十月癸未，南京修理皇城兴工。戊子，漴缺倭移舟泊宝山。总兵汤克宽引舟师追击之，及于高家嘴，毁其舟，斩首七十三级，生擒十四人。壬辰，海倭三百余人，突犯上海县，太仓州等处，复入常熟县福山港。知县王铁率民兵御之，寇乃引去。丁酉，改南京户部尚书张经为南京兵部尚书，参赞机务。
十一月癸卯，升南京都察院右都御史周延为南京吏部尚书。乙巳，前犯常熟倭，复由上海七灶洪登岸，流劫三林庄、南汇所、吴淞江所及嘉定县地方，至十九日始去。戊申，改南京工部尚书孙应奎为南京户部尚书。丙辰，升总理粮储、巡抚应天、兵部左侍郎彭黯为南京工部尚书。辛酉，升江西右布政使方任为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。
十二月庚辰，改刑部右侍郎郑晓为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史、总督漕运、巡抚凤阳等处。甲申，应天巡抚都御史彭黯、巡按御史孙慎以苏、松、常、镇四府近遭倭患，居民流徙，请蠲太仓州京库银三万六千二百两有奇，嘉定县京库银八千四百两有奇，上海县京库银五万八千九百两有奇。其余四府所属州县积逋二十七年至三十一年钱粮，皆停征。又言南方卫所沿边者戍，腹里者运，制也。自迩年以松江所运船二十只改派金山卫及青、南二所代运，边腹互失其职，宜复旧制。章下户部议：“京库银不敢议免，其积逋钱粮，自光禄寺物料并三十一年以前布疋外，皆可缓征。运船旧制宜改复，如黯等言。”报可。丙申，升江西左布政使陈洙为都察院右副都御史、总理粮储、巡抚应天。辛丑，南京兵科给事中贺泾条奏拱卫留都七事：“一、议事权。
凡地方有警，南京兵部会推知兵大臣一员，在江南则居新江口等处，在江北则居滁、和、浦口等处，居中调度，相机剿捕；二、简官军。各营军士，宜汰其老弱，补以精壮，仍选谋勇者为把总。无事常行训练，有警征调防剿，所司以时阅视。许动支地租营房银犒赏；三、浚城潦。通济等十三门，兵马通衢，有为民居妨碍者，折毁。神策等三门濠河，有填淤者，浚治；四、肃门禁。守门军士，原给器械，宜专官查验、整理；五，诘奸细。京城内外及徐、滁、和地方，宜编立保甲，严行稽察；六、处操船。水军战船，宜仿沙船改造，其艨冲、楼船当量存之；七、重应援。池河新营所辖飞熊三卫，敕巡视官听兵部节制。江北有警，亦听凤阳抚、按官调遣。”上从其议。巡按直隶御史孙慎勘报：“倭夷杀掠吴淞、嘉定诸处，论巡抚彭黯、参政翁大立、六合知县董邦政、副总兵汤克宽，指挥刘重光不能防御，乞正其罪。阵亡镇抚胡贤、重伤指挥黎鹏举并宜优恤。”得旨：“倭奴侵扰，诸臣督守无策，黯停俸四月，大立二月，邦政等姑宥之。克宽停俸，戴罪杀敌立功。余从所议。”
三十三年正月辛未，应天巡抚都御史彭黯以寇患孔棘，请令苏、松、常、镇四府得纳承差如各省例，并榷阊门商税，留三十一年以前应解本色布银，以充军费。从之。
二月庚辰，海寇由上海黄浦逸出攻松江府。官兵追战，败绩。县丞刘东阳死之。丙戌，兵部复：“原任巡抚应天、都御史彭黯奏去年九月倭贼流劫华亭、南沙、上海、吴淞江等处，诸守臣功罪状。初寇入，副总兵汤克宽、兵备佥事任环、松江府同知郁文奎等迎战，皆不利。后克宽追寇于宝山，破之。环等各严兵自守，虽无斩获功，境内以全，罪亦可原者。”上是之。命赦还文奎等罪，各策励兵供职，克宽功罪俟复勘议处。
三月辛丑朔，升工部左侍郎陶尚德为南京刑部尚书。甲辰，改南京兵部右侍郎屠大山为兵部右侍郎兼都察院右佥都御史，总理粮储，提督军务兼巡抚应天。以南直隶太仓州、上海、华亭二县被兵，准改征兑运米折色有差。庚戌，免苏、松二府三十三年应派料价，充海防军饷。乙丑，苏、松倭寇掠民船入海，趋江北岸，薄通、泰等城，焚掠各盐场，余众有漂入青、徐界者。
