三月壬辰，兵部复：“南直隶督抚等官胡宗宪等奏，直隶沿海之地，水兵把总则有吴淞江、刘家河、福山港、镇江、圌山五总，然各守汛地，不相联络。宜添设游兵一部，拨给福船五十艘，令把总官一员统之，以为声援，仍听副总兵调度。”报可。乙未，总督漕运兼巡抚都御史蔡克廉请筑宝应县城，以防倭患。工部议复，从之。
二月甲寅朔，升总督陕西三边右都御史贾应春为南京户部尚书，户部右侍郎吴嘉会为本部左侍郎，总督漕运，巡抚凤阳；赵忻总理粮储，巡抚应天。庚申，升总督湖广、川、贵右都御史冯岳为南京荆部尚书；南京户部右侍郎王诰为右都御史，总督漕运，巡抚凤阳。辛巳，提督操江都御史高捷疏陈江防事宜：“一、补额军。原额操江官军一万七千余名，今缺少大半。宜行南京锦衣等卫、所照数补够，毋得营改别差，避重投轻；一、择将领。新江口操江把总、哨总、卫总等官，旧规俱守备衙门推委，官之贤否岂能尽知。宜令操江会同选补；一、重责成。江海水面，原无限隔，虽经分屯把守，逐节会哨，若使拘汛地不相应援，亦难防贼。宜将兵分正奇，南北内外，互相援剿，有功失事，各视主客通论；一、悬异赏。倭寇新来之船中无所有，及其满载而后尾击，其地方已受害甚矣。请以迎击来船之赏，列之遮击去船之上，去船止论首功，来船兼论船只。”兵部议复，报允。癸未，升吏部右侍郎孙升为南京礼部尚书。
四月甲午，寇犯江北。先一舟自如皋县掘港登岸焚劫，贼凡七十余人，官兵合势急击，歼之于白蒲镇。庚子，江北倭寇大至，自海洋二洲、掘港、吕四场等处登岸，凡二千余人，流劫海门县。壬寅，倭至通州，攻城不克，遂分二路西行，犯如皋、泰兴。是日复有倭舟七艘，自金沙登岸。
五月癸丑，泰州倭转掠扬州及徐州，官兵御之皆溃。贼遂薄新水关，矢及城中。庚申，高邮倭入宝应县，信宿而去，突犯淮安府，掠船四十余艘。旋复入宝应县，烧毁官民厅舍。己巳，以扬州倭患，听留两淮余盐银三万两，仍提编明年均徭助用。壬申，宝应倭掘北土坝，泄河水入，乃驾舟溯东乡，由盐城至庙湾入海。居数日，开洋东遁。丙子，泗州倭分众犯清河，攻入县治，纵火焚劫而去，遂侵淮安府。庚辰，巡按直隶御史尚维持奏留松江府漕米五万石，以备兵饷。从之。辛巳，寇入安东县，进屯县治，纵火劫掠。
六月乙酉，淮、扬兵备副使于德昌督水陆兵击寇于安东县，参将刘显率苗兵直前冲贼，亲斩其渠首，贼众披靡，诸军鼓噪继进。贼走争舟，水陆兵夹击之，斩首百余级，贼多焚溺死者。余众乃驾舟奔遁，退泊云梯关。寻自刀门港遁。南京科道等官刘尧诲等言：“倭寇掠攻扬州、高邮，势且侵及天长、六合，去留都不数舍。夫淮、扬为运道要冲，则当为国家血脉之虑；留都系陵寝所在，则当为国家根本之图。惟陛下速敕诸臣，刻期剿灭，仍当重究参将黑孟阳等，以严失事之罚。”上以为然，命南京兵部抚、操官及督、抚诸臣，亟调兵驱剿，不得怠缓。仍拟黑孟阳死罪。革把总韩德桢、守备王表职，俱令立功白赎。辛丑，有折桅寇舟一艘，飘泊海州东陬山，居数日，夺舟而去。
八月乙未，浙直总督胡宗宪，淮扬巡按马斯臧各以江北倭患平定来闻。诏兵部侍郎江东统兵还京。东奏留参将徐珏所领保定兵驻扬州，防冬汛；游击丘升、夏时所领山西、河南兵各遣归该镇。上许之。
