十月壬申，命锦衣卫械系原任应天巡抚屠大山、参将许国、李逢时、副总兵解明道至京讯治。先是，采淘港之役，坐两将不相能，各兵趋利不止，故垂成而败。时明道督水兵泊海口，坐视不救，大山方称疾不视事。至是，御史张师价以败事闻，请治大山、逢时、国、明道各失事罪。于是大山逮至，黜为民，明道等论斩。乙亥，免是岁南京决囚。辛巳，兵科给事中李用敬论劾总督、南京兵部尚书张经纵贼误国。上命改经为右都御史、兼兵部右侍郎专一总督军务，克期平贼，不许怠误。以南京吏部尚书周延代经为南京兵部尚书，参赞机务。壬辰，倭寇三千余人由金山突至西海口，登岸分掠。
十一月甲寅，倭寇犯松江、青村所等处。
十二月甲戌，命调永顺宣慰司彭明辅、保靖宣慰司彭荩臣各帅所部土兵三千人，前赴苏、松剿贼。先是，总督张经议调广西狼兵及湖广民兵，尚未至。而苏、松自十月后，新寇继至者又万余人，经至是告急。因复以调兵请，许之。乙亥，以苏州被寇，暂令浒墅钞关收折色一年。丁亥，升江西左布政使汪宗元为应天府府尹。甲午，以淮安府灾荒，准改折预征本色马匹三分之一。
三十四年正月丁酉，命南京中军都督府佥书万表挂印充总兵，提督漕运，镇守淮安。庚戌，南京应天府死囚吴恭伯等十五人越狱，夺城门走。诏锦衣卫逮府尹李珊来京讯治，革守备魏国公徐鹏举任。已，鹏举上符敕请罪，乃命奉祀孝陵，于南京中府带俸。珊械至法司，以案证在南京，请下巡按御史查劾。久之，御史为之开释，请仍在籍听用。从之。丙辰，工部尚书吴鹏奏：“迩者，黄河冲决飞云桥，于是昭阳湖水柜淤为平阜，今与运河无涉。柜外余田四百九十余顷，召民佃种，人授田五十亩，每亩征银三分，以备河道之用，日后或于河渠有济，仍退还官。其马场、南旺、安山等三湖水柜，不在此例。”报可。甲子，巡抚应天都御史周珫奏：“苏、松二府，连被兵荒，乞将三十三年税粮尽数蠲免，华亭、上海及嘉定、崇明四县仍发银赈济。”户部复：“该府本年民粮存留者，依拟蠲除。起运者，除派内府、王府粮米及议改折外，俱暂停征，再将华亭、上海、嘉定三县各扣京库米四万石。崇明原无起运，令于别库计处银一万两，给散贫民。”报可。乙丑，升原任兵部左侍郎张时彻为南京兵部尚书，参赞机务。
二月己卯，改南京礼部尚书王崇庆为南京吏部尚书。丙戌，遣工部右侍郎赵文华祭告海神并察视江南贼情。初，文华条陈御寇便宜，首请遣大臣祭东海。至是，礼部复如其言。上以问大学士严嵩，嵩言：“南贼扰据苏、松二载，设官调兵，未见实效。屡次奏报，或多失实。宜依部复遣大臣往祭，宣布朝廷德意，即令察视贼情，以区处长策，具实奏闻。其所差官，或即用文华亦可。”上乃命文华往。辛卯，修理南京城垣。壬辰，以淮、徐灾伤重大，诏折征漕粮十分之三，每石征银六钱。
三月甲寅，苏、松兵备任环督参将解明道等，以舟师与寇战于南沙野茅洪，败之，斩首一百八级。
四月辛未，工部侍郎赵文华至松江祭海神。是时倭据川沙洼、柘林为巢，经冬涉春，新寇复日有至者，地方甚恐。及闻狼兵至，人心稍安。总兵俞大猷遣游击白泫等将狼兵数队，往来哨贼，乘隙邀击。舍把田銮等稍有斩获，文华因谓狼兵果可用，厚犒之，激使进剿，至漕泾，遇寇数百人与战不胜，头目钟富、黄维等十四人俱死，兵众失亡甚众。于是贼知狼兵不足畏，复肆掠如故矣。乙亥，倭犯江北淮、扬等处，前后由通州之余东场、海门之东夹港地方登岸，流劫狼山、利河等镇，吕四、余西等场。丙子，江北倭突入通州南门，烧民屋二十余间而去。己卯，升吏部左侍郎葛守礼为南京礼部尚书。甲申，柘林巢贼分众三千余，过金山卫。总兵俞大猷督游击白泫及田州瓦氏兵遮击之。贼鼓众来冲，官兵大溃，死亡无算，贼遂奔犯浙江。乙酉，江北倭犯淮安盐城县。戊子，三丈浦倭贼分众掠常熟、江阴村镇，兵备任环督保靖土兵千余及知县王铁、指挥孔焘分统官、民兵三千攻其巢，破之。斩首百五十余级，烧贼船二十七只，余贼奔江阴。辛卯，川沙洼倭驾舟出海，官兵纵火焚其巢。风荡贼舟一，至戚家墩。游击白泫、刘恩至获之。斩首三十七级。是日，江阴贼亦出江东遁。