四月壬午，扬州卫千户洪岱、文昌龄、泰州所千户王烈督兵援通州，至西门外三里桥遇贼战，俱死之。乙酉，倭寇袭破崇明县，知县唐一岑死之。甲午，增设盐城县洋麻港口、海州东西二所把总官各一员。
五月辛丑，以灾伤，诏以淮安府属州、县改兑粮八千六百石，俱准折征。戊申，初，通州三里河之役，贼兵仅百余人，盐徒及胁从者千余人，时参将解明道拥重兵居城中；扬州府同知朱裒、仪真守备张寿松军城外。凤阳巡抚郑晓议发兵往援，檄原任都指挥月轮将之，轮辞以非朝命不至。晓仍更檄两淮运判马伦、原任仪真守备陈津，往会千户洪岱等合战。城内外兵无一策应者，岱等孤军败。岱与千户文昌龄、王烈皆死。至是，晓上疏言状，因请治明道等畏怯、轮推避之罪。得旨：“洪岱、王烈、文昌龄俱赠指挥同知，子孙升袭。褫明道与寿松等职，各戴罪立功。轮令巡按御史逮至京问。”己酉，兵部复：“巡按御史孙慎言，浙江、江北诸郡，寇患方殷，苏、松二、三月间，所在告急，皆经略失人，军令不严所致。乞敕巡抚屠大山，收召忠勇之士，申明误军之罚，仍榜谕沿海居民，有能奋勇杀贼者，如军功升赏，所得寇器，悉以与之。计擒贼首者，许奏升指挥、佥事，世袭。一切军费，悉从便宜区处。督粮参政翁大立，无事令往来苏、松、常、镇，催给粮饷。有事专往松江，以便调度。”诏以其议属大山举行，仍趋令赴任，不许迟缓。庚戌，调原任湖广按察司副使张景贤，整饬淮、扬兵备，专理海防。时倭寇未靖，总督漕运侍郎郑晓及直隶巡按御史李逢时共疏，请添设兵备一员，专住泰州，以防通、泰、海州海贼出入之路。吏部复，从其请，因调景贤为之，仍列衔于湖广。辛亥，诏发南京户部银二万两，为苏、松备寇兵费。庚申，江北倭寇攻如皋县，不克。辛酉，增设把总官一员，于泰兴县周家桥防守。从操江都御史史褒善请之。
六月壬申，诏复设管河郎中一员于江南，既而罢之。初，漕运侍郎郑晓奏，粮船过淮衍期，皆坐镇江以南内河淤阻之故，乞特遣一部臣督帅有司，疏通河道。章下工部议，以为便。从之。吏部因言：“江南旧有水利郎中一员，兼管镇江运道。后因权轻不便钤辖，乃以其事专责之巡抚。今复设部官，他日又将以为不便矣。”上曰：“管河郎中，既有前旨裁革，罢勿遣。其经理运道事宜，仍责成巡抚如故。”壬午，升应天府府丞李珊为本府府尹。戊子，升户科都给事中凌汝志为应天府府丞。丁酉，添设扬州府同知一员，专驻瓜州，督捕江海盗贼。从漕运都御史郑晓奏也。
七月丙午，苏州倭寇流劫至嘉善县，转趋松江出海。参将俞大猷，击败之于吴淞所，擒七人，斩首二十三级。乙丑，以兵荒，量免淮安府、卫及通州、如皋、海门屯粮，并改折海门、山阳、盐城、赣榆、沭阳兑米有差。
八月己巳朔，上命总督漕运、侍郎郑晓督修如皋、海门、泰兴、海州、盐城等处城池塞堡，添设掘港把总官一员备盗。癸未，倭寇薄嘉定县城，参将李逢时、许国遇于新泾桥，败之。擒斩八十余人。庚寅，起听勘原任昌平州右佥都御史周珫总理粮储、提督军务兼巡抚应天。丁酉，增造南京新江口兵船二百艘。先是，新江口额设船四百艘，以操江都御史潘玺奏减其半。至是，魏国公徐鹏举以海寇骚扰，请改沙船，增复旧额。从之。
九月乙亥，诏停苏、松、常、镇四府租一年，以被倭故也。己酉，南京兵部尚书张经以倭寇充斥，议留折兑运粮，借用两淮盐银、苏府浒墅钞关船料、后湖赃罚十万两，充兵饷。户部复：“太仓等州县漕粮改折扣留，已为破格，若并折色而尽留之，漕规废坏，何所纪极。宜止以太仓州三十二年秋粮折兑银三万五千有奇、华亭县二万六千有奇，共抵作原议听留苏、松、常、镇四府三十三年兑运秋粮并派剩银两之数，存留充饷。后湖抵赎，以其半与之。”报可。乙卯，倭寇七十余人犯海门县，焚舟登岸。淮扬兵备副使张景贤，亟引御之，战于吕四场，尽歼其众。