九月甲寅，祀故大学士顾鼎臣于其乡。鼎臣，苏州昆山人。昆初无城，鼎臣始议建之。比岁海寇入寇东南，诸郡邑无城者悉遭屠戮，而昆山独以城保，多所全济。乡人追思之，请立祠邑里，以示崇报。守臣以闻，报可。又改南京工部尚书马坤为南京户部尚书。甲子，升总理河道左都御史王学益为南京工部尚书。以倭患，诏通、泰、高邮三州，宝应，如皋、泰兴、安东、山阳、江都、清河、盱眙八县，是年本折马匹尽行蠲免。其海州、邳州、仪真、兴化，盐城、宿迁、桃源、沭阳、赣榆、睢宁诸州、县本色马匹尽征其值，并原折马价减银二两。从抚臣王诰请也。丙子，以水灾免直隶徐、萧二州县税粮。以倭患免宝应，清河、安东、盱眙四县税粮，各如例。仍命振恤伤重之家。丁丑，以盗越南京城，劫上元县狱，罢抚宁侯朱岳、守备太监郭城任，回京闲住；夺兵部尚书张鏊俸三月，下知县刘以真等南京法司问。
十二月辛卯，升刑部右侍郎潘恩为南京工部尚书。
三十七年二月己卯朔，命南京前府佥书、署都督佥事许信提督操江。
三月丙子，更定两淮掣盐之法。运司一遇各边中完工本盐商赍到勘合，不分正余盐引，即听各商自向小灶买捆出场，依期循单赴掣。仍量减盐引价，淮南每引上纳五钱，淮北三钱五分一厘二毫五丝。其掣盐之时，每单淮南六万六千引，外加三万四千引为一单；淮北三万四千引，外加一万六千引为一单。定以半年之内，淮南掣四单，淮北二单，不许过期停壅。从御史张九功奏也。
四月戊寅，诏留苏州府本色正兑粮二万石，松江一万五千石，充本处兵饷。辛卯，升广西布政司左布政使熊洛为应天府府尹。
五月丁巳，巡按直隶御史张九功奏：“徐、扬、淮、海之间，倭夷骚扰，地方残破，兼以赋繁役重，民皆相率转徙，就食他所。非得贤守令，不能安辑。宜于进士中择有才干者，慎简以充，仍责之久任，非六年以上，毋迁。”浙江御史钟沂亦言：“今守令为民害，弊在催科，而催科之弊有二：有当入租时不即征收，至积逋累年而后峻法以取盈者；有假征输之名，分外诛求，至为吏胥所苦，其费反浮于正数者。由前言之，则玩愒宜惩；由后言之，则克科宜禁。二法虽若相反，其以救弊安民则一也。”诏悉从之。
六月已卯，时，南京上元县有越狱之变。南京刑部尚书冯岳言：“近来五城两县系狱数多，皆因各衙门滥受民词，不送法司谳决，故淹禁日久，至于生变。请尽录系囚，随轻重决遣之，而严有司侵官乱法之禁。”报可。丙申，以苏、松、应天府谷价太轻，诏于原议改折兑米数中，每石暂减银一钱，不为例。从抚臣赵忻奏也。
闰七月丁丑，以寇患免松、苏、常、镇四府正官入觐。
九月丙申，升云南左布政使鲍道明为应天府府尹。
十月丙寅，改定仪真守备汛地，以新港至瓜、仪、六合隶之；江防以天长南及江都、高邮隶之。陆防仍听狼山副总兵节制。先是，嘉靖十九年分江南北备寇汛地，江南专属金山都司，江北尽属仪真守备。既而以地方多故，复于东海、大河口、周家桥设把总，掘港改守备，盐城增参将，各有汛地。已而，仪真守备犹遥制之，体统不便。于是，巡抚都御史李遂以为言，乃有是命。
十一月壬午，诏锦衣卫差官校械系应天巡抚都御史赵忻、松江府同知刘敏政、吴县知县曹一麟至京讯鞫。先是，忻行部至松江，会金山军乱，鼓噪露刃，直抵松江城下，久之方解。时崇明戍军亦以索饷不获，缚海防同知周鲁、署印判官薛仕，囚之教场数日。给事中苏景和闻知，乃上疏劾忻淫酗贪墨，恡赏激变状。因言敏政、一麟皆其所厚吏，三人相与济恶殃民，不可一日居位。疏入，上怒。乃命逮忻等问之。已逮至，下法司问，言忻等皆以催征过刻，行事乖方，致招物议，未有贪纵实迹。乃命降忻、敏政各二级，忻调外任，一麟罢为民。癸未，升江西右布政使陈锭为都察院右副都御史，总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丙申，以水灾蠲直隶淮、扬二府各属州、县税粮有差。
十二月丙午，升南京大理寺右寺丞赵孔昭为南京都察院右佥都御史、提督操江。丁未，法司上是岁天下恤刑官谳矜疑重囚之数，南直隶江南六十三人，江北八十八人，命减死戍边。