焚死，无一人得脱者。是时，江北流劫之倭悉歼，惟庙湾大伙据险固守不出，我水陆兵环其四面攻之。丁卯，巡抚凤阳都御史李遂言：“倭寇前结艘扬帆，直入杨树港，登岸焚劫。次日径犯狼山，泊芦潭港，遂过通州、海门，至白蒲，焚烧庐舍，劫掠民财。副总兵邓城，募造兵船、战具，无不完备，足堪防剿，乃骄玩迟疑，致贼猖獗。乞正其罪。”得旨：“城怯懦纵寇，法当逮治。姑革其职级，充为事官，领兵杀贼，事宁奏处。李遂严督将士，戮力剿平，毋得怠视。”已，巡按直隶御史、江北李廷龙等复言：“邓城玩寇殃民，及参将朱仁、指挥丁为谷等俱属有罪。”上命按臣械城并仁、为谷，俱至京鞫治。
五月壬申，江北兵攻寇于庙湾，斩首四十余级，我兵死伤亦多。贼复敛众固守。巡抚李遂以数战兵疲，宜围困之，贼日久无食，且水陆断其行道，可收全胜。通政唐顺之以为玩寇，乃自擐甲持矛，麾兵以进。屡挑战，贼终不出。遂督兵入险，贼奋锐东西冲，官兵死伤甚众。顺之自知失计，以为贼未可卒破，乃驾言经略三沙倭南去。甲戌，总督漕运都御史傅颐等言：“淮、扬之间倭寇方炽，盐场运道，俱当防护。高邮重地，未设戍兵，适总督胡宗宪所募山东兵二千五百人由淮赴浙，乞暂留为备，俟寇息遣之。”报可。丁亥，革高郎州河泊所。裁革淮安府清河、睢宁、赣榆三县儒学训导一员；海州永济、通济二仓副使各一员；扬州府高邮州管马判官一员；宝应县主簿一员。己丑，崇明县三引沙倭贼合踵至，官军出海邀击，斩首一百余级。总督、侍郎胡宗宪等以捷闻。甲午，庙湾倭被围日久，我兵水陆迭攻，百计挑战，贼不出。副使刘景韶乃督卒填壕，斩夷树木，严兵逼垒而阵，贼终不出。后令水兵载苇焚其舟，贼争救舟，我兵乃撤其所营西街墙屋，贼撮营东街，致死敌御，杀伤甚众，其垒益固。于是景韶约二十四日水、陆进击。是日，夜大雨，寇乃潜遁入舟。官兵进据其巢，追奔至虾子港，颇有斩获。余寇无几，不复能战，乘风开洋而去，于是江北倭尽平。
七月庚午朔，升户部左侍郎蔡克廉为南京户部尚书。丙戌，原屯三沙倭贼突犯江北，由梅门县七星港登岸。丙申，江北七星港倭流劫过金沙、西亭，将犯扬州。海道副使刘景韶督参将丘陞等兵并力御之，战于邓家庄，斩首六十九级。贼败走仲家园，官兵纵火急攻，斩首二百八十余级，贼宵遁。
八月己未，江北倭自邓家庄败后，沿海觅舟不得，我兵自后急击，及于小海团、刘家桥、白驹沙等处，各有获斩。贼劳馁困顿，会雨，乃奔入刘家庄就食，我兵四面围之。值总督胡宗宪遣江南副总兵刘显以铳卒千余来援，江北将士谓功在垂成，虑为显所攘，啧啧有言。都御史李遂恐士众不和，乃檄江北诸军尽属之显。军政既一，遂克期进兵。显率所部先登，各营选锋继进，纵火冲击，自辰至酉，贼巢始破。共斩首二百一十四级。贼奔白驹场，我兵追击，又败之于七灶及茅花墩，共斩首四百余级，贼众尽殄。
九月乙亥，以灾伤免南京锦衣及直隶扬州等卫所屯粮各有差。兵部复：“巡抚凤阳都御史李遂奏剿平倭寇诸臣功次，言：本年江北寇前后四起，一白杨树港、撇港、卢潭港登岸；一自周灶港登岸，俱并为一伙，约三千余人，在庙湾杀伤死亡过半，所余不足三百，乘雨逃遁；一自廖角嘴山港登岸，约三四百人，至曹家堡、潘家庄剿杀尽绝，一自青墩港登岸，约六百余人，至新河口，亦剿杀尽绝。以四月初一日闻警，至五月二十三日荡平，仅止五旬。”上深嘉诸臣功。