五月甲午朔，升刑部左侍郎陈儒为都察院右都御史，总督漕运，巡抚风阳。戊戌，原屯川沙洼倭贼突犯关港、周浦、车浦等处，夺舟过浦，分掠泗泾、北簳山。佥事董邦政、游击周藩引兵追击，遇贼于唐行，我兵惊溃。藩被创死，军士死伤者几三百人。贼遂屯驻古塘桥，流劫昆山县石浦等镇。甲辰，倭寇五十余人，自山东日照县流劫安东卫，至淮安赣榆县。是日，吕四场有倭舟突犯，沿劫东团等处，该场副使李政，督率耆灶，奋锐攻之，斩首四十五级，尽歼其众。乙巳，寇舟三十余艘，众约千余人，自海洋突犯苏州青村所，攻城不克，遂纵火自焚其舟，登岸肆劫。是时，新寇复大至，自青村外若南沙、小乌、北浪港诸处悉有贼至，泊岸即焚舟散劫。官兵稍稍逼之，乃合势犯苏州陆泾坝及娄门。南京都督周于德引兵来援，一战而败，镇抚孙宪臣被杀。贼遂中分其众为二：一由齐门北马头而北，转掠浒墅关、长洲五都等；一由胥门、木渎而南，转掠吴县横塘等镇，延蔓常熟、江阴、无锡之境。出入太湖，莫能御者。己酉，诏锦衣卫遣官校逮总督南直隶、浙、福军务、右都御史张经及参将汤克宽，械系来京问。以侍郎赵文华劾其畏葸失机，玩寇殃民故也。倭自去岁据松江柘林、川沙洼二处为巢，纵横肆掠，周围数百里间，焚屠殆遍，水、陆兵无敢近者。本年三月初，广西田州土官妇瓦氏，及东兰、南丹、那地、归顺等州狼兵六千余名，承经调至。狼兵轻慓嗜利，闻寇富有财货，亟欲取之。居民亦苦寇暴，朝夕冀幸一战。
文华既至嘉兴，屡促经亟檄狼兵剿贼。经曰：“贼狡且众，今檄召四方兵，独狼兵先至耳。此兵勇进而易溃，万一失利，即骇远近观听。姑俟保靖、永顺土兵至，合力夹攻，庶保万全。”文华再三言，经终守便宜不听。文华乃疏言：“经养寇糜财，屡失进兵机宜，惑于参将克宽谬言，欲俟寇饱载出洋，以水兵掠余贼报功塞责耳。宜亟治，以纾东南大祸。”疏至，上以问大学士严嵩。嵩对具如文华言，且谓苏、松人怨经，不可复留。宜与克宽俱逮京鞫讯，以惩欺怠。经、克宽遂并得罪。寻升巡抚应天右佥都御史周珫为兵部右侍郎，仍兼原职，代经总督。赣榆倭流劫海州、沭阳、桃源等处，至清河阻雨。徐、邳官兵分道蹙之，歼于马头镇民家，斩首四十一级。此贼自日照登岸，不及五十人，流害两省，杀戮千余人，至是始灭。甲寅，柘林倭贼纵火自焚其巢，驾舟二百余艘，出海东遁。乙卯，苏松兵备任环督总兵俞大猷等官兵，及永顺官舍彭翼南等土兵、苏州府、县乡兵进攻陆泾坝。败之，斩首二百七十有奇，焚贼舟三十余艘，余贼奔溃。丁巳，升浙江按察使曹邦辅为都察院右佥都御史，提督军务，巡抚应天。倭寇常熟县，知县王鈇率兵乘城御之。贼屡攻不克，移舟泊三里桥。鈇及乡宦、参政钱泮率耆民家丁追贼，及于上沧港，为贼所掩击，俱死。其民丁仅有脱者。辛酉，侍郎赵文华复疏陈倭患出没之形，并劾巡抚周珫、总兵白泫、佥事董邦政等纵寇丧师，使零贼奔溃，余孽复张。因言：“巡按御史胡宗宪，才智异常，安危可寄，宜亟付以大任。”兵部复上其议。上责珫统重兵不能擒斩逸贼，致蹶将损师，本当逮治。第时方用人，姑停珫俸，褫泫及邦政职，充为事官，戴罪杀贼，如更怠纵，罪无赦。宗宪俟论功之日，不次超擢。文华仍奉命督师，参奏偾事者，勿畏避。
六月丙寅，改南京工部尚书杨行中为南京吏部尚书。甲戌，三丈浦倭贼驾舟出海，总兵俞大猷引舟师遮洋击之，斩首一百三十有奇，冲沉贼舟七艘，贼遁泊海洋三板沙。庚辰，三板沙倭贼抢民船出洋，参政任环、总兵俞大猷引舟师追击于马迹山，擒倭首滩舍卖及从贼五十七人，斩首九十三级。是日，倭舟有被海风飘回者，舟坏，余贼五十人，屯嘉定县民家。参政任环以耆兵攻之，不克，伤亡几三百人。乃投火民宅爇之，贼尽死。乙酉，蔡泾闸倭至夏港镇。副使王崇古督水、陆兵夹击之，贼遂出港泊浅沙，分舟南犯，至靖江陈公港登岸。我兵急击之，斩首四十有奇，余贼走入民家，我军焚而歼之。