十月甲辰，以旱灾免直隶苏、松等府税粮及折改运粮有差，仍行有司赈济。
十一月丙子，巡按直隶御史陈志言：“江北顿值兵荒，请将三十九年分备用马匹再改折一年，以苏民困。”上特允之，后不为例。丁丑，苏州自海寇兴，招集武勇，诸市井恶少，咸奋腕称雄杰。群聚数十人，号为打行、扎火囤，诓诈剽劫，武断坊厢。是年，吴会岁侵，各郡邑时有攘窃。应天巡抚翁大立既莅任，则严禁缉之，访扎火囤诸恶少名，檄府县捕治，督责甚急。及十月大立携孥来苏州驻扎，诸恶益惧，则相与歃血，以白巾抹首，各持长刀、巨斧，夜攻吴县、长洲及苏州卫狱，劫囚自随，鼓噪攻都察院，劈门入之。大立率其妻子逾墙遁去，诸恶乃纵火焚衙廨。大立所奉敕谕、符验及令字牌，一时俱毁。诸恶复引众欲劫府治，知府王道行督兵勇却之。将曙，诸恶乃冲葑门，斩关而出，逃入太湖中。官司遣兵四散搜捕，获首从周二等二十余人。事闻，上命大立戴罪严督，克期殄灭，以靖地方。知府王道行等、知县柳东伯等住俸，勒限获赃。指挥朱文正等付按臣逮问。
十二月戊申，改巡抚保定、都察院右佥都御史喻时为南京都察院右佥都御史，提督操江。庚申，添设金山卫游击将军二员。从巡抚应天都御史翁大立请也。
三十九年正月丙子，浙直视师、右通政唐顺之升任淮、扬巡抚。辛卯，盗百余人夜入扬州府泰兴县，劫库杀人。守臣以闻。得旨：“停知县梁栋等俸，及把总吕圻各戴罪捕贼。”初，江南御寇，水兵多游手少年，乌合应募之众。及事宁散还，穷无所归，流落江湖间，遂相聚为盗云。
二月壬寅，以江北倭寇未宁，添设水兵把总一员于狼山。丁巳，南京振武营兵乱，杀督储侍郎黄懋官。旧例南京各营官军月米，有妻者一石，无妻者减十之四，春秋二仲月，每石予折色银五钱。及马坤为南京户部尚书，奏减折色银为四钱，诸军始怨。懋官性刻削，每月各卫送支册，必诘其逃亡多寡。又奏停补役军丁妻粮，诸军益不堪。是时，坤已召入为户部，代之者尚书蔡克廉，病不事事。比岁大侵，米石至银八钱，军中争求复折色原额，不见理。每月常以初旬给各军粮，是月已再旬，懋官犹未支给。是日，振武营军操期。振武营者，南京兵部尚书张鏊以海警创设者也。初议选各营精锐，不足乃益以四方趫健，然京卒怯脆，中选者不及十一二，其所团集大抵皆恶少游手无赖者。晨集将赴操，遂鼓噪，围懋官第。懋官闻变，急逾墙出，因仆地不能起，诸军竞前扑杀之。悬其尸于市，痛加诋辱，仍大呼，胁兵部尚书张鏊求赏。鏊错愕不能应。会诚意伯刘世延趋至。谕曰：“尔辈但求赏，易耳！能从我，惟尔所欲。”众稍定。翌日，九卿科道大会于内守备厅。兵部侍郎李遂扬言曰：“昨黄侍郎之变，遂亲见其自越墙死，各军特不当残辱之。当据此闻奏，不得称叛。”因麾乱军退。众求赏，遂叱曰：“今日之事，若求复妻粮、月粮原额，即可得。求赏不可。朝廷在上，尔辈何为者？”乃令人各给银一两，以补减折粮饷，始散。